這是一個世界，一個由神奇異獸創造的世界，在這個世界上有許多的神奇異獸，同樣也有人類，雖然是異獸創造的世界，但是人類依舊是天地的寵兒。在異獸統治的大陸上，人類依靠智慧在異獸手中奪得統治權，並運用智慧製服了異獸，將這些擁有特殊能力的異獸收服，並依此運用它們與其他異獸爭鬥。在漫長的爭鬥中，人類發現了這些異獸擁有種族差異，屬性之分，還有等級之分。其中便有其中幾種先誕生的異獸，它們擁有強大的能力，這是其它異獸所沒有的，它們的實力很強，所以被人類稱為神獸，那隻創造世界的一首被稱為……創世神阿爾宙斯。人類沒有去打擾它們，讓它們發怒，而神獸們也沒有去幹涉人類的生活。
從此人類開始新的篇章，人類在快速的發展，而那些被收服的異獸漸漸地融入人類的生活，凶性也慢慢地消散，除了野生的以外，野性它同樣消散，形態也慢慢開始改變。因此根據生長期的不同，有的異獸在不同生長期擁有的形態也不同，或許這是保持體內潛力而進化出來的方式。有的擁有三個生長期，有的隻有兩個，甚至有的直接是成熟期，人類稱這種生長期的變化為進化。而這些異獸也被人類稱為……神奇寶貝。
時境過遷，人類的繁盛興衰經曆王國群立的年代，眾雄爭霸的年代，雙王爭鋒的年代……其中有許多絕世天才出世，而在這世界上最強的便是雙王，但是他們的最後之戰卻無人知曉，這……是一個無人知曉的謎，或許參與這場戰爭的人知道，但是那場戰爭無人存活，因此這個謎成為了世界的未解之謎。最後人類成立了一個聯盟，一個管理擁有神奇寶貝的人的聯盟，而世界也被分成幾個地區，每個地區都有一個聯盟分部，擁有神奇寶貝的人成為了一個訓練師，訓練師通過對神奇寶貝的訓練、指令等方式與其他訓練師決鬥，但不允許出現死亡現象，而且訓練師的神奇寶貝不允許傷害到人類，違背的人將受到聯盟的通緝。而人類也開始圍繞神奇寶貝展開了新的生活，自此人類的生活開始繁榮昌盛。
神奧地區，傳說創世神與其座下三神便沉眠於此。天元山，是神奧地區最高的山峰，也是神奧地區的標誌，這裏的神奇寶貝也比其他地方的強上一籌。在天元山上的神奇寶貝中心裏，一個十五、六歲的少年正躺在病床上，旁邊還有一位穿著護士服的份發少女，看她的樣子也不過二十歲，此時的她卻滿臉擔憂的看著病床上的少年，這個少女是一個喬伊，喬伊是這世界上的醫生，是一個大家族，在世界各地都有生氣寶貝中心幫助訓練師和當地的人們，而喬伊就是神奇寶貝中心的負責人。世界上的一大奇聞就是每個喬伊和君莎幾乎都一模一樣，君莎同樣是一個大家族，隻不過君莎是警察，警察局的負責人。在這世界上還有許多家族，其中有幾個大家族，而喬伊和君莎並列第三。
躺在病床上的少年手指微微動了一下，那喬伊看見他的手指動了，就知道他要醒了，她那俏麗的臉終於恢複原來的美麗了。少年慢慢睜開了眼睛，看著這陌生的地方，不禁疑惑：這是哪？我怎麼會在這裏？我記得我看見一條黑色的閃電劈到我麵前，接著我就暈過去了，難道我沒死？這裏又是哪裏，少年滿頭疑問。