1942年1月2日，在進攻菲律賓島嶼不到一個月的時間裏，獲勝的日本軍隊占領了首都馬尼拉。日軍的占領，把勝利者和被征服者同時帶入了一個複雜而又荒謬的時期。
日本當局急切地尋求菲律賓人的合作：友好的民眾將會使日軍省下別處需要的軍隊而收獲他們占領的利益。他們采取了一個表演性的措施，企圖把菲律賓人對美國的忠誠轉移到對日本上麵。在他們的宣傳中，日本人把他們自己與菲律賓人連接在一起，同樣作為東方人種，麵臨著一個共同的敵人——那些傲慢的、白皮膚的美國人。他們給出了熱情的許諾，其中最好的許諾就是他們保證比美國曾經計劃的日期提早三年給予菲律賓人完全的民族獨立。
菲律賓人不信任日本人，害怕曾與被驅逐的美國人並肩戰鬥而遭到報複。但是他們被日益增長的民族自信心所鼓舞，而且提前實現自治的說法也對他們有著巨大的吸引力。
日本人則努力想把菲律賓人的支持爭取過來。他們釋放了被捕的菲律賓士兵，組織了日本人和菲律賓人的文化交流，並且確立當地語言他加祿族語和日語一起作為官方語言。在1943年，他們宣布菲律賓為一個獨立的共和國。
但是，即使日本官方迫切希望與菲取得良好的關係，他們也暴露出殘酷的侵略者的本性。他們控製了媒體，將收聽外國廣播作為一項死罪，剝奪了信仰宗教的權利，拷打、折磨那些他們懷疑從事顛覆活動的平民。他們放任日本軍隊犯下的暴行；發行沒有價值的軍用臨時券，結果觸發了一場毀滅性的通貨膨脹。
截至1942年5月，當日本人完成其對這個島嶼國家的征服時，馬尼拉的人民已經認清了日本人的本質。許多人以山丘為據點，作為遊擊隊員或者加入城市裏的秘密情報組織而重新投入戰鬥。