按照清宮規矩，皇帝將給自己最為中意的秀女一柄玉如意，確定她的皇後身份，再將兩對荷包交給另兩位秀女確定她們的妃子身份。
選後剛開始，慈禧太後表現得非常大方，表示要讓光緒帝親自做主。然而當光緒帝拿著玉如意走向第二排，作勢要將玉如意遞給德馨長女的時候，慈禧太後卻終於不顧場合地叫了起來：“皇帝！”這一聲叫聽在光緒帝耳中，抬頭看去，慈禧太後不但喊了他，還在用眼神向他示意。他當然立即就明白了這位“親爸爸”的用意，不得不極不情願地勉強轉過身子，將手中的那柄玉如意遞在表姐沁鳳的手裏，使慈禧太後的侄女兒成為皇後，完成了慈禧太後“親上加親拉拔娘家”的打算。
按一般清帝初選後妃的慣例，一般要選一後三妃嬪成雙數。從五名秀女在體和殿中站列的位置來看，慈禧太後的本意就是想讓自己的侄女正位中宮，由她完成自己這個姑媽一生都未能達成的心願，做大清朝的葉赫那拉氏元配皇後。因此這位侄女兒站在了最前麵。其次，慈禧太後也注意到了德馨之女的美貌，有心要讓她們都做妃嬪，也考慮到侄女的外表確實一般，因此讓德馨的一雙女兒站在第二列；最後，是長敘的一雙美貌稍遜一籌的女兒位列第三行作為備選。然而如今少年光緒毫不遮掩地表達出了自己對德馨之女一見鍾情之意，卻使慈禧太後改變了原本的打算，她再不願讓德馨的女兒入宮了，怕她們將會威脅到自己侄女的地位。因此她立即匆匆下令終止選秀，自作主張地將一雙代表嬪妃地位的荷包塞給了原本是充數的長敘之女，也不再考慮從德馨女兒中再選一位就讓她們落選了。因此，光緒帝的第一次婚姻，隻有一後二妃成單數，而且三個女子中沒有一個是他最初心儀的對象。然而無論是慈禧太後還是光緒皇帝，恐怕此時的他們都沒有想到，終光緒帝一生，他名下的妻妾也隻有此三位，比尋常土財主還少，使得這位皇帝成為中國王朝史上後妃最少的皇帝之一。
無論光緒帝本人是否情願，他的後妃都已經選出來了。大婚的籌備工作也進入倒計時。雖然此時的清王朝已大非往昔，這場大婚禮仍然極盡奢華，共計耗金四千一百二十六兩、銀四百八十二萬四千一百八十三兩、錢二千七百五十八串。而據光緒帝師翁同□說，其實共耗銀一千一百餘萬兩，除婚禮應有花銷外，還有五百多萬兩被慈禧太後的親信們中飽了私囊。
大婚迎娶皇後的日子定在光緒十五年正月二十六至二十八日（1889年2月25日至27日）。按規矩，皇後入宮之時要有嬪妃跪接。因此長敘的一雙女兒提前在正月二十五日夜晚便進了宮，姐姐被封為瑾嬪入住永和宮，妹妹被封為珍嬪入住景仁宮。二十六日，太後侄女這位新皇後終於在隆重的儀式中進了宮，成為光緒帝的皇後了。
對於婚事的不由自主和婚禮的奢華，光緒帝本人非常憤懣。這對表姐弟雖然結了夫妻，彼此的關係卻從一開始就陷於困境。
光緒皇後的父親桂祥比慈禧太後要小十幾歲，才知人事兩個姐姐就已經分別成了貴妃和王爺嫡妻，他因此一直在富貴放縱中長大，成了一個典型的紈絝子弟，不但毫無才學可言，更是一個大煙鬼，將家業花銷浪蕩無度，其妻也是個目中無人蠻橫無理的女人。
據說這位桂公爺的夫人還有一個女兒，嫁給了道光帝幼兒孚郡王之子載澍，這個女兒的人品完全照搬父母，與丈夫偶爾口角便回娘家告狀，而且竟鼓搗著老娘把狀告到了慈禧太後麵前。桂公爺夫人則更加老辣，非要讓大姑子太後把女婿以大逆不道罪處死不可。在恭親王和醇親王的苦苦哀求下，載澍好不容易才逃了一條性命，改判褫職奪府，杖責一百，永遠發往宗人府圈禁。即便如此桂公夫人仍然不肯罷休，宗人府杖責之時她還派專人去監督行刑，直逼著將女婿打得血肉模糊幾乎送命。載澍在宗人府一直圈禁到庚子年八國聯軍之亂時才被釋放。桂公夫人母女一個寧可讓女兒守寡，一個寧可謀害親夫，也不願夫妻間絲毫諒解，其心性令人稱奇。（載澍的遭遇還有另一重原因：他屬於帝黨，觸犯了慈禧太後的利益。）
有了一個這樣的家庭，光緒皇後的人才品貌及為婦之道究竟如何，那可真是天知道了。總之，她與光緒帝之間既沒有一個好的開始，更在後來的相處中對光緒帝滿口譏諷步步緊逼。於是才幾天工夫，這位太後侄女就成功地讓自己的丈夫與自己成為新的一對怨偶。
與皇後在夫妻之道上破罐子破摔不同，雖然同是慈禧太後硬塞給光緒帝的女人，珍嬪他他拉氏卻逐漸扭轉了光緒帝的成見並最終成為光緒帝終生一往情深的對象。
珍嬪剛入宮時年僅十三歲，還是個稚氣未脫的孩子，聰明伶俐善於應對，與木訥粗劣的光緒皇後相比，珍嬪更討慈禧太後的喜歡，經常陪伴在慈禧太後的身邊，慈禧太後知道她喜歡書畫，還特地派親信的才女繆嘉惠做珍嬪的書畫老師。
光緒帝也很快就注意到了珍嬪，無論是言談舉止還是才學稟賦，珍嬪都遠遠超過了皇後與瑾嬪，由於年幼，她還率性天真，在皇帝麵前也沒有故作姿態之舉。光緒帝驚喜地發現身邊原來還有這樣的可人兒。珍嬪很快就贏得了光緒帝的專寵，光緒帝甚至時常讓她留宿自己的宮中。而對於皇後，光緒帝卻非常冷淡。
對於光緒帝如此的偏心，皇後非常怨恨不滿，時常向慈禧太後抱怨。慈禧太後其實並不喜歡這個侄女，但是想到她畢竟是自己的娘家人，皇帝對她太過冷淡勢必會影響自己娘家的聲勢，也就時常勸光緒帝親近皇後。然而慈禧太後雖然可以將光緒帝勸進皇後宮，卻不能讓光緒帝對之動情，皇後仍然是長守枯寂。
更重要的是：這時的慈禧太後在光緒帝的後妃中，更為偏愛珍嬪，在光緒帝妻妾爭風中，她往往袒護得到了皇帝專寵的珍嬪。有一年夏天慈禧太後要往頤和園避暑，臨走時甚至還特意點名帶走了皇後與瑾嬪，任由光緒帝與珍嬪在紫禁城裏自由自在。
光緒帝大婚親政後相當長一段時間裏，宮闈生活都在這樣看起來一團和氣的狀態下維持著。這大概是因為此時的光緒帝與珍嬪都非常聽話的緣故。
早在光緒帝大婚後的二月初三，慈禧太後在太和殿舉行了歸政儀式，正式撤簾。這一次她做得似乎很有誠意，不但舉行了儀式，而且還駁回了禦史屠仁守請她繼續批閱奏折的折子，表態說要真正交權給皇帝。當然，這是因為她已經對光緒帝的孝順深表滿意。此時的光緒帝雖然已經親政，軍國大事仍然主動向“親爸爸”請示批準，慈禧太後根本不必公開理政犯眾怒，當然也就樂得見好就收圖個“不戀權位”的名聲——既然光緒帝如此孝順，珍嬪又年幼討喜，雖有些小小過犯也還沒有觸及太後的底線，慈禧太後也就順水推舟由他們恣意了。光緒二十年的時候，慈禧太後還在自己過六十大壽時循例將珍嬪晉封為妃。
然而這一切很快就結束了。
光緒帝年少氣盛，渴望能中興王朝的統治，在多數情況下，慈禧太後和光緒帝的想法還是一致的，然而在實際操作中卻差之千裏。在慈禧太後看來，什麼國家大事都沒有她自己的尊榮重要。光緒九年至十一年的中法戰爭中，她就曾經在中國軍隊大勝的情況下仍然堅持求和。
中法戰爭爆發時，光緒帝還是個孩子，對於這些軍國大事不知所以，但是到光緒二十年（1894）之際，慈禧太後與光緒帝兩派在政見方麵的不和，卻因為中日甲午戰爭的爆發明顯化。帝黨主戰，後黨主和。在整個戰爭過程中，由於早已問題多多的清王朝各級官員為了保持自己的實力以及在整個對外作戰過程中孜孜不忘派係鬥爭，更因為慈禧太後仍然惦記著自己要過六十大壽，不但不肯將自己慶壽的經費改做軍用，還要從軍費中克扣大筆錢糧用於慶壽，中國軍隊終於大敗虧輸。光緒二十一年三月二十三日（1895年4月17日），全權大臣李鴻章在日本簽下了《馬關條約》，不但承認朝鮮成為日本殖民地，還將台灣、澎湖列島、遼東半島都割給日本，更向日本賠款兩億兩。
甲午之戰的大敗，無論對光緒帝還是對慈禧太後，都是刺激。由於用璽蓋印的是光緒帝本人，他的情緒就更為激烈。而國家的慘敗給慈禧太後的刺激，卻遠遠沒有她自認為尊榮受損來得重要——無處發泄的光緒帝在戰爭中途，曾經處分過李鴻章，給予其拔三眼花翎、褫黃馬褂、革職留任等處分，又曾經提出要將慈禧太後的壽誕用款改做軍用。慈禧太後卻根本將自己的個人利益置於王朝國家利益之上，反而據此認為養子無視自己的權威，對自己不夠孝順，因此對光緒帝極度不滿，決定給光緒帝一點顏色看看。
決定教訓光緒帝的慈禧太後在珍妃的身上找到了突破。此時的珍妃，已經失去了慈禧太後的歡心。
起因當然還在於後妃爭風。
據野史記載，光緒十八年（1892）夏天的時候，皇後與珍嬪不和，光緒帝因此與皇後也發生爭執。皇後當然不懂得什麼叫做母儀與隱忍，立即和皇帝吵鬧起來。光緒帝不禁大怒，厲聲斥責皇後。皇後當然不肯饒過偏心眼兒的丈夫，立即哭哭啼啼地跑去找慈禧太後告狀。慈禧太後聽了皇後一番添油加醋的控訴頓時火冒三丈說：“上吾所援立，乃忘恩至此耶？後吾親侄，詬後是不啻我也，是何能容？”又勸皇後道，“汝無悲泣。胡斤斤焉戀此病夫為者？吾必有以處之。”
據說，慈禧太後此後不但逐漸看珍嬪不順眼，與光緒帝母子失和亦有此因。皇後事後也知道自己做錯了事不該告狀，卻也悔之晚矣。
除了後妃爭風，珍嬪作為光緒帝的寵妃，與皇後及瑾妃更依順太後相比，她則是旗幟鮮明地站在皇帝一邊，也毫不掩飾地盡情展現皇帝對自己的寵愛，不給皇後留什麼麵子。這自然也就入不了慈禧太後的眼。慈禧太後越來越覺得珍妃任性反叛，對她的好感也蕩然無存。
隨著年齡的增長，光緒帝越來越覺得有必要培養真正隻忠於自己的臣下，他先後提拔了許多這樣的人，他的老師翁同□也進入了軍機處。對於光緒帝的心思，珍妃不但全力支持，還主動推薦了不少人選給光緒帝，其中也包括她兒時的老師文廷式、她的哥哥誌銳。在珍妃的大力舉薦下，光緒十九年的時候，文廷式不但官升得快，還當上江南鄉試副主考。誌銳則於甲午之戰的當年正月直升禮部侍郎。
文廷式與誌銳都是進士出身，提拔雖有私意，卻也沒什麼明顯的失當。但是珍妃在其他事情上的做法卻使人有機可乘：賣官。