住院治療的目的是，使病人對精神的自然流動及其演變有實際的體會，消除以前對病的臆斷和誤解，達到心理上的“自然流動、無所住心”的狀態。因此，對臥床期可能流露出的心理狀態，事前不能向病人說明，這點很重要。因為病人事前如果知道在此期間會產生無聊、悲觀的情緒，會使之采取預期的態度，心理的自然流動就會被歪曲。當然，在采用住院療法之前，施治者應先使患者對森田住院療法的過程有一個大致的了解，患者可自己作出是否入院治療的決定。患者的求治欲望越強，越有利於治療。
在中國，李振濤等人試用森田住院療法治療強迫症、恐懼症和疑病症病人，取得了滿意的療效。李振濤等人對病人住院期間的活動內容做了一些更改，如在第一階段即讓病人寫日記，閱讀指定的“患者必讀材料”，向病人介紹森田療法的原理，在日記中也可寫一些治病的體會。在其他階段也增加了豐富的作業內容，並在不同階段進行心理測查，以進行比較。
下麵是李氏運用森田住院療法治療的一個實例，摘錄其日記，可了解病人是怎樣通過森田療法而逐漸康複的。
2.治療病案
求治者：女性，36歲，工人，診斷為疑病症。在住院時期的日記中寫道：“我5歲時，母親患胃癌死去，以後父親特別注意我的胃，老是問我感覺如何，我的胃口一有些不適，就嚇得父親變了臉色。這樣就使我產生了對胃腸癌症的恐懼心理……我看過一本醫書，書上寫著‘氣滯’容易造成癌症，以後我就害怕脹氣。聽說口水能引起脹氣，就怕咽口水，越怕咽，心裏越緊張。把牙咬緊，心想這樣就會少出口水，但口水反而更多。成天沒別的事就想到咽口水。精神上極度緊張、恐懼，真是活受罪。每天都摸到肚子脹，右邊重。為此做了無數次檢查，喝了無數湯藥，還覺得肚子脹。希望檢查，希望自己別患了癌症。”
絕對臥床期：“……我是對健康太注意了，越注意就越擔心有病，越咬牙越流口水。我每天醒來第一個感覺，就是肚子脹氣。越注意肚子，越感到脹氣。這就是心身交互作用，還有自我暗示‘我今天千萬不要再難受了’……
所以我的病來自自身……我越想擺脫，就越擺脫不掉。醫生告訴我這個方法不對。我按醫生講的去做，不去理會病，不去注意脹氣，好像口水也少了，精神也不緊張了。”
輕工作期及重工作期：“我今天畫的畫大家都說好，我有好多年沒能這樣畫畫兒了，我太高興了。我注意畫畫兒，對脹氣抱著有‘就讓它有去吧’的態度，反倒覺得沒有那麼脹了……我幹活累了，已不再注意肚子脹氣。”
回歸社會準備期：“整天忙著幹活。醫生說過，把注意放到現實，做好現在的事。身上感覺好多了。”
（二）門診治療
1．門診治療概述
門診治療仍須遵循森田療法的基本原則。但由於門診治療沒有住院治療所具有的特定環境，不能采用臥床及作業布置方式進行治療，因此具有與住院療法的不同特點。
門診治療主要通過施治者與患者一對一的交談方式進行，一般一周一次、或兩次。施治者應注意對患者的共情並建立良好的治療關係，施治者應在掌握患者生活史的基礎上，盡可能理解患者的現實情況，不以症狀作為討論的主要內容，鼓勵患者麵對現實生活，放棄神經質的抵抗症狀的立場，認識到事物不以自己的主觀願望而轉移，認識到接受症狀的本來麵目，不試圖去控製，症狀就會改觀。最後鼓勵患者要承擔自己生活中應承擔的責任。在治療中，施治者應盡可能用提問的方式啟發患者對問題的理解，而不是過多地采用說服的方式。治療的關鍵是幫助患者理解順應自然的原理。
門診治療的要點是：
（1）進行詳細的體格檢查，以排除嚴重軀體病的可能，消除患者的顧慮；（2）指導患者接受症狀，而不要試圖排斥它；（3）囑咐患者不向親友談症狀，也囑咐親友們不聽、不答複他們的病訴；（4）恐懼症患者不應回避人，要帶著症狀去參加各種活動。
我國學者曾采用門診治療方法，對16例神經症患者進行治療，並取得了較好的療效。其具體做法為：初診30至60分鍾，複診為15至30分鍾，第一個月的治療每周1次，以後為l至2周1次。治療的主要方法為言語指導和日記批注。首先引導患者領悟其症狀與人格特征的關係，告知形成症狀的有關因素，要求患者將自己的理解和體驗寫在每天的日記上。要求患者使用兩個日記本，施治者在複診時針對患者上次日記中暴露的問題進行批注，在此基礎上對其進行言語指導，提出下一次的要求，與此同時，要求患者閱讀森田學說的有關材料。專家們認為，由於門診治療中，施治者不能親自觀察患者的日常生活和行為，因此，讓患者記日記，通過對日記的批注來對患者進行指導，是治療的中心環節。施治者在治療指導中特別要注意：第一，治療始終要針對患者的人格問題，不能被其症狀所糾纏，對症狀應置之不理，讓其自然淡漠；第二，在患者對治療要點理解的條件下，著重要求其在生活實踐中自覺地去體驗。