為防止人類對係統起疑，整個大廈係統的核心控製權力被暫時交接到其後時期裏人類政府的最高執政者手中，但“黑靈”卻為自己保留了更為強大的控製權力，一旦它們認為時機成熟，便會毫不猶豫地從人類手中奪回對大廈係統的全部掌控權。同時，由於大廈係統內部良好的監測性能，使得“黑靈”得以更為全麵直接地監視到生存在地麵上的人類的一舉一動，人類的重大行動，都會準確地被“黑靈”文明所掌握，可以說，在係統建成的其後兩百年時間裏，人類再也沒有脫離“黑靈”對他們的暗中控製。
大廈係統除了對人類有著監視的作用之外，另一個關鍵的功能就是在於對人類文明科技發展的遏製，在大廈係統建成後的兩百年時間裏，人類文明幾乎可以說是止步不前，這不僅僅是因為大廈係統本身的優越性與超前性，更是因為大廈係統利用其係統的功能對人類精神上的極大影響，每一個人類自出生伊始大廈係統都會向其大腦中導入相應的性格數據，導致了多數人類從出生開始就注定了安逸的性格，即使是在其後成長的過程中性格數據隨著自身所處的環境而發生變化，但因為一開始的設置使然，使得幾乎是每一位人類最終都無法脫離這個設置的幹擾，這兩百年的時間裏嗎，人類世界還是有數量眾多的科學研究者，但都無法逃脫前人的研究成果，隻能在其基礎之上進行著不斷的完善與改進。
兩百年的等待很快迎來了屬於“黑靈”的曙光，在各方麵都對大廈係統有了全麵的了解以及更為熟練地掌控之後，“黑靈”開始按照原定計劃開始實施對人類群體內部的大規模滲透，由於原本潛伏在人類之中的感染者數量就有一定規模，這些感染者在大廈係統的指引下有意識地配合著“黑靈”的幾乎每一次的複製行動，除了在後來的6區上海感染事件中所出現的變故，由於基因鎖的突然性排斥，導致了原本已經潛伏許久的“黑靈”與被複製體的身體起了嚴重的衝突，導致了“黑靈”與宿主的雙雙死亡，死亡區域因為是在東方明珠塔附近，屬於極為繁華的地段，“黑靈”沒有足夠的時間來掩蓋此次事件，巧合的是，基因鎖排斥事件在f層的另外幾個不同轄區幾乎在同個時間段一起發生，最終使得人類警方的介入，盡管在隨後啟動大廈係統抹去了一切有關於此次事件的一切資料，但既定的事實還是給人類以及聯合政府造成了極大的影響與震動。
在其後“黑靈”內部對於這次事件的調查之中，最終沒有得出導致事件發生的必然結論，或許是機緣巧合，“黑靈”在人類世界中終究還是留下了一點淡漠的腳印，盡管人類還不能看清腳印的幕後者，但似乎在聯合政府內部高層已經嗅到了些許的不安定的氣息。為了轉移人類政府在此方麵的注意力，“黑靈”借著此次事件所引發的一係列民眾的抗議示威活動中，開始利用感染者摻雜在示威群體中，不斷地進行煽動，使場麵超出政府的控製。
為了進一步加快人類內部矛盾的爆發，在一次聲勢浩大的示威遊行中，一位潛伏在人類部隊中的軍警假借走火的失誤，刻意向民眾中進行了所謂的“誤傷”，從而一度引發場麵的混亂，嚴重激化了當地民眾與政府的矛盾，感染者趁機從中擀旋，最終導致了以陳嶽鵬少校為首的反-政府軍的武裝起義，在接下來的幾個月的時間裏，反-政府軍與聯合政府的軍隊激戰而不可開交，“黑靈”趁機在人類群體中大肆發展自己的勢力，將感染者人數進一步擴大，感染者逐漸在人類群體中站穩了腳跟，在確認其勢力已經足以應對人類政府的反擊的情況下，為了使人類內部產生更為嚴重的內訌，“黑靈”文明開始有意地向人類政府暴露自己的存在，但卻又不使其獲得的情報足夠準確與明顯，同時又利用著輿論向大廈係統中的民眾開始有意無意地透露著政府所隱瞞著的事物，在加劇社會恐慌的同時，進一步削弱政府在民眾心中的威信。
但這麼長的時間裏，唯一令“黑靈”文明放心不下的就是當年人類最早的探險者陳天在第一次潛海行動結束返回地麵後向人類政府提交的三份報告，盡管他隻得到了一個國家的支持，但在他長年累月不懈的研究突破之後，他所研製成功的超大規模武器——星空戰艦還是令這個高度發達的文明感到了壓迫感。