《中國共產黨治理新疆史》一書，係國家社科基金項目“當代新疆是新疆曆史發展最好時期”的最終成果，是《新疆與祖國關係史論》（新疆人民出版社2008年版）一書的姊妹篇。筆者在《新疆與祖國關係史論》一書第九章“西域文明的現代化提升”中，對清末“新政”、民國、新中國三個時期新疆的發展狀況作了對比，以大量的材料說明新中國成立以來新疆發生的巨大變化。
每一個尊重事實的人都會得出一個結論：中華人民共和國成立以來的當代新疆是新疆曆史發展的最好時期。特別是改革開放30年來，堅持中國特色社會主義道路，促進新疆經濟社會又好又快發展，也是人民得到實惠最多的時期。
但一章的篇幅畢竟有限，隻能講一些主要問題，當時就計劃再寫一本《中國共產黨治理新疆史》專著，全麵係統地論述新中國成立以來新疆發生的巨大變化，總結中國共產黨治理新疆的基本曆史經驗。2008年初申報國家社科基金項目，同年7月立項為國家社科基金西部項目，批準號：08XDJ001。
本書的寫作同《新疆與祖國關係史論》一樣，有兩個原因：
一是因為“新疆地區反對民族分裂的鬥爭，是一項長期而艱巨的任務。
全區各族幹部務必保持高度警惕，不可有絲毫麻痹”。當前，在新疆增強民族團結，維護祖國統一，反對民族分裂的鬥爭中，最根本、最重要的是對廣大幹部群眾、特別是青少年進行教育，凝聚人心，築起反分裂鬥爭的銅牆鐵壁。《新疆與祖國關係史論》為解決“新疆自古以來就是中國領土不可分割的一部分，新疆各民族是中華民族大家庭的一員，新疆各民族文化是中華文化的一部分”的認同教育提供教材；本書為堅持中國特色社會主義道路教育提供教材，為各級領導幹部治理好新疆提供借鑒。中共黨史具有以史鑒今、資政育人的功能。從中國共產黨治理新疆的曆史中，我們可以尋覓和獲取中國共產黨治理新疆的曆史之根，堅定不移走中國特色社會主義道路的發展之脈，黨同新疆各族人民血肉相連的執政之基，共產黨人、廣大人民群眾和青少年樹立和堅定遠大理想和共同信念的營養之源。我們要堅持用黨的偉大成就激勵人，用黨的優良傳統教育人，用黨的成功經驗啟迪人，用黨的曆史教訓警示人。
二是為國內外展示一個真實的當代新疆，給各級領導幹部提供“拿事實說話”的依據。美國出版的《新疆：中國穆斯林聚居的邊陲》一書，在新疆現狀的許多問題上顛倒了是非；國內外敵對勢力也對當代新疆的現狀進行多方麵的歪曲和攻擊，我們必須以大量的史實說明真相，以正視聽並予以批駁。
在研究和寫作的過程中，筆者要求自己做到：
（一）在新疆曆史發展進程中確立當代新疆的曆史定位
本書與其他相關研究當代新疆的著作最大的不同，是在敘述新疆整個曆史發展進程中，確立當代新疆的曆史定位。不采用以往諸多著作的寫作方法：將新中國成立以前的社會統稱為舊社會，將其描述為普遍的黑暗，而新中國是新社會，是無限光明和美滿。這種簡單類比的方法是不足取、不科學的。我們必須采用曆史唯物主義的觀點和方法，明確每一個曆史時代都有其曆史的必然性和合理性，都曾為新疆的曆史發展和社會進步作出了一定的貢獻，然後再指出其曆史局限和存在問題。曆史是不能割斷的，今天的新疆是對曆史新疆的繼承和發展，必須從新疆曆史發展進程中，闡明當代新疆的曆史定位。