元惠宗與太子合好如初，見識過朱元璋厲害的太子跟其父皇如實說明情況後，父子倆知道不是朱的對手，竟然收拾行李攜家眷逃往大漠了！常遇春與徐達率軍入大都如入無人之境。
元惠宗在蒙古草原建立了新政權，始稱北元，在太子央求下，賜何芊芊名黃真伊，假說是朝鮮貢奉來的公主，立為太子妃，次年，惠完去世，愛猷太子即位，史稱元昭宗，立黃真伊（何芊芊）為權皇後。權皇後雖知一切不可挽回，卻因思念朱元璋，又不習慣大漠生活，心存一絲僥幸心理，慫恿昭宗反攻中原。昭宗為愛所迷，應允。
同年朱元璋於應天宣布即皇帝位，定年號為洪武，國號為明。賜薩仁吉雅漢人名：馬秀英（吉雅嫌土，仍自稱吉雅），冊封為皇後。
徐達、常遇春、李元忠，英明神武，所向披靡，先攻錦州，擊敗元將江文清；後攻全寧，擊敗元丞相相也速；軍隊繼續不停，進攻大興州，擊敗並生擒元相脫火赤。常遇春不顧臨行前塔娜的勸說，大肆屠戮俘虜，在勝利回師途中，不幸患了“禦甲風”，暴亡。塔娜聞之傷心欲絕，留兒子寄養給吉雅，出家為尼，為常遇春的罪孽祈禱求福。
元昭宗知形勢逼人，終於重新啟用擴廓，中原隻剩下擴廓的軍隊還在日夜練兵，等侍著與朱的決戰。
雖然，吉雅勸說皇帝留擴廓一條命，朱元璋應允,心中卻有些吃醋，而苦守在大漠的何芊芊終於意識到自己不過是朱元璋戰爭裏的一枚棋子,當了皇帝的他早已把她忘到九宵雲外,她猶如走火入魔一般,明知不可為而為之，加緊逼擴廓攻打明軍的步伐,擴廓終於對明宣戰。雙方交戰多次，互有勝負。
最後一戰,朱元璋安排徐達折騰擴廓的軍隊，白日裏擺擂台，敲鑼打鼓唱戲的方式麻痹對方，夜間搞小股兵力偷襲，令向來不屑於這種下三濫方式過招的擴廓不勝其煩。
在一次夜間突襲中，朱令大部隊揮師齊上，擴廓猝不及防，慘敗。在手下的死命勸說下，帶著妻子烏斯格樂並十八護衛，渡黃河準備逃往大漠。
朱元璋率領龐大的軍隊乘勝追擊，當他追至黃河岸邊，望著扶著妻子艱難渡黃河的擴廓，腦海驀然浮現了吉雅那既似憂傷、又似乞求的眼神，他的心猛地顫抖了一下，眼前的擴廓和當初那個風餐露宿、居無定所、受人打罵的小乞丐朱重八是多麼相像！我曾經在元的統治下失去很多，如今我也得到很多——遼闊的國土、心愛的女人，還有什麼看不開呢？就個人來說，你我本無深仇大恨，且彼此惺惺相惜，隻不過各懷其誌罷了，罷了，罷了，且讓他去吧！
“班師回朝！”朱元璋猛地一勒韁繩，駿馬揚蹄嘶鳴，“駕！”不顧身後眾多質疑的眼神，絕塵而去！
朱元璋雖深愛吉雅皇後，也知道她向往的是一夫一妻製的生活，但作為開國皇帝，手下將軍都手握兵權，壓力之下不得不納將軍之妹，鄰國公主等女子為妃以固國本，他雖然臨幸這些妃嬪，但心裏卻隻想著吉雅一人，充滿愧疚與不安。每日除去辦公，大部分時間都陪著吉雅，對她更加殷勤疼愛，生怕失去她。
吉雅皇後此時已有身孕，她不斷說服自己：皇帝不可能隻有一個女人，要接受現實，可當她獨守空閨，想到自己心愛之人此時可能正與別的女子行床第之歡時，還是禁不住心如刀割，被寂寞和痛苦重重包圍。
她卻再也沒有從前的歡欣雀躍，皇帝不在時，她鬱鬱寡歡，麵無笑顏，皇帝在時她強顏歡笑，卻總是提不起精神，讓皇帝又擔心又害怕又痛苦。
吉雅的貼身丫鬟塞雪是擴廓將軍安插在吉雅宮中的眼線，她通過禦善房采買太監金山與擴廓將軍的手下取得聯係，一直源源不斷地將吉雅的近況彙報給擴廓將軍。
擴廓隻想知道吉雅一切安好就安心了，但隨著消息的不斷傳來，他意識到她在皇宮中過地很不開心。不禁心疼難忍,更加痛恨朱元璋，憤而操練蒙古騎兵，準備興兵討伐明軍，救吉雅脫離苦海。