軒轅的部隊與蚩尤開戰的時候被困在陣中，幸好有玄女相助，造了一輛“指南車”才有驚無險地出了陣。
軒轅非常感激玄女，兩人在一起久了日久生情，玄女雖然知道這樣是不對的，但是她卻無法阻止自己心中對軒轅的仰慕。
兩人於是結合為夫婦，玄女留在人間大約十年，為軒轅生了一個女兒，名為“魃”，魃生的和母親一樣美麗，與父親一樣聰明，深得二人的喜愛。
然而玄女滯留人間的事終於被伏羲發現了，而且他們的結合也請伏羲大發雷霆，事後伏羲把玄女召回天宮，鎖在火雲洞中。
這也不能怪伏羲“棒打鴛鴦”，畢竟他們一個是舅舅，一個是外甥女，他們的結合是亂倫的，為此伏羲還把月老罵了一頓。
後來查明是月老的小童調皮把兩人的“姻緣線”牽在一起了，所以才會發生這樣的事，不過後來伏羲想了一下，畢竟軒轅已經轉世過了，兩人已經沒有了血緣關係，也就不再管他們的事了，由他們去吧。
軒轅與玄女在一起的日子大約十年，也就是三千多天，有的野史中記載“黃帝擁女三千”就是說黃帝軒轅與玄女相處了三千多天而已。
此時以訛傳訛就成了“黃帝yu女三千”，把黃帝說成了“前無古人，後無來者”的超級無敵絕世猛男，其實這隻是後人亂說而已。
天上一日，地下一年，魃很快地出落成一個漂亮的美女，與她的母親玄女有五分相似，相貌卻不比母親差，而且她繼承了父母的優良血統，修煉起來特別快，竟然在十幾年間就成了天仙。
軒轅自玄女回天宮之後，無心再娶其他女子，一心放在和蚩尤的戰鬥和修煉上，他的功力也漲得飛快，很快就成了大羅金仙。
他的部落又安定下來了，不再像以前那樣東蹦西跑了，他的部落也在戰鬥中也長起來了，不再像以前那樣對蚩尤無力反抗了。
這年春天，他正在巡視部落的時候，發現部落中有一個美麗的少女竟然穿著一身金色的彩衣，在陽光下閃閃發光，他以為那少女是哪一路神仙。
一問才知道竟然是一個凡人，他驚問道：“那你怎麼穿著神仙一樣的衣服呢？”
那少女道：“好教陛下得知，這是我養蠶用蠶繭織成的。”
軒轅看了一下那所謂的“蠶繭”，以及它們做成的布，發現這種布非常柔軟，不但美觀，還很實用。
那時候的人還沒有真正的衣服穿，人們冬天穿獸皮，夏天就穿樹葉做成的“衣服”，如果把這種養蠶的方法推廣的話，人們不是有衣服穿了嗎？
那個少女正是嫘祖，她給軒轅詳細地講解了如何養蠶，如何讓蠶結繭，如何抽絲剝繭做成布等等，軒轅聽得戰鬥連連。
之後軒轅就讓她把這些方法教給人們，為了讓人們聽從她的指揮，軒轅還與她結為夫妻，於是從那時開始，人們就學會了如何養蠶，萬民有了衣服穿，不再過著衣不遮體的生活了。
然而那時候雖然人們學會了養蠶，但把蠶繭製成布的效率卻很差，其中有一個女子，名叫“嫫母”，嫫母雖然長得相貌醜了一些，但她很聰明，發明了纏絲機和織絲機。
軒轅知道之後，對她大為讚賞，讓她在族中推廣開去，後業在嫘祖的撮合之下，軒轅不計嫫母麵貌醜陋，娶了她為次妃。（看來我們的老祖宗也不是以貌取人的，現在的人每天都叫著要娶一個美女作老婆卻顯得膚淺了）。
另外軒轅還有其他的嬪妃，史書記載他有“四妃十嬪”，四妃之中，嫘祖是當仁不讓的正妃，而嫫母卻是次妃，另外還有兩個次妃分別是方雷氏和彤魚氏，這兩個妃子沒有多少記載，其他十妃就更加不清楚了。
這些妃子給軒轅生了二十五個兒子，其中得到姓氏的有十四人，司馬遷的史記之中記載著後世的顓頊、帝嚳、唐堯、虞舜，以及夏朝、商朝、周朝的君主都是黃帝的子孫。
補充一下，由於軒轅之位是神農所傳，炎帝部落與黃帝部落合在一起，因此就把新的部落稱為“炎黃部落”，人民稱為“炎黃子民”，我們都是“炎黃子民”的後代，因此我們就被人稱為“炎黃子孫”。
而西方的人不同，他們的祖先同是女媧所造，但他們的祖先是被準提拐走的“亞當”，沒有受過“炎黃”二帝的教化，所以算不得“炎黃子孫”。