往古之時，四極廢，九州裂，天不兼覆，地不周載。女媧大神為使古神民避爁焱之火、浩洋之水，傾神力煉石補天，散泥成人，創後世而分九州。
然為擎天所用的天柱乃是巨鼇四腳，巨鼇詛咒女媧後代及人族必受戰亂之苦。為破除詛咒神寂後的女媧大神將煉石所用聖物交由三位大巫祝。持七彩石的土巫可以主導世間萬物生長，守護聖火的火巫有焚盡天地萬惡之力，而吸納了天地間的洪水的水巫有毀天滅世之能。
巫醫山乃是守護三神器的地點，因巫族之人秉承女媧對人族的仁慈，有時出山救人被傳為有逆天改命，起死回生之力，遂稱之巫醫山。
巫族盛傳女媧神寂後的一片靈魂轉世投胎，曆經九世將重回巫醫，是以曆代三巫醫尊和巫姆將守護一位被“選中”的女子擁有女媧魂魄之力。但因為上古巨鼇的詛咒，被選中的女子一旦動情便會給巫醫山乃至人族帶來戰亂禍患，是以又有“巫女出，天下變”，“得巫女，得天下”的傳說。
這個傳說後經多代的傳唱，甚至引得心懷叵測之人來尋覓這所謂的巫醫山，尋找女媧大神留下的神器，以圖一統天下。
而魏晉南北朝時期正是中國古代最為混亂的時期。公元386年，北朝先繼十六國後被拓跋鮮卑建立北魏，後因“六鎮起兵”陷入分裂和內戰。孝武帝末年，權臣高歡、宇文泰割地成國，分北魏為東魏、西魏。
公元545年，巫醫村天降祥瑞，凰鳥啼喜，一個小女娃降生於這古老而神秘的山村。而更為奇特的是，作為巫醫之尊的三巫醫尊將小女娃從培養“聖女”的巫姆手中將她接過，從此她有了一個嶄新的身份——三巫醫尊的孫女，鵲笙。
公元557年，這注定是天下極不太平的一年，西魏宇文護急於逼迫恭帝讓位，拉攏脅迫西魏十二大將軍楊忠。為了能真正控製楊忠等將軍，他催動了先皇為控製異族將領而下的雙生蠱。
楊忠長子楊堅因生有“異相”而被人認為有帝王之相。為了不為人知的謀劃，楊忠將被下蠱毒的楊堅送於尼姑庵撫養。而楊堅也成為宇文護控製楊忠的重要籌碼。
鵲笙便是在這樣一個沒有硝煙的戰爭中與楊堅相遇，在她眼中他還不是未來的九五之尊，是那個可以嬉笑打鬧的“羅延”，是那個為他抵擋白虎的野蠻人，是三生洞中與她相濡以血的朋友。
三巫醫尊推算出楊堅的出現將會攪亂天下，更會給阿笙帶來一生的痛苦。曆史終究是曆史，繁華看盡，三生洞中的許諾，與那個斡旋於南北朝之間的毒醫傳人究竟該何去何從……