高中生名偵探工藤新一，被認為是“日本警察的救世主”。
一次在與青梅竹馬小蘭，即毛利蘭，去遊客場玩，發現兩個行為詭異的黑衣人。於是跟蹤他們直到交易現場，而另一個黑衣人趁其沒有防備從後麵襲擊了他，並灌下一中名叫“aptx-4869”的神秘毒藥，企圖將他滅口，卻因其副作用而讓他的身體回到發育期的孩童狀態。
考慮到黑衣人知道他還活著的話，會對他身邊的人下手。為了守護身邊的親人好友，不讓他們受到牽連，於是化名“江滬川柯南”，寄住在小蘭家中，想借助其開偵探事務所的父親毛利小五郎來尋找黑衣人。不料小五郎是個冒失的糊塗偵探，對其沒有任何幫助。所以在案件發生後，柯南用阿笠博士發明的手表型麻醉槍讓小五郎睡著，然後用蝴蝶結領結發聲器模仿他的聲音來進行推理，幫助警察解決了許多案件。同時也結交了許多夥伴，也一直尋找著黑衣人組織的下落，希望有朝一日可以將其繩之以法，並變回原來的樣子……