第三階段：高潮：十年的高能汙染讓人類人口大幅度縮減，可是剩下的人們逐漸出現了可控性的變異，在體內累計了大量的高能汙染物質之後，有部分人類適應了這些高能汙染物，並且出現了可以控製體內高能物質的新生代人類，剩餘的人類將那些新生代聚集了起來並且納入了編製，雖然經曆了科技倒退，但是這些新生的生物兵器讓幸存者的領導人們產生了虛幻的自信，於是他們認為男主那樣的科研人員是弱小的，就算掌握了舊時代的技術也不會有多少威脅，於是渴望著男主所擁有的技術的幸存者政府決定對男主施壓，希望以此逼迫男主交出自己所擁有的技術，男主在思考之後認為將這些技術交給政府是正確的，雖說不滿於幸存者高層的態度，他出於理性依舊是答應了，但是政府因為知道男主當初被他們追殺過，所以擔心男主會有想法，為了將這個隱患抹消，信心滿滿的幸存者們在交接的時候進行了埋伏，然而男主在這次交接之中隻交付了一小部分的技術，並且承若在之後會分期逐漸一點點的將自己的技術交付。幸存者的領導人們不由的懷疑男主不是真心想要將自己的技術全部上交，雖然之後男主解釋了直接將全部技術拿出來他們也沒辦法全部吸收，那麼就由他先暫時保管這些技術，之後矛盾得以緩解，但是彼此之間終究還是買下了裂隙。之後幸存者們提出要聯合消滅四處獵殺人類的外星生命體，男主答應了他們的請求，最後在到達埋伏地點的時候因為外星生命的等離子化使無線通訊中斷，男主和政府軍失散，男主沒有等到前來接應的幸存者部隊，在短暫的猶豫之後男主決定先行麵對外星生命體，然而失去了男主行蹤的政府開始了對男主的猜疑，在一輪緊急會議中，通過投票表決，政府決定用殘留的核熱裝置對外星生命所在區域進行飽和戰術核武器打擊，於是在男主靠近外星生命體的途中，yaya檢測到了在途的核打擊，通過和yaya的量子通訊，男主得知自己已經沒有時間撤離，最後男主通過他帶來的設備強行對外星生命進行捕捉，在捕捉的第一階段成功之後，他帶著外星生命衝向屏障，屏障是有厚度的，在男主的冒險之下，男主通過磁場的約束強行突破屏障進入了屏障之中，借助屏障躲過了政府的核打擊，最終在屏障中把小 boss消滅。
第四階段：新地圖和新任務 歐洲遺跡yaya同族，絲綢之路，徒步，前往歐洲打開壁壘，在歐洲神話遺跡內遇見yaya的同族，yaya的同族對yaya進行了抨擊，它指出了外星文明的擴張戰略，指責yaya是背棄了文明母體的背叛者，yaya在傷心之下，終止了對男主的支援，並告訴男主和自己的同族自己要冷靜地思考一番，在此期間她不會在對外界進行任何幹擾，並就此進入了冷凍狀態。在失去了yaya的設備支援之後男主難以抵抗來自歐洲區域幸存者政府同yaya同族的聯合打擊，選擇了撤退，在一係列艱難困苦的逃亡之後他回到了亞歐壁壘，重新穿越壁壘，回到yaya所在的外星遺跡，他通過十年期間在yaya那裏偷偷竊取到的權限，打開了遺跡。重新見到yaya，看著沉睡在冷凍倉內的yaya，看著yaya那蒼白而透明的臉，男主思緒萬千。在幾天的準備和思想鬥爭之後，男主終於選擇從外部解除了yaya的冷凍沉眠，保住從冷凍倉內滑出的yaya，用自己的體溫讓yaya重新恢複了意識，一番嘴炮之後，yaya決定幫助地球這個美麗的文明，在重新獲得了yaya的支援之後，男主做好了準備再次進入歐洲，一番艱險之後終於是擊敗了歐洲的yaya同族，在yaya的請求之下，男主沒有殺死她的同族，而是將它像是yaya之前那樣放進了冷凍倉，將其冷凍，在冷凍的最後一刻，男主背著yaya對她的同族注射了精神藥劑，並將之冷凍。
第五階段：在將全球的屏障與汙染解決之後，地球重新恢複秩序，人類各國政府吸收到足夠的外星文明知識並且化為己用，這個時候男主的技術領先已經不再那麼明顯，各個區域的領導者們重新組建聯合國，這個時候有部分區域首腦提出男主在地球科技倒退的時候不僅沒有對人類施以援手反而進行了技術壟斷，追究這一點，部分區域提議將男主以反人類罪逮捕，與此同時也有部分區域代表人指出了男主在科技倒退期間並沒有做出任何有害於人的舉動，反對對男主處以極端手段。最終新聯合國決定對男主進行公開審判。在新聯合國法庭上男主拒絕承認自己有罪，他提出抗議，並且舉出自己消滅了外星生命體的證據，然而原告方提出當時通訊中斷以及核打擊，現場沒有留下任何可以證明男主言論的證據，他們有理由相信外星生命是被政府的核打擊消滅的，而非男主所為，在審判的最後，聯合國政府指出男主勾結了外星生命－［yaya］，對男主進行了將軍，審判的結局是男主被判決為有罪，男主抗拒處決，並且再次踏上了流亡之路，在三年的流亡之後yaya被產生了技術爆炸的地球文明捕獲，男主為了救出yaya孤身一人趕赴聯合國大廈，並最後在那裏被捕，在關押期間，同樣幸存了下來的男二提出了外星思想傳染理論，在男二的推動之下新聯合國對男主以及yaya實施了深層冷凍。