陝甘的回民暴亂雖然被平定的七七八八了，但是殘餘分子卻逃竄到了新疆地區。回民和新疆的維族人，還有中亞的各國百姓都信仰伊斯蘭教，他們之間同是穆斯林兄弟，關係十分緊密。
因為當時朝廷的主要精力都放在處理太平天國和洋人的事務之中，所以導致朝廷對新疆的控製力度大減。從1862年開始，新疆各地，尤其是回民較多的北疆，都豎起了反清旗幟。庫車、喀什、吐魯番等各大城池都成了一個個的反清勢力，組織了自己的武裝和清軍互相攻伐。
這些亂賊，勢力大的，就是手底下有個幾千人，勢力小的，就是三五十個人聚集在一起。所以在初期根本沒有引起朝廷的注意，隻是派少量部隊前去平定叛亂。
但是，這些亂民之中，有一個算是比較有政治智慧的，此人名為司迪爾，他占據著喀什城（維吾爾老城），手中有精兵八千，是新疆排名比較靠前的大軍閥。司迪爾為了壯大，自稱“埃米爾”，並且派使者到浩罕國去請“聖裔”來做他們的領袖。
浩罕國位於今天的烏茲別克斯坦，是中亞的重要國家，也是一個伊斯蘭教國家。浩罕國境內，有相對來說比較多的聖裔。所謂聖裔，就是先知默罕默德的後裔。在信奉伊斯蘭教的穆斯林眼中，聖裔是崇高的，尊貴的。穆斯林的國家理應由聖裔來管理，其他人都不具備這個資格。
司迪爾希望能夠找到一個聖裔，這樣就可以讓自己更具有號召力，其他的維族勢力也會因此歸附到他的旗下。
1865年春，浩罕國大將阿古柏受命帶兵護送“聖裔”布素魯克到喀什。抵達喀什之後，阿古怕和布素魯克也不客氣，竟然將邀請他們來的司迪爾趕出了喀什城。布素魯克和阿古柏雀占鳩巢，當地了喀什老城的新主人。
司迪爾沒想到竟然請進來一條狼，差點把自己吃了，當然大怒。於是就帶兵七千，對阿古柏和“聖裔”布素魯克發起了進攻。
阿古柏此人勇悍無雙，而且這次還有“聖裔”的支持，占據了宗教高度，所以他竟然帶著一百多騎兵大敗司迪爾的七千人馬。其後，阿古柏又多次擊敗司迪爾，收編了司迪爾的部隊，將司迪爾逐出新疆。
同治四年（1865年）四月，阿古柏扶持“聖裔”布素魯克在喀什建立“哲德沙爾汗國”。建立國家之後，阿古柏南征北戰，迅速的在新疆南部打下了一大片土地。
同年夏，阿古柏率軍進攻喀什（漢城）。喀什是清軍在南疆的唯一一個根據地了，一旦此城丟失，則朝廷的勢力就會被徹底的驅逐出南疆。
而朝廷在北疆實際上也基本沒有掌握幾個城池了，所以，此戰如果戰敗，大清相當於就會丟了整個新疆。
此刻，接到喀什被圍的消息之後，原本對新疆的局勢抱著放縱態度的朝廷終於忍受不住了，如果再任由這種局勢發展下去，這片“新得的疆土”就會失去。
但是朝中此時卻分成了兩派，一派堅定的認為，大清的主要敵人是英、法列強，現在國家的精力應該是放在處理海防之上。至於新疆，本就是乾隆爺剛得到的領土，而且又遠離中原、土地貧瘠，所以可以暫時放棄，等到朝廷勢力強盛之時再發兵征討。
另一派則認為，海防重要，塞防也同樣重要。新疆五千裏江山是經過康熙、雍正、乾隆三代，上百的時間才征戰得來的，不可輕言放棄。
在朝中，兩派人馬發生了爭論，其後，各地方大員也紛紛表態。在地方上，江蘇巡撫李鴻章主張放棄新疆，而閩浙總督左宗棠主張征討新疆。
李明峰在得到消息之後，立刻上書清廷，表明立場，請求朝廷立刻派兵出征新疆，驅逐阿古柏。但是慈禧卻回了李明峰一封密信，信中將朝廷的難處都寫了出來。