無論怎麼說，又一個招致罵名的事是不可避免了。據說，在簽訂了空前屈辱的《辛醜條約》之後，李鴻章返回府內，便大口吐血。但還是堅持著給朝廷寫報告（即《和議會同畫押折》），提出了那段著名的警示之言：
“今議和已成，大局少定，仍望朝廷堅持定見，外修和好，內圖富強，或可漸有轉機。譬諸多病之人，善自醫調，猶恐或傷元氣，若再好勇鬥狠，必有性命之憂。”
豈料他一心扶持的朝廷已無可救，他也已耗盡了精力。最後，他仍然支撐著病體，晝夜勞作，收拾殘局，這段時間內給朝廷的奏折幾乎是一日數上，從各種史料記載可以看到。
兩個月之後，他背著漢奸的罵名逝去，彌留一日，目不能瞑。
而李鴻章一逝，大清上下就失去了惟一能夠與洋人周旋的人。
在回鑾北京的道上，慈禧太後得到了李鴻章的死訊。“太後及帝哭失聲”，大清國猶如“梁傾棟折，驟失倚侍”。
太後終於說了一句的“公道”的話：“大局未定，倘有不測，再也沒有人分擔了。”
李鴻章去世之後，對於這位曾令日本畏懼也被日本人折辱的大清重臣，日本的報紙仍予以足夠的尊重，稱“李鴻章自從退出總理衙門後，或是被派去查勘黃河工程，遠出於山東，或是出任商務大臣（1900年初還署理兩廣總督），僻居於兩廣，直到義和團事起（八國聯軍侵華），又再次被任命為直隸總督，與慶親王一起擔任議和全權大臣。事方定而溘然長逝，此實可稱悲慘之結局，而不可謂恥辱之末路。為何也？彼其雄心，至死未消磨盡也。”
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甲午之敗，一批淮軍將領倒下，但另一批淮係將領、北洋係統、出身李鴻章門下的人，逐漸走上了督撫大員的職位。
去世之前，李鴻章向朝廷推薦了任山東巡撫的袁世凱接任直隸總督兼北洋大臣。
李鴻章這次眼光很準，袁世凱確實是能知兵之人。自遼東戰場擔任後勤指揮、負責十五處兵站的運轉起，袁世凱就瞧出了清軍敗退的原因。他的機敏幹練體現在了對新軍事技術的領悟中，“在清國的所有官員裏，他是第一個認真學習外國軍隊組織方法和戰略戰術的人，並且也是第一個極力鼓吹軍隊必須實現現代化的人。”（《帝國的回憶：〈紐約時報〉晚清觀察記》）
憑借這個和現實需要助力，他從山東編練武衛右軍，借鎮壓義和團擴充軍隊，一步步實現了編練新式陸軍的構想，創設直隸軍政司，作為常備軍的管理、訓練和教育機構，規劃了完備的軍事教育體係，陸續開設了陸軍小學堂、高級軍官學校以及不同兵種的專科學堂（1903年於保定建成“北洋陸軍速成武備學堂”，即為民國的保定陸軍軍官學校，有誰能想到，一批從這裏結業的學生，日後成為抗日戰場的將領。）
以此為起點，袁世凱開始了新一輪的練兵事業，直至練成北洋六鎮。
估計朝中琢磨“倒淮”的人不曾料到，袁世凱編練新軍，骨幹竟然仍是淮軍，最後仍然是北洋係。很多人也不曾料到，北洋六鎮本來被朝廷倚重，而他又挾這支新軍之威，成功逼大清皇帝退位。
這支軍隊，幾乎成了近代幾大軍閥的搖籃。一批北洋六鎮的幹將，走上了政治舞台的高位。段祺瑞、馮國璋、曹錕……還有在建軍初期加入並依托北洋六鎮成長為骨幹的，吳佩孚、孫傳芳、馮玉祥……再加上曾依附於一大幫人，一朝星散，成為北洋軍閥分裂後禍國混戰的大小頭領。
功也，過也？
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洋務運動三十年，清王朝有了重大的發展——最重要的是有了近代工業的起步。
最主要隨之而來的，是西方思想加快傳播，漸成風氣，這已經是清王朝無法關門遏止的了。
李鴻章晚年，有些許變化，就是傾向於施行新政。
早年他就有“天下事窮則變，變則通”的認識，但興辦洋務而不以政治、經濟製度及社會文化等內容的變革，在舊有官僚體製下，根本不能徹底解決問題。實際上，甲午之敗即是證明。而且隨著辦洋務的深入，他已經看出“變法”的實質，並籠絡和使用了一批有維新思想的人才。
維新開始之後，他同情康梁，暗地裏支持和保護維新派，也經常給太後那兒敲敲邊鼓。維新失敗、維新派遭難以後，有人彈劾李鴻章是康黨，有次太後也旁敲側擊地問他：有人說你是康黨。
李鴻章答：“臣實是康黨，若舊法能富強，中國之強久矣，何待今日？主張變法者即指為康黨，臣無可逃，實是康黨。”