打仗，就看誰更能支持。
台灣軍民軍械不精，缺餉少彈，苦苦支撐。那頭日本人也經受著後勤不足，人員不足的折磨，困難遠超預想。
日軍遇上了第三個麻煩，一位老對手，如影隨形，讓鬼子苦不堪言——疾病。
日軍跨這麼大緯度南下，一個多月的作戰，因不適應台灣氣候、水土不服而患病增多，又死了1108個。[ 宗澤亞《清日戰爭》]
雖然日軍對醫療救護相當重視，有遠優於清軍的醫療體係，資料顯示：軍隊在編製上配有衛生隊或是野戰病院，且兵站所中也配有相關醫療人員，協助相關的救護活動。在派遣來台灣的近衛師團第一批部隊，就層層編配衛生隊、第一野戰醫院、及兵站部（當中部份為衛生預備員、衛生預備廠、患者輸送部等），之後第二批運送的部隊中，又加入第二野場病院等 ，都是作為傷病士兵的治療及後送負傷者等任務。 [《日本赤十字社台灣支部初期之研究》引自《攻台戰紀：日清戰史——台灣篇》]
不過，由於當時台灣的陸上交通狀況相當不便，再加上戰場形勢複雜激烈，日軍往往並不能輕易地安排這些救護機構。再者，疾病的侵襲也常使軍隊士兵，甚至醫療人員自身都陷於死亡的邊緣。就是說，軍醫也會病死，即使日軍部隊已經十分注意減少他們的戰場傷亡。
超過想象的醫療需求，軍隊醫生已經不夠用。日本不得不征召大批的醫療人員，日本“赤十字社”（紅十字會）也跟著進入台灣戰地，救護日本傷病員。
一邊侵入別的國家殺人，一邊自己的紅十字會還跟著進去救人，怎麼看怎麼覺得悖謬。是這樣的嗎？
當然不是。這個“赤十字社”僅套用一個名字好顯得“文明”一點而已，不是什麼無差別地實行人道主義救援的組織，而是完全類似於軍隊醫院性質。日軍有關對日本赤十字社救護員的使用，就規定 “赤十字社就醫員、藥劑員、看護員、及醫療相關物品等進行準備，並依野戰衛生長官的指揮提供使用之；就進行活動的地域上，包含兵站所管內的病院、患者集合所及內地（日本）的預備病院中。”
當時日本赤十字社擔任戰地救護活動者，稱之為“救護員”，主要分為“醫員”、“看護人”、“輸送人”、“看護婦”等四類，並且當時醫員（醫生）及輸送人多由軍醫及陸軍的步兵來充任。[ 《日本赤十字社台灣支部初期之研究》]
現役軍人充當赤十字社的主幹，說到底，還是軍隊。
如果統計時加上這些人員，那侵入台灣的日軍，還有前邊與清軍作戰的日軍，到底總數是多少？
這些明的暗的措施，包括掩人耳目、做給“文明世界”看的幌子，一樣挽救不了該死的鬼子的命。
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但日本政府，還有“日本人民”能承受這些代價，瘋子一樣不惜代價地侵占別人的土地。
集中於新竹的日本近衛師團一麵派出前哨，加強戒備，一麵在積極進行出擊前的準備。
北白川盼啊盼，8月8日，從基隆登岸的日軍第二師團混成第四旅團，終於在伏見貞愛親王的率領下進入台北城。
這樣一來，新竹的近衛師團已完全解除了後顧之憂。
就在8日這一天，近衛師團立刻全部出動，對台中地區發動了新的攻勢。
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台灣北部完全失陷，形勢立刻惡化，彼時起，台中開始直接麵對鬼子的兵鋒。
台中的局勢，直接決定台南的安危，台南也已經感受到了越來越強的壓力。在此形勢下，台中與台南的聯合已經到了不得不實行的地步。
對此最憂心的是台南的劉永福。
甲申年中法之戰中立下赫赫戰功的抗法名將、黑旗軍首領劉永福。
1885年，劉永福終於下決心率三千黑旗軍由安南（越南）撤回國。
這期間，其實朝廷還是很在意劉永福的貢獻，並考慮到法國進占越南涉及到黑旗軍特別是劉永福的安危，諭示岑毓英等大臣征求他的意見（估計更多是做說項），因為劉永福還受封於越南。但歸國，也許是他當時情況下的最好選擇。劉永福因功被朝廷授記名提督簡放，頂戴花翎，回國後又被賜予“伊伯德恩巴圖魯”名號和“三代一品封典”的恩賞，1886年授南澳鎮總兵。
很多人說，這不過是給這位曾經的“反賊”頭領一個官職養著他。朝廷千方百計拉攏勸誘這支被“招安”的軍隊回國，十年內，一再裁撤，最後隻剩300餘名老兵，著名戰將亦多星散，一支英雄勁旅被清朝政府無形之手摧殘殆盡。
實際上，戰時募勇擴軍，大戰之後裁軍，是大清的一個通行做法。麵臨裁撤的何止是一支部隊，再說按清朝兵製慣例，多數總兵也是這種情況，不可能在平時擁有大量部隊。
戰爭造成的巨大財政負擔也使地方大員們飽受重壓，中法戰爭剛剛平靜，岑毓英地方督撫就急急地建議裁撤勇營，被朝廷申斥。“惟條目尚未議定，事變殊難豫度，越南地方未靖，尤易橫生枝節。各路防軍斷不可因有可和之機，稍形鬆懈。仍著岑毓英嚴督各營，擇要駐紮，認真操練，以備不虞。”並特別指示，“所有裁並勇營，著照所議辦理，務期汰弱留強，以資得力。劉永福一軍，前經打仗著績，不無微勞。此時該軍退紮大灘保勝一帶，著該督妥為拊循，並詳察該軍現在勇數若幹，若何安置之處，妥籌具奏。”[ 《清實錄》]
因此，遵照汰弱留強原則，和對黑旗軍功勞的考量，還是進行了獎勵和妥為安排。特別是張之洞十分看重，為保留這支作戰力量，也給予了相當加強。
但黑旗軍連年征戰，已是犧牲很大，大量老弱傷殘需要安置，回國時舊部止有五百強兵，還是張之洞從擬裁撤的奧勇之中挑選精壯，給補齊了2000人。
可是，十年之內，整個國家文恬武嬉，黑旗軍亦所難免再度凋零。
1894年中日戰爭即將爆發，台灣孤危，朝廷急需知兵之將，於是又想起了他，“六月丁卯（7月24日），命南澳鎮總兵劉永福赴台灣。”[ 《清史稿》]
劉永福受命援台，前赴危區。
“撫劍夜吟嘯，雄心日千裏。”花甲之年又蒙召，一股再赴沙場、為國殺敵的豪情肯定充塞了這位老將的胸膛。
但，別看是奉王命幹正事，劉永福從開始便備受種種掣肘。
據說渡台前，他要求閩、粵總督準其回粵西、桂南招集舊部，重建黑旗軍。但被婉言拒絕了。
究其原因，也是一聲歎息……這還了得，按封建官僚們的邏輯，被招安了也是“賊配軍”。你那些驍勇能戰的部下，最好還是老死田間吧。就是到了戰爭一觸即發的時候，總督們也深諳朝廷防內甚於防外的心思，誰也不敢做主，沒人接這個茬。於是劉永福的要求被阻，而且連錢糧也不給，按規矩，你去台灣，軍費該找台灣巡撫要。
悲憤之下，劉永福還上書朝廷，痛陳“當此之時，既無糧鈉，何能招軍？言至於此，不禁痛哭！此皆福平日有統軍之名，無統軍之實。”（劉水福《乞總署代奏下忱書》）其實，讓他成了空銜將軍、光杆司令的正是那個滿清朝廷。
所以，朝廷隻是一再催他起快起行，而隻答應暫時先招募部分新兵。
盡管困難重重，但劉永福守台心切，想盡辦法立即就地補足四營人，後又續招兩營，於8月1日成軍（這一天，中日雙方宣戰），9月2日在汕頭乘輪東渡。
這一去，別說招舊部，連回粵招募新勇的機會都沒了。
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按朝廷的意思，劉永福是和唐景崧一起輔佐巡撫，從軍事上加強台灣防衛的。但一到台灣，他就被巡撫邵友濂奏請部署在台南，直到唐景崧當了代理巡撫，直到日軍登陸台島。