毛文龍謝過袁崇煥，便複又坐下。
袁崇煥見毛文龍安坐後，便道：“本師此次前來，與毛總兵商量，改革營製，別設監司的，蒙皇上知遇之恩，授薊遼全權之責，本官亦不敢絲毫懈怠，終日思量如何應付這遼東戰事。那日，京師麵聖，本官許下軍令狀，諾五年可平遼東，但皇上聖明，恐本官難以完成，許以十年之功，本官心感聖恩，決心盡早平複遼東，以報效大明，報效朝廷，報效聖上。
如今遼東各地總兵均擅權專斷，號令不得統一，實乃難以集中力量，應對東虜，故此便於毛總兵商量，是否可以將皮島之兵統一納入薊遼軍隊之中，協調作戰？”
毛文龍心中一聽咯噔一下，心中猶如翻江倒海地：這東江、皮島等島嶼，本是荒涼，全仗自己一人，招集逃民，經營起來，費了十數年的功夫才能夠有如此規模。但此次來了袁崇煥，卻無端硬來幹涉，這我怎麼能夠，肯低首忍受？思量如此。
毛文龍賠笑道：“袁督師，不瞞您說，這島中軍民，全係恩義相連，不便另行編製”說罷，便將前因後果，敘述一番。
袁崇煥微笑道：“我亦知貴鎮勞苦，但目今外患交迫，兵務倥傯，朝中大臣，又未必肯諒苦衷，我是奉皇上特遣，不得已來此，為貴鎮計，到不如辭職還鄉，樂得安閑數年呢。”
毛文龍一聽勃然道：“我亦久有此意，隻是滿洲事情，還沒有辦了，眼前知道邊務的人，又是很少。據文龍的意思，平了滿洲，奪得朝鮮，那時功成名立，歸去未遲。”
這毛文龍竟如此膽大，太屬狂言，說至此，竟放聲大笑起來。這一下的說得，袁崇煥嘿然無語。心裏麵殺機頓顯，但是又想起皇上說得話，卻不得不壓了下來。
心裏想到此事暫且放下，等今後慢慢抓住其把柄再奏明聖上處置。
忽地，袁崇煥站了起來，整了整衣冠，從衣袖口袋中抽出一個密封的紙筒來，肅穆地說道：“毛文龍等眾將接旨，皇上密旨宣！”
毛文龍等旁邊幾位將領，均一聽渾身打了一個機靈，便三呼萬歲齊刷刷地跪倒在地。
“上諭：遼東之事事關大明安危，朕以命薊遼總督全權署理遼東大小軍政事務，賜上方寶劍，授臨機專斷之權。
遼東之事，不僅隻有路上之爭，更有海上之戰，平遼非十年之功不可，著兵部尚書兼右副都禦史，督師薊遼、兼督登、萊、天津軍務，統領遼東陸、海各部，協力抗敵。
擢升皮島總兵毛文龍為兵部侍郎銜，統領大明北方水師，造戰船，整軍務，招募水軍，其他毛部所屬一幹將士均升一級，並著戶部撥銀三百萬倆，用作水師軍費，望爾等竭盡全力，共建強大的大明水師。
應特別要訓練一支海上路上均能作戰的小股精銳部隊，待東虜進攻薊遼之地，劫掠其沿海之城，騷擾其部隊、糧草、經濟等事，牽製東虜部隊之行動，為最後進攻遼東做海上的準備。
為保軍隊調動統一，袁崇煥為遼東戰事總帥負責全麵，毛文龍為副帥負責海上。
朕思崇煥之人，性耿直，不容奸妄小人，欲統軍權，號令各地軍務，恐因編製之事，擅殺大將，自毀長城。故告崇煥不得擅殺毛文龍，但毛文龍乃桀驁不訓之人，恐爾等兩人共事艱難，特下諭告知爾等二人，今後要精誠團結，為了大明之振興大業，合作協同，共擊東虜。
若因二人個性不合，影響遼東戰事，朕決不輕饒，望二人以此諭為心，不負朕意。
欽此！”
這一份上諭，袁崇煥也沒有見過，讀著讀著便被皇上在裏麵的命令，所驚住了，這皇上如何知曉自己要改革軍製，收編軍權呢，這裏麵還要求我們要好好地共事，並對以後的戰事安排作了很詳細的部署，唉，看樣子皇上已經有了一個全盤的考慮，比我考慮的周到啊，罷了，罷了，我還是按照皇上的旨意行事吧。
而這邊的毛文龍、孔有德、耿精忠等人俱是驚恐萬分，一來知曉這袁崇煥原本會因為自己違抗帥令斬殺自己，二來這萬歲洞悉先機免除自己一死，又升了自己和一幹將士的官職，劃撥了專門的軍餉，讓我們打造一支強大的水師部隊，這責任重大啊，皇上真是英明。
袁崇煥想完以後，看在地上跪的幾位全都在發愣，心裏麵也是有點唏噓，自己何嚐不是如此啊，不過呢，今後還是要和他們一起共事的。
想著便“咳”了一聲道：“毛總兵，爾等還不謝恩”
這才讓毛文龍等人醒了過來，三呼萬歲謝恩，毛文龍雙手恭敬地舉過頭頂，小心翼翼地接過密旨。袁崇煥見他們都已起來，一幹眾人便有做好後，開始與毛文龍商談軍事之事。
這次商談確定了袁崇煥為總指揮，毛文龍為副總指揮的大明遼東前敵軍事指揮機構，也明確了二人的分工，讓原本因為袁崇煥斬殺毛文龍，引發手下大將投降的曆史改變了。從此，在遼東海麵上多了一支百戰百勝的水師部隊，這也是今後明帝國北太平洋艦隊的前身，亦是今後收複遼東，從海上進攻的主力艦隊；還是其後發生的朝鮮抗日戰爭；日本本土戰爭的主力艦隊。