國家計委也派出官員和‘號家前來考察，為編製塔裏木河流域環境綜合治理計劃提供思路，也為中央領導責成國家計委進行的項目提供依據。
1999年5月，“2l世紀塔裏木河流域管理國際會議”在烏魯木齊召開，將國外的資金援助和世界河流管理先進模式引入塔裏木河的治理和管理。同時，“塔裏木河下遊綠色走廊保護問題國際討論會”也在烏魯木齊舉行，中外專家聚集一堂，共商綠色走廊保護大計。
世界銀行出資援助的塔裏木河流域首期項目已經完成。由澳大利亞贈款和技術援助的世行二期項目，也正在著手進行。塔裏木河流域的治理和下遊綠色走廊生態環境的保護，正逐漸引起外界的廣泛關注。
就在千禧之年到來的前後十幾天時間裏，新疆組織了38位農業、水利、林業、生態等方麵的專家，為進人塔裏木河整治的實施階段，進行了針對性的實地考察，這次考察正式拉開了塔裏木河生態環境綜合治理的帷幕。
經過實地踏勘，專家們認為應以塔裏木河中下遊生態環境為綜合治理的切人點，以提高河水利用率人手，通過歸並引水口來加強河岸和河道的建築與管理，合理配置生態用水和收取水費。把控製上遊用水，整治中遊河段，保護下遊綠色走廊，實現全流域的生態效益，作為塔裏木河流域綜合治理的方針。
與此同時，塔裏木河流域管理局為各用水單位辦理了取水許可登記，對架泵取水和扒口引水行為實行了嚴格管理。
新千年伊始，塔裏木河流域管理局召集五個地州的州長、專員和兵團四個師（局）的師長們，與塔裏木河流域管理委員會主任簽定年度用水協議，明確生產生活和生態用水比例，上中下遊用水比例，地方與兵團及國家大型企業用水比例，按計劃限額用水，按規定統一征收水資源費，完善配套法規，進入法製管理的軌道。
在統一管理中，人們得出以下共識：上遊和中遊應放慢開發速度，必須保證一定的水量流往下遊。中遊清理河道，束河築堤，實現灌區河道化，禁止毀堤引水，大水漫灌；在支流共興蓄洪水庫，對水資源作季節性調節，使塔裏木河常年有流水，下遊應大幅度退耕還林，恢複綠色走廊生態環境。
自治區還提出要求，立即凍結塔裏木河及源流地表水的增加用量，實行渠道防滲和田間節水。建設山區水庫，加大塔裏木河水量的控製能力，並且大力開發地下水資源，減輕塔裏木河的負荷。
外援應該爭取，但治理工程還要靠本地區的力量來實施。在開發大西北、治理塔裏木河的鼓號聲中，阿克蘇地區一馬當先。
千禧之年剛剛開始，阿克蘇農村就開始了以平整土地和渠道防滲為中心的節水工程。有的區鄉還開展了經濟自立灌溉區節水試點工作。水利行政主管部門紛紛與各用水管單位簽定了灌溉節水責任狀。21世紀春潮將至，阿克蘇河畔就唱出了治水節水的第一曲春之歌。
農一師各團場也分布在阿克蘇河至塔裏木河流域一帶。世紀之交第一個元旦過後不久，各團場就開始引用冬閑水，抓緊農田的早春灌溉減少冬灌地複水，節省用水，計劃用水，以保證春播棉花、早稻、小麥和新植林木的灌溉用水。近幾年來，阿克蘇各團場堅持科學用水，實行噴灌、滴灌、細流溝灌等先進技術，節省了大量農業用水。
分布在葉爾羌河流域的農三師各團場，為了迎接西部大開發和塔裏木河流域的治理，開展了大規模高效率的防滲節水行動。20世紀的最後一年，僅該師48團就投入巨額資金建成兩千多畝棉田的噴灌項目，還在萬畝果園中進行滲灌實驗，為一部分果木引入先進的滲灌材料，由傳統的“灌地”變為“潤根”，使植株根係長期處於濕潤土壤中，提高了果品質量，又大大節省了用水。葉爾羌河岸上的43團，也新建了防滲渠，開挖了排水渠和攔河排堿閘，推廣膜下滲灌技術，有效地節約了用水。他們還縮小條田格局，采用小格田、大流量的灌溉方法，成功地實現了高效節水。45團也是新招不斷，他們除了用塑料布進行防滲外，還修建了縱橫交錯的水泥板防滲渠道，使葉爾羌河嚴重滲漏得到了控製，大大提高了河水的利用率。
塔裏木河下遊極端幹旱缺水的農二師幾個農場，過去這些團場的領導發牢騷說，種不了糧食種棉花，種不了棉花種西瓜。