希特勒最重視也是最野蠻的奴仆之一，埃裏希.科赫此時距離列寧格勒不遠。此人是東普魯士的省黨部頭目，任職於柯尼斯堡。一定是他作出的決定，將琥珀房子運往柯尼斯堡，他可能想以此搶在“帝國戰備司令部最高長官羅森貝格”之前得到它。合情合理的是科赫也得到了柯尼斯堡藝術收藏館館長阿爾弗雷德.羅德的支持。羅德在圍攻列寧格勒的戰鬥中出於對琥珀房子的擔憂，於1941年8月9日寫信向他的省黨部頭目請示：“一定要采取必要的措施將這一傑作運回祖國。因為它是用普魯士的琥珀製成的，所以應將它運回東普魯士，運回柯尼斯堡。”
科赫製訂了周密的計劃，這樣由重兵護送的、對外宣稱是帝國秘密物資的琥珀房子，絲毫未損地被運到了波羅的海的中心城市柯尼斯堡。1941年11月13日的“柯尼斯堡彙報”報道說：“琥珀之牆就在宮殿中。”
柯尼斯堡宮殿原是德意誌教團的一個城堡，琥珀房子就再次安裝在宮殿南側樓37號房間，這隻是臨時的存放地，因為地方不夠大。剩餘的部分（長長的鏡子和牆腳平板）被裝箱整齊地堆放在宮殿中的拱頂地窖裏。鑲嵌地板，天花板的繪畫以及枝狀吊燈當然都留在了普希金市。正是這一切才為琥珀房子增添了童話般的色彩。
對於這不應得到的幸福，羅德館長簡直有些忘乎所以。1942年6月，他在《萬神廟》藝術雜誌上歡呼琥珀房子是“真真正正地回歸故裏。”“回歸”一詞表明，沒有人想要在戰爭結束後再次歸還琥珀房子，也沒有人想到這隻是由於為了避免遭受戰爭的破壞而暫時將它保管起來。不過，納粹們為了炫耀還是允許人們參觀這件“世界第八大奇跡”。不管怎樣，戰爭帶來的災難是要人們付出代價的。
神秘的消失與不懈的追蹤
戰火一夜間就燒到了柯尼斯堡。1944年8月，英國空軍大將哈裏斯手下的轟炸機，在兩次夜間進攻中猛烈地轟炸了東普魯士的中心城市。內城被炸毀，宮殿也幾乎完全成為一片焦土。
但是羅德館長已經事先有了準備。在那一年的春季發生了一件不幸的事，宮殿的南側房間在一次德國國防軍的展覽中著了火，滾滾濃煙使琥珀房子遭受了損害。這之後羅德讓人把掠奪來的珍寶裝入箱中並整齊地碼放在地下室裏。
在1944年秋天的兩次夜間空襲中，那些箱子的情況怎樣呢？就這一決定性的問題，當今最後兩個仍然在世的目擊者的陳述卻相互矛盾。弗裏德利希.亨肯西弗肯是當時的宮殿管理員，他在襲擊後的第二天與羅德館長一起查看了宮殿的毀壞情況。“那時羅德順口說了一句，謝天謝地，琥珀房子還完好無損。”莉斯爾.阿姆是羅德女兒的一個女朋友，她在同一天的早晨在宮廷花園中遇見了這位館長。根據她回憶的情況與亨肯西弗肯講述的完全不同。“‘哎，博士’，我問道，‘琥珀房子的情況如何？’他回答我說：‘一切都完了。’”直到今天，當莉斯爾.阿姆講起羅德帶領她去宮殿地下室的情景時，臉上仍是一片蒼白。“我看見一大堆蜂蜜狀的物質，四周是燒焦的殘木。這就是琥珀房子。”弗裏德利希.亨肯西弗肯斷然否認了這一陳述。他堅信，那位女士在混亂中沒有聽清，也沒有看準。
琥珀在攝氏375度燃燒並熔化琥珀在古德語中叫做燃燒石。於是我們點燃了一塊琥珀，以便觀察會出現什麼情形。琥珀在攝氏375度時燃燒並熔化。燃燒後的殘餘物並不是蜂蜜狀的，而是一種黑綠色的餾出液，對化學一竅不通的外行來說，分辯不出這就是燃燒後的琥珀。
那麼阿姆女士看到的是什麼呢？有可能是燒焦了的牆腳平板。羅德也有可能在那天早晨，有意或者無意地說出自相矛盾的話。但毫無疑問可以證實的是，他本人在兩天後（1944年9月2日），在給他的上級齊默曼（柏林繪畫收藏館館長）的信中寫道：“琥珀房子隻剩下六塊牆腳平板了。”在同年的12月份，他還開車穿越圖林根和薩克森地區，為藝術品尋找存放地。1月12日，羅德在他最後一封保存下來的信中寫道：“目前正在把琥珀房子裝箱。”1月14日，他對他的兒子沃爾夫岡說，琥珀房子已經安全了。
關於羅德在1944年秋天，在燃燒中的柯尼斯堡所說的自相矛盾的話，使得人們至今對琥珀房子的下落仍是一頭霧水。不過有可能由於德國一直在等待最後勝利的到來，所以人們就有意隱瞞了琥珀房子已經被燒毀的消息。但是這種猜測的意義不大，因為在馬斯河與涅曼河之間有大量的文化財富已成為灰燼。看來，更可信的是德國有意要對盟軍隱瞞新的存放地。