S.4281，《敦煌遺書總目索引·斯坦因劫經錄》著錄為《道經》。實則為唐玄宗禦撰《故金紫光祿大夫鴻臚卿越國公景龍觀主贈越州都督葉尊師碑銘並序》（見《全唐文》卷四十一）。《新編》亦沿其誤。
S.5508《敦煌遺書總目索引·斯坦因劫經錄》著錄為《大乘律二十六部五十四卷五秩大乘律音義第二》。實為後晉可洪《新集藏經音義隨函錄》，此名，既確定了該卷究竟所屬，且關係著該卷之校勘及定年。而《新編》一仍舊誤。
S.5888，《敦煌遺書總目索引·斯坦因劫經錄》擬名為《書儀》。此卷實為《記室備要》。而《新編》逕名《書儀》。
S.6311v，《敦煌遺書總目索引·斯坦因劫經錄》擬名為《字書斷片》，《新編》一仍其舊。實為《玉篇》斷片。
P.3807《敦煌遺書總目索引·伯希和劫經錄》擬名為《大唐內典錄卷第八》，《新編》一仍其舊。實為《吐蕃統治末期沙州龍興寺藏經點檢勘目錄》
2.某些卷子擬名，讓人啼笑皆非。如S.3198v，《新編》擬名為《翁家梁某向新婦孫兒問安帖》。公公“向新婦孫兒問安”，豈有是理？
3.某些寫卷內容非一，當分號列出，而《新編》仍有遺漏，未列細目。如S.361vb，《新編》僅雲：“雜寫數行。”而實為《長信草》（崔輔國作）、《三月三日泛龍舟詩》及《曲子名》（隋煬帝作）各一首。
4.不同卷子業經綴合者當加說明而未加說明。如S.4277，朱鳳玉早在1987年已指出為俄藏L.1456之前半，兩者可綴合。《新編》未予說明；
S.2565可與P3024綴合，《新編》亦未說明；
5.說明有誤。如S.3180v《請僧疏》，《新編》“說明”雲“僅存三行，乃於闐國之物，後作為裱褙紙用。”按，此件為沙州歸義軍官衙延請沙州僧尼為於闐王逝世百日追念設供之請疏，今存六行。其事雖關乎於闐國，而寫本卻非“於闐國之物”，亦不“僅存三行”；
P.2354《投金龍玉壁〔璧〕儀》，《新編》“說明”雲：“黃永武定名。”實則為大淵忍爾所定名。
6.目錄正文著錄之卷名，與索引著錄之卷名互不相應。《新編》之《伯希和劫經錄》P.3539v著錄為《殘牒及樂譜兩行》，“說明”雲：“關於兩行樂譜，何昌林定名為‘二十譜字表’”。《新編》之索引第54頁何字部，作“何昌林《十二字譜表》 P.3539v”。兩處著錄的卷名不同，互不相應，徒自亂章法。
8.錯字、脫漏字及增字、衍文，其例頗多，不煩枚舉。
作為應用目錄，第一要求是可信可憑，《敦煌遺書總目索引新編》疏率如此，今人遺憾，亟需加工修訂。
第四種關於某一種類別或某一專題係列的學術性目錄。例如：
1、[日]三木榮編《西域出土醫藥關係文獻複合解說目錄》，刊《東洋學報》四十七卷一期，1964年。本目彙集英法所藏敦煌吐魯番文獻中的醫藥文獻及同醫藥有關的文獻，為敦煌醫藥研究提供係列資料。
2.敦煌石室經卷中未入藏經論著述目錄
3.敦煌所出古逸經疑似經目錄