總目部分，分別別著錄北京圖書館、英國博物館、法國巴黎圖書館所藏敦煌卷子目錄及19種散藏敦煌卷子目錄。這19種散藏敦煌卷子目錄是：
（1）前中央圖書館藏卷目
（2）旅順博物館所存敦煌之佛教經典
（3）李氏鑒藏敦煌寫本目錄
（4）德化李氏出售敦煌寫本目錄
（5）李木齋舊藏敦煌名跡目錄（第一部份）
（6）李木齋舊藏敦煌名跡目錄（第二部份）
（7）劉幼雲藏敦煌卷子目錄
（8）羅振玉藏敦煌卷子目錄
（9）傅增湘藏敦煌卷子目錄
（10）日本大穀大學圖書館所藏敦煌遺書目錄
（11）日本龍穀大學圖書館所藏敦煌遺籍目錄
（12）日本人中村不折所藏敦煌遺書目錄
（13）日本諸私家所藏敦煌寫經目錄
（14）日本未詳所藏者敦煌寫經目錄
（15）敦煌石室經卷中未入藏經論著述目錄
（16）敦煌所出古逸經疑似經目錄
（17）敦煌變文殘卷目錄。根據《敦煌變文集》編製。
（18）敦煌曲子詞殘卷目錄。根據王重民《敦煌曲子詞集》編製。
（19）敦煌四部遺書目錄。根據王重民《敦煌古籍敘錄》編製
索引部分，將總目所載諸卷卷名之首字，按漢字繁體字筆畫為序製成索引，以便檢索。
附錄部分，收載：
1.翟理斯（Giles）：《（英國）博物館藏敦煌卷子分類總目》；
2.《（英國）博物館藏敦煌卷子筆畫檢查目錄》；3.《斯坦因編號和（英國）
博物館新編號對照表》。
此外，本書卷首之《序例》及書末之《後記》，關於敦煌遺書編目的指導思想、編輯體例、編製方法等所作論述，對敦煌遺書編目工作具有重要的指導意義和參考價值。
《敦煌遺書總目索引》“彙萃數家”，搜羅豐富，為研究者提供了極大的便利，直到今天仍然是敦煌學研究者常用的工具書。黃永武先生說“今之學人欲問津敦煌學者，無不依循斯書為梯航。”（黃永武《敦煌遺書最新目錄·前言》）所以此書出版後，受到普遍歡迎。日本極東書店，台灣成文出版社，台灣源流出版社都有翻印本行世。
由於此書編製匆匆，也存在不少問題。例如，作為敦煌遺書收藏大戶之一俄羅斯尚未公布其藏品目錄，故本書不得不置之缺如；此外，此書“包涵既廣，精審不足，草創非易，闕漏猶多，其中列為‘俟考諸經’、‘殘佛經’、‘殘道經’者均一仍舊目，對無名之斷片考出者尠，故雖有‘索引’之歸類，此無名之斷片為數極夥，‘索引’之功能大受折損。”（黃永武《敦煌遺書最新目錄·前言》）僅以《斯坦因劫經錄》為例，黃永武生先就為之改正了1600多個卷子的定名（見黃永武《劉銘恕〈斯坦因劫經錄〉之補訂》，台灣《文史學報》第十二期及十三期）。王重民先生等在此書出版後不久就準備進行修訂及編製新總目的工作，由於“反右”及“文化大革命”運動，躭擱下來。王重民先生1975年含冤去世，此書之修訂及編製新總目的工作迄未進行。2000年，中華書局出版了《敦煌遺書總目索引新編》，可以說是對王重民先生遺願的一次呼應。世紀80年代，敦煌文物研究所敦煌遺書研究室
2.黃永武主編《敦煌遺書最新目錄》，1986年9月，台北市新文豐出版公司出版。此書係黃永武主編《敦煌寶藏》之配套目錄。著錄有：
（1）《英倫所藏敦煌漢文卷子目錄》，著錄英藏敦煌漢文卷子7599號及碎片197號、木刻本19號；
（2）《北平所藏敦煌漢文卷子目錄》，著錄北京圖書館藏敦煌漢文卷子8738號；
（3）《巴黎所藏敦煌漢文卷子目錄》著錄巴黎所藏敦煌漢文卷子6038號；
（4）《列寧格勒所藏敦煌漢文卷子目錄》，著錄列寧格勒（聖彼得堡）所藏敦煌漢文卷子2954號（此據孟列夫編《蘇聯科學院亞洲民族研究所藏敦煌漢文字寫本注記目錄》，已出版之一、二兩冊節譯而成）；
（5）《敦煌遺書散錄》，包括：
○1《中央圖書館藏敦煌卷子目錄》，著錄前中央圖書館原藏敦煌卷子146號；
○2《旅順博物館所存敦煌之佛教經典》，著錄旅順博物館原存敦煌卷子189號（已於1954年調入北京圖書館）；
○3《李氏鑒藏敦煌寫本目錄》，著錄362號；
○4《德化李氏出售敦煌寫本目錄》，著錄37號；
○5《李木齋舊藏敦煌名跡目錄（第一部份）》，著錄14號；
○6《李木齋舊藏敦煌名跡目錄（第二部份）》，著錄44號；
○7《劉幼雲藏敦煌卷子目錄》，著錄20號；
○8《羅振玉藏敦煌卷子目錄》，著錄32號；
○9《傅增湘藏敦煌卷子目錄》，著錄8號；
○10《日本大穀大學圖書館所藏敦煌遺書目錄》，著錄38號；
○11《日本龍穀大學圖書館所藏敦煌遺籍目錄》，著錄7號；
○12《日本人中村不折所藏敦煌遺書目錄》，著錄164號；
○13《日本諸私家所藏敦煌寫經目錄》，著錄194號；