連下四城，長齡以六百裏快遞報捷。捷報到京時，道光以為抓到了張格爾，或者刺探到了張格爾的下落，一看之下，大為失望，不過是克複葉爾羌、英吉沙而已。在道光看來，收回失地並不重要，重要的是拿住張格爾，“朕所日夜思念者，在擒獲首逆耳。”為此長齡被革去紫韁，楊遇春、武隆阿被革去太子太保銜。
雖然克複了四城，但沒能抓住張格爾，所有忙碌都是白費。喀什噶爾戰敗後，張格爾逃到浩罕國境內躲藏。長齡組織了精銳騎兵二千餘人，深入浩罕國內抓捕。每次長齡六百裏加急奏報送到時，道光都不無忐忑地打開奏折，期待著捕獲張格爾的好消息。可長齡一次次讓他失望，就是沒有抓到張格爾。
哀怨之下，道光指示長齡，如果抓到張格爾，就用八百裏紅旗捷報。同時批示：“你老用六百裏加急奏報，讓朕屢屢虛盼，今後隻準你用五百裏加急奏報。”
四個多月沒有抓到張格爾，長齡也急了。五月，長齡派楊遇春帶領馬步官兵三千餘名出境抓捕張格爾，又命楊芳帶一千多人隨時策應。道光在京師內盼著紅旗捷報都快盼瘋了，為了皇帝的心願，長齡加大了出兵追捕的力度。六月，派至浩罕國境內的清軍已有八千六百名，此外還有兩萬人在境內待命。前方將士所用的一切糧秣，都要從後方運輸過來，時間漫長，耗費驚人，軍費開銷一日日上升，可張格爾卻不見蹤跡。
七月五日， 楊芳在浩罕境內與張格爾殘部兩千多人遭遇，雙方交戰激烈。克魯特人又聚集了數萬人馬，截斷清軍後路。楊芳沉著應對，指揮清軍搶占有利地形，構建工事，並不時發起反擊。穩住局麵後，楊芳帶領孤軍且戰且退，苦戰多日方才突出包圍圈。
此時距離入秋也已不遠，不久將大雪封山，大批軍隊若不及時撤退回國，勢必凍斃於境外。長齡一籌莫展，道光再三指責他空言搪塞，耗費糧餉。可浩瀚無際的草原，要抓捕張格爾就如大海撈針，可京師的皇帝，如何能知道前方將領的苦衷。至八月下旬，塞外日益寒冷，長齡收兵回國。
九月，道光下令將長齡調回北京，此時對他的信任開始減弱。在諭旨中，道光道：“朕心懸萬裏之外，惟據長齡等多次奏報，恐係紙上談兵，不甚確實。”考慮到喀什噶爾等地軍務繁多，武隆阿又因病開缺。十月，道光讓長齡暫緩來京，同時派出那彥成為欽差大臣，前去代替長齡。
那彥成得到命令後，估算從直隸出發，需要三個月方能到達喀什噶爾。而善後事宜，也要等到明年開春之後才能辦理。考慮到路途遙遠，行走困難，道光隻能指示那彥成加緊進發，早到一日是一日。另一方麵，則令長齡暫時留在喀什噶爾，待那彥成到達之後，交結完軍務再回京。
那彥成比長齡小六歲，是嘉慶、道光兩朝的重臣。那彥成的祖父阿桂戰功赫赫，名滿天下。嘉慶初年，當長齡還是小小的總兵時，那彥成已經做到了工部尚書，並入軍機處行走。嘉慶四年，三十五歲的那彥成就以欽差大臣身份，到陝西前線指揮撲滅白蓮教起義。道光六年，對邊陲事務有較多了解的那彥成，以直隸總督的身份上疏，給出了係列平亂意見。
讓那彥成來經略邊陲，表明道光已經不耐煩等待了。長齡也明白，如果不及時抓住張格爾，這天大的功勞就要落到那彥成囊中。
十二月二十七日，長齡探聽到張格爾在浩罕國聚集了五百人，有馬隊三百，步兵二百，又約了各地布魯特窮人，準備乘清軍官兵過年時，溜進中國境內滋事。此時大雪彌漫，清軍不適合出國遠征，長齡決意設計引誘張格爾入境，然後再行擒拿。
根據邊境線上的情報，長齡判斷張格爾還要從老路入境。就與楊芳各帶了兵馬，前去阿爾圖什設伏。張格爾入境後，果然向阿爾圖什奔來。
入境後，張格爾發現各地的民眾不肯與他一起鬧事，黑山派還出動了四百多人抓捕自己，知道情勢不妙，就迅速出逃。二十九日，長齡在五鼓時分得到情報，稱張格爾已逃到喀爾鐵蓋山。長齡當即下令各隊官兵立刻出發追捕。