鄭敦謹審案的時候，張汶祥的狡猾就體現在他不斷地拋出一些炸彈來，拋出一些內幕來。這些說法不一定一致，甚至是相互衝突、截然相反的，你說他胡說也可以。反正審案官員又不敢動刑，就隻能任由張汶祥一天一個說法了。就這樣連審了十四天，鄭敦謹終於意識到自己接了一個什麼樣的案子，這個案子的水到底有多深！
在這十四天裏，曾國藩都和鄭敦謹一起，作為主審官坐在堂上。他幾乎沒有說話，一直默默地聽著。鄭敦謹的表情是從躍躍欲試到眉頭緊鎖，從興奮到疑惑再到焦慮，曾國藩的表情一直沒有變過，那就是淡定。看著鄭敦謹審了十四天後，曾國藩淡淡地對鄭敦謹說：“將來隻好仍照魁、張二公原奏之法奏結。”
鄭敦謹當時正為如何交差發愁。刺馬案背後錯綜複雜的關係太多，受到的束縛和約束也太多，鄭敦謹畢竟是官場中人，任憑他再怎麼鐵麵無私、斷案如神，也不能追究真相。這不是正常的案件，而是政治事件。一件事情一旦涉及政治，最高層要求的是保持穩定，不能因這件事破壞了當前均衡、安定的大局，更不能因為這件事動搖現行體製的運行；參與其中的官員在意的是如何鞏固自己的權力，不能因為這件事破壞自己的利益、影響未來的發展。鄭敦謹明白政治事件的處理，太難了。就在他為難的時候，曾國藩給鄭敦謹指出了一條解題思路：照搬張之萬、魁玉的結論。鄭敦謹這才明白，坐在自己旁邊的這個同鄉，老奸巨猾，在審案之前就已經打定了主意，就已經草擬好了結論。可是，他鄭敦謹除了這個方法，又有什麼其他更好的、照顧到各方利益的方法嗎？沒有！鄭敦謹隻能點點頭，表示同意。
同治十年（1871年）正月二十九日，鄭敦謹、曾國藩聯合上奏，說經過認真審理，刺馬案的情形與之前審訊的情況相同，並沒有重大出入。犯人的供述和之前相同，而且經過二十多天的審訊，犯人屢次絕食，現在已經奄奄一息了。如果讓犯人就這麼死了，就逃脫了法律的懲罰，所以應該“迅速擬結”此案。鄭敦謹、曾國藩的處理意見是“請仍照原擬罪名及案內人犯按例分別定擬”。他們的奏折有兩個亮點：第一，特別強調張汶祥“聽受海盜指使並挾私怨行刺”，“實無另有主使及知情同謀之人”。第二，對張汶祥量刑更加殘酷，除了“按謀反大逆律問擬，擬以淩遲處死”外，又增加了一條“摘心致祭”。張汶祥的兒子張長幅，去年歸案的時候十一歲，如今十二歲，年幼無知，並不知道父親的事情。按照大逆罪，罪犯“子孫實係不知謀情者，無論已未成丁，均解內府閹割，發往新疆給官兵為奴”。張汶祥的兩個女兒張寶珍、張秀珍，都已經嫁人，事先也不知情，照律免罪，讓各自的夫家領回去。
鄭敦謹、曾國藩的結論與張之萬、魁玉的結論相比，兩者主要內容是一樣的，隻是前者內容更加詳細而已。審案結果需要所有參加審案的官員簽字畫押。但是，孫衣言、袁保慶兩人在簽字畫押的時候，拒絕簽字。曾國藩在奏折中根本不提孫衣言、袁保慶參加會審一事，這就直接把這兩個人給忽略掉了。
曾國藩在自己和鄭敦謹的奏折送上去的同時，把供狀抄錄，分別送軍機處、刑部存案。這一手很厲害，先把案子存檔，造成既定事實。同時，鄭敦謹、曾國藩在奏折中還給軍機處加了一個夾片。清朝的時候，官吏在上行公文的時候，遇有不方便寫入公文的內容，或者另有其他事情需要陳述，寫在紙片上，夾在奏折或手本的第一頁裏，叫作“夾片”。曾國藩和鄭敦謹清楚地意識到，自己的奏折會遭到質疑。所以，他們提前以夾片的形式給軍機處打招呼，主要是以兩人的身份和地位擔保奏折中的結論。此外，曾國藩自己單獨附了一個夾片，說明此案“實無主使別情”。意思是，此案到此為止，不要再牽連，不要再生事了。
當時軍機處的領班軍機大臣是恭親王奕。奕是曾國藩在朝廷中的政治同盟，他一向支持曾國藩。同時，奕認為馬新貽的案子反複糾纏了大半年，已經造成了很不好的影響，再糾纏下去必將影響到政治大局。如今，曾國藩等人提供了一個還算說得過去的結論，奕也就順水推舟，認可了這個結論。
那麼，實際掌權的慈禧太後的態度如何呢？馬新貽是慈禧太後派到南京去打擊湘軍勢力的，如果說她派遣馬新貽出去的時候還擔心湘軍會造反的話，經過這幾年的觀察，慈禧已經相信湘軍不會威脅到自己的統治。曾國藩想造反，早就造反了。在湘軍攻破南京，士氣最旺盛的時候，曾國藩可以造反；在湘軍勢力遍布東南，如日中天的時候，曾國藩可以造反；在部下給他黃袍加身的時候，曾國藩可以順水推舟地造反。但是，曾國藩都沒有。現在曾國藩已經油盡燈枯，勢力、能力和聲望都不如往日了，說他現在想造反，在邏輯上說不通。鎮壓太平天國後，以慈禧太後為代表的最高層，和曾國藩的交往多了起來，大家見麵的次數也多了起來，曾國藩的為人也漸漸被大家所了解。曾國藩本質上是一個被儒家思想武裝起來的忠臣幹將，而不是野心勃勃的梟雄。朝廷猜忌他，他就主動裁軍；朝廷調他去直隸，他就離開江南；慈禧讓他到處救火，他就四處去給慈禧當消防隊員，而不管這些活對他的聲望會有不好的影響。因為曾國藩的妥協退讓和克製表現，湘軍係統和慈禧等人的關係大大改善。有了這個基本認識後，慈禧也讚同恭親王奕的意見：刺馬案再拖下去，會影響到政治大局，需要早早地做個了結。況且，連曾國藩和鄭敦謹出馬，都隻能查到這個地步，再派其他人過去，又會有什麼結果呢？