1864年，新疆爆發反清鬥爭，沙俄趁機強迫清政府在塔城再開談判。這次，沙俄以武力為後盾，兵臨塔城，其代表巴布科夫極其橫蠻地逼迫清政府在他的分界方案上簽字，並威脅說：“若不照此辦理，稍有更改，我們立即啟程回國，隻好派兵強占。”迫於沙俄政府的政治訛詐和武力威脅，10月7日，軟弱無能的清政府被迫簽訂了由沙俄一手炮製的《中俄勘分西北界約記》。從此，巴爾喀什湖、齋桑湖和伊塞克湖及其周圍的廣大地區，麵積共達44萬平方公裏，全部劃入了俄國的版圖。
這樣，在第二次鴉片戰爭期間，沙俄趁火打劫，通過《瑗琿條約》、《北京條約》和一係列的勘界條約，侵占了中國144萬多平方公裏的土地，取得了比英、法更巨大的侵略利益，是最大的獲利者。
上帝的使者湧入中國
在孔孟之道統治中國封建社會思想意識差不多兩千年後，一批西方人來到了華夏大地，試圖灌輸他們的社會思想體係。這些人就是自稱“上帝使者”的西方傳教士。
早在明代末年，當時的世界殖民霸主之一的葡萄牙人，便想方設法地在中國東南沿海騙到了一小塊地盤澳門。從此，澳門成了西方傳教士進入中國的據點。明末清初，到中國來的傳教士有利瑪竇、艾儒略、湯若望、南懷仁等等。他們隨著《聖經》一並帶來的，還有西方先進的科學知識。他們中的一些人，如湯若望、南懷仁甚至得到了中國皇家的賞識與信任。當這批人正準備更加廣闊地對孔孟的子孫傳播“上帝”的“福音”時，其中的一些野心家攪起了渾水：他們煽動羅馬教廷公開支持自己反對中國禮儀風俗，禁止中國教徒祀孔祭祖，甚至公然幹涉中國內政。這引起了清朝皇帝的不滿，1724年(雍正二年)，清政府正式禁止天主教的活動，沒收各地教堂，中斷了傳教士在華的早期活動。
事隔一個多世紀，西方列強用堅船利炮再次轟開了中國閉關自守的大門。鴉片戰爭後簽訂的第一批不平等條約：中美《望廈條約》和中法《黃埔條約》，都直接規定了美國人和法國人可以在上海、寧波、福州、廈門、廣州5個通商口岸建築教堂。擁有“一體均沾”之利的英國人自然也不例外。但對傳教士活動的正式解禁一事，卻是在第二次鴉片戰爭中的《天津條約》和《北京條約》才完成的。這兩個條約都重申了對傳教士的“保護”，允許傳教士進入中國內地活動，中國政府還要發還以前沒收的教會財產。從此，被禁100多年的傳教活動，終於從“地下”轉到地上，成了光明正大的行動。由於外國人在華行動有了領事裁判權的庇護，“上帝的使者”們更是大批湧入中國，廣播教義並執行其他的使命。
外國傳教士憑借從不平等條約中獲得的特權，在中國設立了許多傳教機構。在直隸(今河北省)、江蘇、浙江、安徽、江西、內蒙古等省區有法國“遣使會”和“耶穌會”；在雲貴、兩廣、四川、東北和西藏等省、區的有法國“巴黎外方傳教會”；在山東、山西、陝西、湖北、湖南等省有意大利“方濟各會”；在福建的有西班牙“多敏我會”等等。根據1858年中俄《天津條約》，沙俄獲得了在中國進行傳教的特權。沙俄在19世紀下半葉，已在我國東北地區修建了100多座教堂。還設立教會學校，培養傳教士。
隨著列強在華侵略勢力的擴大，傳教士在中國的人數也不斷增多。1858年外國在中國的耶穌教士是81人，1864年擴大為189人，1874年達到436人，十多年間增加了5倍之多。到19世紀末，在中國的西方傳教士已達3300多人，他們的足跡遍及中國的城市和鄉村。
緊跟著列強的炮艦再次開進中國的傳教士們所抱的目的，已經與他們的前輩起了很大的變化。除了用天主教的教義改造中國的傳統思想體係外，他們還更多地擔負起殖民侵略的參謀和幫凶的角色。自稱是“上帝的使者”的西方傳教士，在中華大地上到處播散的，卻是殘忍多於慈善，罪惡多於福音。
有很多傳教士本身就擔任了外國駐華使館的職務，或者直接參與侵略活動。第二次鴉片戰爭中，《天津條約》與《北京條約》從起草到簽訂，不僅有各國傳教士參與其中，更為陰險的是，他們在條約中擅自添加內容。擔任翻譯的法國傳教士就在中法《北京條約》的中文文本上擅自增添了“任法國傳教士在各省租買田地，建造自便”的條文。從此以後，外國傳教士以此為護身符，深入中國內地，隨意強占土地，建築教堂。沙俄東正教傳教士英諾森為沙俄侵占中國黑龍江流域領土出謀劃策。1854年他到黑龍江流域進行“征服人心”的工作。曾先後6次航行黑龍江，後又遷到海蘭泡落戶，在黑龍江流域進行侵略活動。他根據多年搜集到的情報，寫了關於占領黑龍江流域的意見書，送給沙俄大殖民頭子穆拉維約夫。英諾森在意見書裏竟然狂妄地提出：要把黑龍江流域劃歸俄國，重新劃定俄中邊界。1858年，穆拉維約夫逼迫清政府簽訂《瑗琿條約》，他就伴隨左右，出謀劃策。到19世紀末，義和團運動興起，中國民眾自發的抗敵鬥爭達到高潮，列強遭到沉重打擊。正當列強們束手無策之時，又是一個叫丁韙良的美國傳教士根據他多年的侵略經驗，向北京外交使團獻上了“以華治華”的“良策”，為各國侵略者視為救命稻草，抓住不放，加速了中國社會向半殖民地深淵的淪落。