建立新的政府間財政轉移支付製度，應當正視由於曆史形成的區域之間、城鄉之間的發展差距，以縮小區域間公共服務水平為基礎，以公平為原則進行轉移支付製度設計。雖然在社會主義市場經濟條件下，一般按效率優先、兼顧公平的原則進行分配。但是公平與效率是一對矛盾的統一體，長期的效率必須以公平為前提，失缺公平的效率隻能是短期或局部效率。我國是世界上區域發展差異最大的國家之一，如果不采取措施縮小區域間的發展差異，經濟的發展就不僅不能帶來穩定，反而會導致地方保護主義，造成社會不穩定。因此，在整個分配製度以效率優先，兼顧公平為原則的前提下，在轉移支付製度的設計上應該以公平為基礎，以縮小地區差異為目標。如此方能使不同區域間大學的資源配置體現公平、公正這一基本競爭原則。
四、“計劃”手段下的資源配置失衡
市場可以解決社會資源的有效配置問題，但無法解決社會公平問題，公平問題的解決是政府的基本職責之一。公平一般包括兩類：一是指機會均等，二是指結果公平。機會均等從絕對上講，就是人們在相同的約束條件下，具有平等競爭的權力。一般認為市場提供了這樣的機會，但實際上並非如此，市場提供的僅僅是平等競爭的場所和規則，並沒有賦予競爭相同的起始條件。起始條件的不均等，使我國大學競爭不能體現公平，這既有違競爭的一般原則，又阻礙大學競爭的有序化和普遍性。
大學競爭的起始條件不均等，源於計劃體製下的計劃手段。與經濟發展戰略相對應，我國的教育發展戰略也大致經曆了均衡發展和非均衡發展兩個階段。新中國成立後至70年代末，實行的是區域均衡的教育發展戰略。新中國教育向工農開放，提倡普及初等教育及工農速成掃盲，重點發展高等教育以適應經濟發展的需要。1952年的院係調整，加強了內地高等教育的發展，在內地新建與遷建了許多高等院校，做到每省都有一所綜合大學，使高等教育發展極端不平衡狀況有了較大改善。由於新中國成立後教育投資主要由政府財政支出，而當時國家實行的是一盤棋的統一財政製度，各地的教育支出按統一的財政支出標準核算，各地教育發展差異大大縮小。
從20世紀70年代末開始的市場化改革，加劇了地區間發展的不平衡性，同時擴大了地方的財權和事權，各地在教育投資方麵有了較大的自主權，麵對有限的財政支付能力與高等教育的巨大需求之間的矛盾，國家采取了“集中力量辦大事”的策略，以計劃方式，人為地劃定了一批重點大學，以較大的政策傾斜扶持發展。這種方式催生了一批實力大學，使之獲得了發展先機，並對人力、科技資源的配置產生了導向性，但同時剝奪了其他“普通”或“一般”大學的發展資源，將更多的大學置於起跑線之後，喪失了公平競爭的權利。
如果將這種以計劃方式劃分“重點”與“一般”大學的做法視為曆史的話，我們不能無視特定時期的特殊需要而去指責它，更不能漠視其在市場日趨發達情況下的弊端。“重點”大學由於政府的重點資助和扶持獲得了發展先機，因而在競爭中保持了領先並占據優勢，這更加劇了“先天不足又後天貧血”的“一般”大學的競爭劣勢。因此，對於曆史形成的發展差距與不平等，對大學的資源配置起碼應體現兩點：一是注意規則的公平，不再繼續擴大差距；二是在可能的情況下，實施“積極的差別財政政策”，向欠發達地區的大學傾斜，以主動縮小差距。