李烈鈞回到九江後，經過秘密動員聯係，很快取得該標及駐防九江的炮兵營官兵的同意，於舊曆九月初旬，在九江宣布獨立。清政府九江道台保恒，不敢抵抗，狼狽逃滬。當時，因南昌尚未宣布獨立，乃先組織九江軍政分府，公推馬毓寶為分府都督，李烈鈞為參謀長，並且馬上占領長江的要塞金雞坡炮台及馬當炮台，把長江交通攔腰截斷，使清政府派到武漢鎮壓革命的北洋艦隊及江防艦隊受到致命的打擊：很多艦艇，在上遊的不能下駛，在下遊的不能上駛，補給中斷。結果，北洋艦隊中的主要艦艇，除海圻號奉令赴英，不在國內者外，其餘海琛、海籌、海容等號（記得共六艘），及長江江防艦艇的一部分（記得有所謂“四江”、“六楚”等小型艦艇七八艘），很多格於形勢（大多數因在武漢作戰，聞九江宣布獨立，倉促下駛，企圖逃往上海，到九江後，為金雞坡炮台攔截著，不能前進），或由於艦上官兵起義，紛紛集結在九江，經過動員或聯係，都在九江宣布起義。記得海籌等號到達九江時，還是由我和龔小甫二入最先上艦去和他們聯係的。當我們到艦上時，所有滿籍官員，多已逃跑一空（或改裝混在士兵中），艦上官兵對革命都表示歡迎。後來，還在各艦艇抽調輕重機關槍十多挺、步槍數十支，支援我們。所以，九江宣布獨立，不但推動了江西各地以至南昌獨立（江西的獨立，是先九江，後湖口、鄱陽、贛州，最後南昌才宣布獨立的），更重要的，是它截斷了長江，瓦解了清政府的海軍主力，震動了全國，壯大了革命聲勢。對支援武昌起義及推動全國革命形勢的發展，都起了重要的作用。李烈鈞在這裏作出了自己的貢獻。
李烈鈞在九江獨立後，除繼續聯係各方，推動各方的獨立運動外，並派出軍隊，支援安徽省的獨立及武昌等地的戰事。先是安徽省會安慶的新軍及革命黨人，經兩次起義，逼使安徽巡撫朱家寶於九月中旬宣布獨立，仍由朱家寶出任都督。但社會秩序混亂，局麵無法維持，乃由同盟會人到九江請馬毓寶、李烈鈞派兵援皖，馬毓寶當派其第四十五支隊長黃煥章，率隊到安慶，趕走了朱家寶，實際掌握了安慶的軍政大權。但黃煥章部紀律敗壞，到處搶劫殺人，馬毓寶、李烈鈞幾次命他回防九江，黃竟借故不動，李烈鈞乃臨時組織了一個七人參謀團，帶領部分部隊，乘海籌軍艦親到安慶去處理善後工作。他到達安慶時，市麵異常混亂，商店多數關門，李烈鈞進入撫台衙門，臨時由我們用木頭刻了一個“安徽都督之印”的大印（因商店關門，找不到人刻），出示安民，並把黃煥章及其部隊調回九江。當時安慶地方人士，以大局未定，乃公推李烈鈞為安徽都督，繼續整頓地方秩序。於是，李烈鈞便暫時當了安徽都督。在當時的情況下，李烈鈞如繼續留在安慶，擴張個人實力，占領安徽地盤，未嚐不可，但他的目的並不在此，除繼續收容市上的散兵遊勇，整頓地方秩序之外，無意久留安慶，仍著地方人士另行推選都督（後來似由地方人公舉桂丹墀為臨時都督）。
當時，長江下遊的南京仍未光複，起義軍徐紹楨、林述慶部屢攻南京未下（守軍是軍閥張勳），派人請李烈鈞率隊協同進攻。李烈鈞當即集結部隊，準備出發。但正在這個時候，武昌黎元洪派來代表，以武昌清兵進攻甚急，形勢危殆，請李烈鈞帶領九江海陸部隊增援武昌。李以武昌關係全國大局，乃放棄進攻南京計劃，集中全部艦隊，並把安慶所收容的三千名散兵遊勇，剪辮易裝，加以編整，另在九江集結部隊（約數千人），合組成軍，浩浩蕩蕩向武漢進發。軍至黃州，李烈鈞派我連夜到達武昌洪山寺見黎元洪，請示作戰計劃。當時，清兵已占領整個漢口、漢陽，在漢陽龜山架起野戰炮，炮擊武昌，並準備渡江進攻武昌，形勢的確是很嚴重的。
當我回到黃州，報告全麵情況之後，李烈鈞當即命令各個艦艇日夜遊弋於長江江麵，防止清兵渡江，自己帶同全部陸軍，在湖北的黃陂登陸，向孝感方麵迂回前進，目的是包圍進擊的清兵側背，截斷其鐵路交通。我當時任敢死隊副隊長（李明揚任隊長），曾帶領小股遊擊部隊，附機槍數挺，進入京漢鐵路沿線，破壞鐵路，截擊火車（當時這樣的遊擊部隊還不止我一個），大部隊則與清兵保持接觸，但避免正麵硬拚。結果使清兵大受威脅，不敢全力渡江進攻，武昌的危急局勢遂告解除。當時，李烈鈞奉委為北伐第二軍總司令（同時在這一帶作戰的總共有三個軍），除在九江帶來的部隊之外，還收編了一部分湖北部隊，力量是相當強大的。清政府在這方麵的統帥（記不清楚是馮國璋，還是段祺瑞）曾企圖對李進行收買，但李堅決拒絕了這種引京漢鐵路修建工地。1906年4月1日，京漢鐵路正式通車。