這樣的局麵，若還有人說這是自然現象，那就是在找抽啊。
而距離橘子群島最近的一些研究人員以及文學界權威，跟隨著野生神奇寶貝們的目標前進，打算一探究竟，其中就有大木博士以及小智的媽媽花子，更有橘子群島的內木博士。
另一邊，聯盟方也做出了反應，關東地區的四大天王全速朝著事發地點而去，另外，更有其他地區的冠軍天王前來幫助。
橘子群島的這場突變，已經引起了所有人類的關注。這要是擺在數千數萬年前，不同大陸的人根本無法做到相互照顧，畢竟現在的科技發達了，一個通訊什麼事情都能搞定，穿越茫茫大海，更是不用坐船什麼的，直接飛行器前進，不僅速度快，而且可以忽略不少的海上危機。
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水都，拉帝歐斯與拉迪亞斯，全力的阻止著大海帶來的毀滅，他們兩個同心協力，施展出通天防護罩，倒是將水都從這件事情中置身事外。
芳緣地區，長年不定期噴發的活火山群島地帶，身處在數千米地下接近地心岩漿處的古拉多，睜開了緊閉多年的雙眼，可以看出，他的眼中綻放著凶光，顯然被意外叫醒，讓他很不爽，他的蘇醒，讓整個星球的大地震動。
同樣的芳緣地區，大海深處，傳說中創造了大海的蓋歐卡也從長眠中醒來，並且朝著交界海域飛去。他的醒來，讓大海更是洶湧萬分，甚至引發海嘯，席卷某些地區的大陸。
隨即還是芳緣地區，生活在臭氧層的裂空座，也受到了氣候變化的影響，朝著關東地區高空飛去，自從萬年前沒有了天龍王，裂空座便成為了掌控整個星球臭氧層的存在，如今氣候的變化，導致臭氧層也在突變，這讓他不得不介入。
然後。
神奧地區，分別生活在空間和時間中帕路奇犽和帝牙盧卡，因為外界的突變，造成時空碰撞，他們兩個紅著眼睛在時空狹縫之中再度開戰，不過這一戰，似乎牽扯到的是未來某個時空，隻不過他們的戰鬥，卻是因為這件事情所引起。
反轉世界，冥王龍騎拉帝納從那個世界觀察到了橘子群島的一切，那個世界發生突變，導致反轉世界這裏也遭受了破壞，失去了平衡。
世界各地，無數的超神獸，幻之神奇寶貝，精靈神奇寶貝從長眠中逐步清醒，有的直接醒來，並且造成自然界的災害，有的距離徹底清醒，也為時不遠。
迷霧三神島地帶，身為這個世界管轄者的淩霄，已經感知到了這一切的變化，此刻即便是他擁有超越這個世界的力量，也產生了巨大壓力，要是所有的超神獸以及神獸全部爆發，神奇寶貝世界必定毀滅，沒有任何辦法阻止。