隨後的時間裏，吳三桂初鎮雲貴，清廷曾準予便宜行事，雲、貴督撫全受他節製，所除授文武官員，號稱“西選”，“西選”之官幾遍各地。順治十七年，雲南省俸餉九百餘萬，加以粵閩二藩運餉，年需兩千餘萬。鄰近諸省挽輸不足，則補給於江南，致使清朝財賦半耗費於三藩。吳三桂自恃勢重，益驕縱，踞明桂王五華山舊宮為藩府，增崇侈麗，盡據明黔國公沐氏舊莊七百頃為藩莊，圈占民田，迫令“照業主例納租”，並“勒平民為餘丁”，“不從則誣指為逃人”。又借疏河修城，廣征關市，榷鹽井，開礦鼓鑄，壟斷其利，所鑄錢，時稱“西錢”。吳三桂專製雲南十餘年，日練兵馬，利器械，暗存硝磺等禁物。通使達賴喇嘛，互市茶馬，蒙古之馬由西藏入雲南每年數千匹。他遍布私人於水陸要衝，各省提鎮多有心腹。其子吳應熊為額駙，朝政巨細，可以旦夕密報。於是，吳三桂自以為根蒂日固不可拔，朝廷終究不會從他手中奪去雲貴。
耿精忠襲封王爵後，縱令屬下奪農商之業，“以稅斂暴於閩”，縱使其部下“苛派夫役，勒索銀米”。又廣集宵小之徒，因讖緯有“天子分身火耳”之謠，妄稱“火耳者，耿也。天下有故，據八閩以圖進取，可以得誌”。
尚可喜在廣東令其部屬私充鹽商，又私市私稅。廣州為對外通商口岸，“每歲所獲銀兩不下數百萬”。尚可喜對清廷比較效忠，但年老多病，將兵事交其子之信。尚之信素性桀驁，橫暴日甚，招納奸宄，布為爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜殺，常在其父麵前持刃相擬，所為所行，日益不法。至此，三藩各據一方，互通聲氣，廣布黨羽，實際上已成為割據勢力。
三藩擁有自己的軍隊，獨立的財政，以及地方的實際統治權，其實已經‘勢成割據’。其中，平南、靖南二藩各有兵力十五佐領，綠營兵各六七千，丁口各兩萬；平西王所屬兵力五十三佐領，綠營兵一萬二千，丁口數萬。
吳三桂自視功高蓋世，兵強馬壯，四方精兵猛將多歸其部下，所以驕橫跋扈，荒唐奢靡。在吳三桂的要求下，清廷擢升其部將王輔臣為陝西提督，李本深為貴州提督，吳之茂為四川總兵，馬寶、王屏藩、王緒等十人為雲南總兵。
此時，三藩勢力幾及全國之半。
大清局勢越來越明朗，三番造反之心日益可見，同時又有台灣鄭王府，天地會，沐王府，王屋山等各種反清勢力，準備起兵謀反。三藩已經勢成割據，嚴重威脅著清王朝的統治。