東楚軍謀反，雖然秦軍僅用一個多月就平定了，但這件事情讓始皇帝和他的大臣們看到了民間暗藏的反秦勢力仍然不容小視。
朝會上，禦史大夫馮劫道：“此次事件均是楚國舊貴族不甘心失敗所行的陰謀，以此看來須徹底清除六國舊貴族在山東的勢力！”
李斯道：“一統天下的時候隻是將王族全部遷往偏遠之地，如今看來六國貴族雖非王族，卻仍然企圖恢複以前的顯赫身份，而且他們在舊地經營日久，也具有非常強大的號召力！”
王綰道：“臣建議參照對王族的處理辦法，將山東六國的舊貴族及地方大戶悉數遷往關中。同時，燕、齊、楚等地偏僻，難通消息，希望陛下在那裏封王，將陛下的兒子們封在那裏就近管理。”
始皇帝道：“各位愛卿以為丞相的建議如何？”
五大夫趙嬰道：“丞相之言甚是！古往今來無不如此，不分封諸王，恐天下難安！唯有將陛下的兒子們封於各地鎮守，才能保證地方不謀反，拱衛中央。”各位大臣都點頭稱是。
始皇帝看著群臣點頭附和，坐在上麵一言不發。
平靖六國之後，王綰等人屢次提出對王子功臣進行分封，始皇帝雖然不讚成，但鑒於朝中認可分封的大臣很多，因此並未立刻做出結論。
李斯揣摩出始皇帝的心意，站出來道：“周文王、周武王所封立的同姓子弟很多，開始的時候都很親近，然而時間一久，族屬疏遠，甚至互相之間都不認識，為了蠅頭小利便可大打出手，互相攻擊、如同仇敵，周天子勢微，無力製止，從而導致天下大亂。
現在依靠陛下的英明神武統一了天下，將天下劃分成郡縣，依靠國家委派的官吏治理地方，所有政令都取決於皇帝一人！全天下使用同樣的法律，郡守依次來治理郡縣，這樣天下便易於治理，不會出現互相攻伐的現象。皇帝的子弟和功臣，都用國家的賦稅重加賞賜，天下便沒有二心，這才是國家安定的方法。封立諸侯是不適宜的，隻能導致春秋五霸或者戰國七雄的紛爭局麵再次出現。”
王綰道：“都是同姓諸侯尚且爭鬥，委派的郡守如何能夠相信？”
李斯反駁道：“諸侯就是權力太大，依仗王族身份不把天子看在眼中。如今在郡設郡守、郡尉、郡丞，在縣設縣令、縣尉、縣丞，各司其職，互不統屬，均直接對上級政府負責，而所有官吏的任命權收歸中央，地方僅留治安部隊，把多餘的兵器收歸鹹陽，這樣就可以有效避免地方做大！天下方能長治久安！”
始皇帝道：“自平王東遷以來，天下苦於無休止的戰爭，這都是諸侯爭霸所造成的。而今依靠宗廟的護佑平靖了天下，如若再分封諸侯，無異於自我樹敵，天下將再回到諸侯紛爭的動亂之中。如果想要長治久安，就必須設郡縣，統一天下政令。廷尉的建議是正確的。”
於是，在始皇帝的詔令下，將全國劃分為三十六郡，每郡設郡守、郡尉、郡丞，分別負責地方的行政、治安、牢獄，郡守和郡尉均為兩千石俸祿，郡丞六百石俸祿。郡之下設縣，縣下設鄉、亭、裏，每鄉有三老，負責賦稅的征集和土地的分配。
國家把所有可用的土地分給百姓耕種，百姓每年向國家繳納一定額度的賦稅，剩餘的糧食可歸自己支配，百姓種糧的積極性被廣泛調動。百姓因為頭發均用黑色的布料包裹，因此改稱“黔首”。