“搜索排名”自此開始長久地困擾著百度。而且，最為沸沸揚揚的是2008年年底，百度競價排名問題被中央電視台新聞頻道《新聞30分》連續兩次曝光。節目認為，百度允許沒有資質的醫療機構購買關鍵詞，進而誤導了消費者，導致消費者遭到了虛假網站的欺騙。
換句話而言，百度有失“把關人”的職責，在虛假醫藥網站的欺騙行為更是成為了幫凶。而這一次曝光立即引起了百度股價暴跌，產生了惡劣的影響。
麵對這樣的局麵，李彥宏公開道歉，並且決定對競價排名進行大刀闊斧的改革，通過撤下相關關鍵詞、審核客戶資質等來維護排名的正當公允。
由於長期受困於競價排名的糾紛，李彥宏和百度已經不堪其擾。痛定思痛之後，唯有改變才能夠擺脫困境。
在第二年4月，新的廣告係統“鳳巢”出台，2009年12月，百度全麵啟動了“鳳巢”係統，而曾經為百度的壯大立下汗馬功勞的競價排名係統從此退出百度搜索的舞台。
“鳳巢”是百度作為媒體和廣告推廣商在廣告道德規範的一種自律，更是對廣大用戶的搜索體驗的提升和負責，也是沉著應對危機的積極表現和有效措施。“鳳巢”係統的全麵啟用勢必會對百度的業績造成很大的影響，但是李彥宏知道，這是百度走向成熟的企業必須要邁過的一道“坎”。
2006年，百度又推出了“精準廣告”，而這也曾經一度被質疑侵犯用戶隱私權。對此，已經有了提前預期的李彥宏和百度胸有成竹，2008年李彥宏就精準廣告是否侵權的問題與英國首相布朗進行了辯論。
侵權問題，其實從MP3搜索到百度文庫，就好像無法擺脫的蒼蠅一樣一直糾纏著李彥宏。
從2005年開始，百度MP3搜索多次遭到了侵權的起訴。
比如2005年6月，上海步升音樂文化傳播有限公司起訴百度侵犯其音樂著作權；2005年6月，國際唱片協會以百度MP3侵權為由，將百度告上法庭，之後更是屢敗屢訴；2006年開始，國內主要的電子音樂提供商娛樂基地多次起訴百度……
對於李彥宏而言，MP3搜索侵權成了百度官司當中的“老大難”問題。
除了其中一家公司勝訴之外，其他公司都無一例外地以敗訴告終，但是不管最後百度是勝是敗，搜索侵權可以說已經成為一個產業利益博弈的導火索，也成為搜索行業的共同弊病。到了後來，通過戰略合作，百度與滾石、百代聯手為用戶提供免費試聽服務，但是MP3搜索侵權問題還是沒有徹底解決，而這也是李彥宏遲早需要去解決和掙脫的一個困境。