二十一世紀末，人類已經能夠通過宇宙飛船來穿越宇宙空間。
然而，當人類的足跡涉及到宇宙深處的卡伽羅行星時。他們在那裏發現了一顆藍色多麵體晶體。人們出於好奇，將這藍色晶體帶回即將資源枯竭的地球研究。
科學家們把那塊藍色晶體稱為god。
不料，在一次深度分解實驗中，人類不經意間引爆了這顆藍色晶體，釋放出人類無法探知的能量，殺死了當時在場的所有科學家。
但這顆藍色晶體爆炸後傳播的範圍超過了地球，幾乎所有在外太空的人們也遭受藍色晶體的影響。
接二連三的神秘的事情出現了，在人類探知的三個類地行星中竟然出現了各種神奇物種。它們就如神話中的龍一般，有的能噴火，有的能夠破壞高密度、強度金屬，各種神奇的力量意義顯現。
這種物種被人類稱之為seed或異種。
在與seed的戰鬥過程中，人類接二連三的失敗，直到那些人的出現。
緣由god所釋放的能量，人類的基因突變了，他們獲得了基因能力，漸漸化作三個種族，人類，新人類，獸人，再有就是人類自己創造的無熱源機體，機器人。
機器人擁有人一樣的思維，能夠操控suv攻擊係衛星及武器，與基因人類的能力不相上下。
但好景不長，不知什麼緣故，各行星出現時空錯亂，原本已經消滅掉的seed再次重生了，為此人們在星際中建設了一座如城市般的，同時也被稱為seed終結者的衛星學院，塞繆爾學院。
三個種族在這裏齊聚，為了給星際混亂畫上休止符。