繼聖堂西征戰役之後第二場大戰開始，龍族的參戰讓教皇惱羞成怒，從托呂亞科島的聖堂艦隊出征，朝著龍島發動進攻，與龍族奮戰的過程當中，琪莎拉於教皇在要塞當中大戰，導致奧古萊斯空中要塞內部摧毀，最後教皇將奧古萊斯空中艦隊最後設定直接撞向龍島。
要塞撞擊龍島是群龍前所未有的危機，但巨龍根本無法在短時間內遏製奧古萊斯空中要塞對龍島的撞擊，能解體要塞的隻有位於空中要塞的琪莎拉。
遏製要塞撞擊龍島，琪莎拉不得不從奧掛萊斯空中要塞脆弱的內部將其解體，拯救了龍族，然而空中要塞的劇烈爆炸，琪莎拉生死未卜，直至天空的煙幕散去，琪莎拉出現在群龍麵前，這一戰使得龍族更加擁護琪莎拉族長。
而大陸的戰場則以魯米亞帝國與龍族的聯軍戰勝神聖帝國為結束，戰爭結束，魯米亞帝國條約簽署，標誌著神聖同盟的結束，至此神聖帝國即神聖帝國，魯米亞帝國即魯米亞帝國，兩者之間不再有神聖同盟。
於此同時，世界線的另一頭，冰姬獲得了蘇纖的療傷藥，身體很快便痊愈了，對外則放出話向外界宣布冰姬的病重的消息，而另一邊與神聖帝國勢如水火的魔法帝國理事會長布萊安娜也悄悄的進入到極北之地。
認為有機可乘的冰皇再次集結極北冰原的魔獸軍團向極北總督府發動攻擊，卻遭遇了布萊安娜與冰姬的陷阱，在冰姬與布萊安娜的聯手之下，成功的斬殺了冰皇。作為感謝，冰姬將從冰皇手中取得的青綠碎片贈與布萊安娜。
解決了極北冰原禍患之後，布萊安娜所領導的魔法帝國立刻與冰雪帝國建立同盟關係。
完成了冰雪帝國與魔法帝國的同盟之後，布萊安娜宣布退位，蘇纖成為魔法帝國新任理事會長。
成為魔法帝國理事會長的蘇纖立刻與龍族和黑暗議會魯米亞帝國簽署同盟條約。
預感局勢不妙的教皇決定先下手為強，他同時與大陸所有勢力進行宣戰，一方麵則準備讓格洛瑞亞自我犧牲進行將神儀式。
五國聯軍因為神聖帝國的宣戰，以此組成聯軍從大陸的各方向神聖帝國發動進攻，當五國聯軍征伐到索菲亞聖城之下時，教皇所等到的神跡終於降臨了。
這一戰，克羅格與安道夫完成了師徒之間的最後一戰，尤利婭蘇理也在過去的菲尼斯克家族遺址當中，解決了自己最直接的仇敵，克勞迪。
來自光明神界的光明上位神米哈亞響應了格洛瑞亞通過犧牲召喚，米哈亞的投影來到墨蘭大陸，神跡降臨立刻瓦解了五國聯軍中的魔法帝國與黑暗議會的軍勢，他的一擊足以讓百分之一的中域地區化為荒地，連到著死亡數百萬神聖同盟的百姓。
作為魔法帝國領隊的布萊安娜與尤利婭被蘇纖所保護而在這次災難當中幸免於難，然而神的攻擊摧毀了蘇纖在這個世界上所使用的肉身。
神降臨世界有一定的時間限製，為了拖延時間等到米哈娜離開這個世界，布萊安娜與冰姬燃盡自我全部魔力，使用超.虛空禁製與絕對零度凍結了米哈亞，而兩者也在近乎神跡一般的魔法使用當中相伴離開了這個世界。
米哈亞摧毀了邪神的身體，卻釋放出了邪神之魂，蘇纖沒有讓米哈亞的投影離開這個世界，而是將米哈亞留存於這個世界的投影徹底抹殺，而黃泉則通過亡靈位麵的名義向米哈亞發出必殺令，並留下了布萊安娜與冰姬的靈魂印記，通過兩人的靈魂印記在將領重構兩人的身軀。
戰爭的結果神聖帝國最終滅亡，五國瓜分了神聖帝國，戰後世界格局進行洗牌，以龍族，魔法帝國，黑暗議會為核心的世界體係確立，數年之後，蘇纖召開世界會議，要求各方聯手交出各自持有的青綠碎片，以聯盟的方式將其湊成一個整體。
魔法帝國，黑暗議會，龍族，冰雪帝國同意這個方案，魯米亞帝國也不得不交出青綠碎片。
繼精靈時代之後，九塊青綠碎片再度重組成為一塊，阿菲西斯婭石板也打開了世界樹的條枝幹，接觸世界樹，也讓蘇纖看到了世界樹的秘密，在世界樹枝幹的尖端，蘇纖找到阿菲西斯婭之羽，傳說，隻有得到阿菲西斯婭的認可，才能獲得阿菲西斯婭之羽，從而控製其所代表的位麵，一旦失去這個認可，世界樹將重新收回阿菲西斯婭之羽，精靈時代便是以這種方式興起而衰弱的。
蘇纖並沒有獲得阿菲西斯婭的認可，而是以一種簡單粗暴的方式控製了阿菲西斯婭之羽，通過打敗藏匿於阿菲西斯婭之羽的阿菲西斯婭意識進而汙染阿菲西斯婭之羽，異化阿菲西斯婭之羽，進而控製墨蘭位麵。
END