戰爭之初，蚩尤憑借著良好的武器和勇猛的士兵，連連取勝。後來，黃帝請來龍和其它奇怪的猛獸助戰。蚩尤的兵士雖然凶猛，但是遇到黃帝的軍隊，加上這一群猛獸，也抵擋不住，紛紛敗逃。
黃帝帶領兵士乘勝追殺，忽然天昏地黑，濃霧迷漫，狂風大作，雷電交加，天上下起暴雨，黃帝的兵士無法繼續追趕。原來蚩尤請來了“風神”和“雨神”來助戰。黃帝也不甘示弱，請來天上的“旱神”幫忙，驅散了風雨。一刹那之間，風止雨停，晴空萬裏。蚩尤又用巫術製造了一場大霧，使黃帝的兵士迷失了方向。黃帝利用天上北鬥星永遠指向北方的現象，造了一輛“指南車”，指引兵士衝出迷霧。
經過許多次激烈的戰鬥，黃帝先後殺死了蚩尤的八十一個兄弟，並最終活捉了蚩尤。黃帝命令給蚩尤帶上枷鎖，然後處死他。因為害怕蚩尤死後作亂，將他的頭和身子分別葬在相距遙遠的兩個地方。蚩尤戴過的枷鎖被扔在荒山上，化成了一片楓林，每一片血紅的楓葉，都是蚩尤的斑斑血跡。後來，黃帝受到了許多部落的支持，漸漸成為所有部落的首領。
相傳黃帝即位的時候，蚩尤有兄弟81人，號稱是神帶的後裔。這81人全都是獸身人麵，銅頭鐵額，不含五穀，隻吃河石。他們不服從黃帝的命令，殘害黎庶，誅殺無辜。又製造兵杖刀載大弩，與黃帝為敵。黃帝遂順民意，征召各路諸侯兵馬討伐蚩尤。曆經15旬後，也未能打敗蚩尤，隻好退兵。為此，黃帝憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。有一天晚上，他夢見大風吹走了天下的塵垢。
接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎？千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成？於是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。黃帝以風後為相，力牧為將，開始大舉進攻蚩尤。在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰。蚩尤布下百裏大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。
黃帝便令風後造指南車。與此同時，西王母也派玄女前來，教他三宮秘略五音權謀之本。風後據之又演化出遁甲之法。夕口此，在冀州又重新開戰。蚩尤率領魑魅魍魍，請風伯，雨師縱風下雨，命應龍蓄水以攻黃帝。黃帝請來天下女魃於東荒止雨，而北隅諸山黎士羌兵驅應龍至南極。最後，殺死了蚩尤，但蚩尤有不死之身，所以分屍葬於四處，使之不得完屍。後來，又有神農之後榆岡與黃帝爭天下。黃帝用周鳥鶚、鷹顫為旗幟，以熊黑虎豹為前驅，與榆岡戰於版泉之野。