文昌魚是世界上稀有的脊索動物，全身有一條脊索貫通全體，沒有頭骨，也沒有脊椎骨、鱗片，體形似小魚，側扁，兩端尖。前端有眼點，下麵為前庭和口，前庭外緣有須多條。
文昌魚身軀細長，長約4～5厘米，身軀柔軟，呈半透明。
文昌魚雖然名為魚，卻比魚類更低一等。它有點像魚，卻跟魚有很多不同。沒有胸鰭和腹鰭，隻有背鰭、尾鰭和臂鰭，腹麵有一對皮褶。
文昌魚棲居海底，常常鑽在泥沙裏，隻露出頭端。它以浮遊生物為食，在活動時經常扭轉身軀，擺動尾巴，在水中如射箭般地遊泳。
文昌魚在6～7月間產卵，卵在海水中受精，經過孵化變成小魚。它們特別怕光，白天躲進沙子裏，到晚上才浮遊到海麵活動。長大後的文昌魚，就生活在水深10多米的沙子裏。
文昌魚喜歡在較鬆的沙礫地方生活，而沙中最好混有少量的貝殼碎片和棘皮動物的碎骨片，便於它們鑽動和呼吸。而且還要求海水有一定的鹹度，水溫冷暖適當，水流不太急，風浪不太大。由於文昌魚對生活環境要求高，因此分布範圍不廣。主要分布在我國廈門、青島和煙台沿海，此外世界上隻有爪哇等沿海地區有零星分布。
文昌魚是名貴的海味，我國福建、廣東人，海外僑胞和東南亞各國人民，把它作為佐餐佳品。廈門鼓浪嶼製作的文昌魚標本，暢銷歐、美各國。
20世紀60年代以來，由於廈門地區修築海堤、圍海造田等原因，使江河淡水注入海區的徑流量受到影響，使港道變淺，海流變慢，使海底泥沙逐漸變成爛泥底，文昌魚原來的生活環境發生了變化，魚資源出現了減少的現象。因此，保護文昌魚的生活環境，選擇適宜的海區進行文昌魚的移殖，開發新漁場，是很必要的。
“物以稀為貴”，這是文昌魚珍貴的又一個原因。但是，更重要的是，文昌魚是從無脊椎動物進化到脊椎動物的一個中間階段，它成了動物進化研究中的活化石。