在《獅身人麵像之謎》這部紀錄片中，地質學家斯科克曾經提出過自己獨特的觀點，認為獅身人麵像是大約在8000年至10000年前由一塊露出地麵的岩石為基礎雕刻成的，當時以為正是這個時候撒哈拉沙漠最後受到了暴雨和湍流的衝擊，而惟有這種衝擊才能夠解釋為什麼獅身人麵像的側翼和外殼留下了垂直的、深深的風化痕跡。借助這段經曆，在對慶良間的遺址的潛水考察過程中，斯科克也把精力集中於尋找和確定地質作用是否曾對水下構造的形成產生過影響上。
經過多次的水下考察，斯科克和搭檔維斯特並沒有得出確定的結論。但是經過觀察和研究，他們對這裏水下獨特的地貌形成提出了一個可能的地質學上的解釋：這一切可能都是分層沉積岩的自然侵蝕作用形成的。強大的海水流將被侵蝕的岩石“像大塊的分層蛋糕”一樣切去，從而留下看起來像是完全平行和精細切割過的溝槽和平台結構。
在與慶良間類似的另一塊反常構造上，可以看到水下的岩石呈現與之同樣的分層，而同樣另一塊岩石的水麵以上部分則不呈現類似分層，這就暗示著是浪和水的作用力對岩石產生了切割作用。斯科克還指出，附著在水下岩石上的珊瑚讓岩石看起來更光滑，從而會誤導人們。但是，在這裏的水麵以上，還殘留著一些古代的墳墓，它們可以肯定是人類修造的，而且其設計顯然是由水下的神秘結構演變來的，這些神秘結構在8000年到10000年以前，上一次冰川期的末尾還處在海平麵以上，後來隨著冰山的融化而沉入海底。斯科克說，種種跡象也使他無法排除這些遺址並非人類建造，或者經人類改造的可能性。答案有待時日。
在衝繩水下奇觀發現18年後的今天，人們關於它的來曆仍然莫衷一是。在日本和美國，學術界就這些構造是天然形成還是人類建造一直有兩種不同的觀點。近來，觀點更傾向於它是人類建造的。
衝繩遺址也許能、也許不能為一個消失的文明的存在提供確切的依據，但是埃及考古學家約翰維斯特確信，沿著太平洋沿岸和地中海沿岸的大陸架，曾經存在過這樣一個古老的文明。至於衝繩遺址的謎底，以及這個消失的文明的謎底什麼時候能夠揭開，我們將拭目以待。