隨著蒙醫臨床經驗的積累和總結，理論體係的充實和發展，采、種、製、用野生藥材的擴大，醫療技術的提高，以及醫藥著作的編著和出版，蒙醫的醫療實踐也在不斷地豐富和發展。大約在唐代就已有蒙醫外科、正骨科、內科、婦科、兒科等專科醫生，廣泛行醫於農牧區和城鎮，至元代有了一個較大的發展，明末清初蒙醫理論有了進一步的充實、完善與提高，臨床分科也越來越細，如眼科、針灸、術療、按摩推拿、溫泉、藥浴、食療、養生等各專科日益興盛起來，名醫層出不窮，他們寫下了數十部蒙醫藥著作，流傳於後世。近代蒙醫各科又有了進一步的發展，如大內科又分出腦係、溫病、肝病、腎病、血液病、胃病、心血管病、肺病等科；骨傷科發展成專科醫院，眼、兒、婦、五官、皮膚、五療等科都有新的發展，取得了新的成果。
一、診斷
蒙醫診斷包括問診、望診、觸診三種方法，簡稱三診。這是蒙醫觀察和診斷疾病的基本方法。通過三診得來的臨床症狀及體征，運用蒙醫的理論指導，結合病人的體質、性別、年齡及發病原因等情況，加以綜合、分析，從而作出對疾病的診斷。蒙醫診病中，很注意對病人糞、尿等排泄物的觀察，從排泄物的色質、性狀、氣味等情況，判斷病變的性質，提供診斷參考。在診斷中，還可能會遇到的“四種誤診”和“五種假象”等複雜情況，這時必須將辨症與辨病相結合，方能作出正確的診斷。
1．望診
通過醫者的視覺診察患者全身及其有關部位的情況，以了解疾病體征和健康狀況的方法。蒙醫認為，人體內部的三根、七素以及髒腑發生異常變化，必然會反映到體表。因此，可通過望診來幫助判定疾病的性質。望診主要觀察患者的精神、麵容、體型（蒙醫把人的體型分為赫依型、希拉型、巴達幹型、合並型、混合型），形體的浮腫或幹枯，以及五官、舌質、舌苔、痰液、嘔吐物、血色、二便、婦女帶下的色澤等；三歲以下的小兒還看指紋、耳紋以輔助診斷。
2．問診
三診中較為重要的診察方法。通過有目的地詢問和聽取患者及其家屬親友的講述，了解患者的發病經過和症狀進行診斷。問診內容主要是一般情況、病史、現病症等，著重於探求與辨症施治有關的資料。根據“三根”理論要做到29種問診。如詢問患者的寒熱情況，生活習慣，飲食嗜好和對病情有害及有益情況，患病的規律和患病時的季節氣候，周圍環境的過冷、過熱、過濕等情況，以及是否接觸傳染源等。
3．觸診
醫生用手直接接觸患者身體的一定部位以探索病情的方法，包括切脈和按診。①切脈。切脈在蒙醫診斷中占有很重要的地位，並為醫生所必須具備的技能。分辨三根及寒熱，以及髒腑的變化，氣血之盛衰等，均以切脈為主。切脈通常是在病人的腕關節掌麵橈動脈搏動處進行。將這一段動脈分作三部，稱寸部、幹部、查嘎部。切脈時患者手臂平伸，掌心向上平放，醫生先以食指放在寸部，然後把中指放在幹部，無名指放在查嘎部，一般指間以麥粒為隙。切脈時需要用不同指力仔細候測，寸觸皮、幹按肉、查嘎重按骨。寸、幹、查嘎三部分分別診察不同髒腑的病症，且左右不同。醫生右手寸部診察心髒、小腸，幹部診察脾、胃，查嘎部診察左腎、精；左手寸部診察肺、大腸，幹部診察肝、膽，查嘎部診察右腎、膀胱。如果患者是女性，則醫者左手寸部診察心、小腸，右手寸部診察肺、大腸，其他均同上。對脈象的特點可以脈位的高低、脈搏的頻率、節律、強弱、大小、勢態等方麵來認識。正常的脈象是一次呼吸（一息）平均脈跳4～5次（相當於每分鍾72～80次），不浮不沉，不大不小，往來均勻，節律一致。但這是相對的，由於人的體型、性別、年齡不同，以及機體內、外環境的影響，可出現一些生理差異。關於臨床常見的異常脈象，曆代蒙醫所積累的經驗極為豐富，對脈象的辨認非常細致，可細分為47種脈象，一般以12種脈象為基礎，又歸納為寒、熱兩類，作為臨床診斷的一個重要方麵。蒙醫認為，赫依病之脈象洪而中空，按之即絕；希拉病之脈象細、數而有力；巴達幹病之脈象沉、緩而無力。此外，還有絕脈、怪脈，以及對脈象的幾種誤診等方麵的論述。②按診。醫生用手直接接觸按壓病人的體表或病變部位的診察方法。按診主要用以分辨病症之寒溫、潤燥、腫脹、疼痛及包塊，並觀察病人對按壓的反應。觸按四肢關節診察有無骨折、脫臼；循脊柱觸按可了解有無病理反應等。
二、治療
蒙醫學將疾病分為陰性病、陽性病兩大類型。進而分為“赫依”、“希拉”、“巴達幹”病三種病質。這三種病質又可分為4門，404病，1116證。經過長期臨床實踐，將這些病症歸納為20種基本性質。“赫依”（諸風）病的性質是糙、輕、寒、細、強、動等6種；“希拉”（火、熱）病的性質是脂、銳、熱、輕、臭、泄、濕等7種；“巴達幹”（痰、寒、濕）病的性質是脂、寒、重、鈍、柔、固、黏等7種。針對這些病質，蒙醫采取多種治療方法和手段。