加強海洋環境管理，繼續保持海域水質的良好狀態，基本控製近岸海域汙染和生態破壞的發展趨勢，使部分汙染比較嚴重的重點河口、海灣、海域的環境質量有所改善，防止新經濟開發區鄰近海域的生態破壞，力爭減輕海洋環境災害。完成近海海洋環境功能區劃，擴展管理領域，對我國管轄的全部海域逐步實施環境監督管理。
實施《汙染物排放總量控製計劃》實施汙染物排放總量控製是保證實現“九五”環境保護目標的需要。我國環境汙染已經十分嚴重，在不少地區有些汙染物排放量已明顯超過環境承載能力。若不采取果斷措施，隨著經濟和人口增長，汙染物排放總量還會增加，環境汙染程度還會加劇，汙染範圍還會擴大。為了實現“九五”環境保護目標，必須嚴格控製汙染物排放總量。
《“九五”期間全國主要汙染物排放總量控製計劃》是國家對環境保護實行宏觀管理的控製性計劃。計劃中所列的12種汙染物，都是對環境危害大的、需要重點控製的主要汙染物。隻有控製住這些汙染物的排放總量，才有可能基本控製住環境汙染加劇趨勢。
實施汙染物排放總量控製是我國環境管理製度的重大轉變。“九五”期間，要積極創造條件實施總量控製計劃；同時，要開展試點，積極探索實行汙染物排放總量控製的管理和運行機製。
各級政府負責，各部門協同作戰。各級政府要按照對本轄區的環境質量負責的要求，組織製訂和實施《汙染物排放總量控製計劃》。汙染物排放量較大的工業部門，在製訂行業發展計劃時，要體現汙染物排放總量控製的要求，努力實現增產不增汙。
在國家重點控製的流域和地區，按照環境質量標準的要求，製定重點汙染物排放總量控製計劃，並對有排汙量削減任務的企業實施汙染物排放量核定製度。
改革環境管理製度，加強環境管理基礎工作。按照總量控製要求，改革環境影響評價“三同時”、排汙收費等製度。環境管理製度的改革，要有利於實現環境資源的合理配置，有利於貫徹國家產業政策，有利於企業技術進步，有利於提高治理汙染的積極性。同時，要加強環境科技、標準、監測、統計、信息工作，建立實行汙染物排放總量控製和管理支持係統。
加強對環境質量的宏觀調控。在實行汙染物總量控製的同時，加強對改善環境質量的宏觀管理，實行上管一級，即：國家審批重點流域和重點城市汙染防治規劃，確定其必須達到的環境質量；省、自治區、直轄市審批所轄地市和轄區內流域的汙染防治規劃，確定其必須達到的環境質量。
實施《中國跨世紀綠色工程規劃》為了實現環境保護“九五”計劃和2010年遠景目標，要實施《中國跨世紀綠色工程規劃》。
《中國跨世紀綠色工程規劃（第一期）》以有效削減汙染負荷和保護生態環境為目標，彙集了各地區、各部門在“九五”
期間計劃實施的、資金較有保障的重點工程項目，突出重點流域和地區的環境綜合整治、重點城市環境基礎設施建設、重點汙染源治理和“三廢”綜合利用等方麵的工程項目。完成這些工程項目，將使我國主要環境問題加劇趨勢得到基本控製，局部地區環境狀況得到改善。
《中國跨世紀綠色工程規劃》在今後的3個五年計劃期間將分三期實施。第一期在“九五”期間實施，共有項目1591個。其中，水汙染防治項目800個，大氣汙染防治項目334個，固體廢物汙染控製項目274個，生態環境保護項目117個，全球環境問題有關行動項目63個，國家環境監督管理能力建設項目三個。隨著實施進程，還將不斷補充新的項目，滾動發展。工程投資按“汙染者付費”原則，由地方和企業解決。