木星磁場和地球的一樣，是偶極的，磁軸和自轉軸之間有10°8′的傾角。
木星的正磁極指的不是北極，而是南極，這與地球的情況正好相反。由於木星磁場與太陽風的相互作用，形成了木星磁層。木星磁層的範圍大而且結構複雜，在距離木星140萬－700萬千米之間的巨大空間都是木星的磁層；而地球的磁層隻在距地心7－8千米的範圍內。木星的四個大衛星都被木星的磁層所屏蔽，使之免遭太陽風的襲擊。地球周圍有條稱為範艾倫帶的輻射帶，木星周圍也有這樣的輻射帶。“旅行者1號”還發現木星背向太陽的一麵有3萬千米長的北極光。1981年初，當“旅行者2號”早已離開木星磁層飛奔土星的途中，曾再次受到木星磁場的影響。由此看來，木星磁尾至少拖長到6000萬千米，已達到土星的軌道上。
過去有人猜測，在木星附近有一個塵埃層或環，但一直未能證實。1979年3月，“旅行者1號”考察木星時，拍攝到木星環的照片，不久，“旅行者2號”又獲得了木星環的更多情況，終於證實木星也有光環。木星光環的形狀像個薄圓盤，其厚度約為30千米，寬度約為6500千米，離木星12．8萬千米。光環分為內環和外環，外環較亮，內環較暗，幾乎與木星大氣層相接。光環的光譜型為G型，光環也環繞著木星公轉，7小時轉一圈。木星光環是由許多黑色碎石塊構成的，石塊直徑在數十米到數百米之間。由於黑石塊不反射太陽光，因此長期以來一直未被我們發現。
木星有一層厚而濃密的大氣層，大氣的主要成分是氫，占80％以上，其次是氦，約占18％，其餘還有甲烷、氨、碳、氧和水汽等，總含量不足1％。
由於木星有較強的內部能源，致使其赤道與兩極溫差不大，不超過3℃，因此木星上南北風很小，主要是東西風，最大風速達130—150米／秒。木星大氣中充滿了稠密活躍的雲係。各種顏色的雲層像波浪一樣在激烈翻騰著。
在木星大氣中還觀測到有閃電和雷暴。由於木星的快速自轉，因此能在它的大氣中觀測到與赤道平行的、明暗交替的帶紋，其中的亮帶是向上運動的區域，暗紋則是較低和較暗的雲。
木星的大紅斑位於南緯23°處，東西長4萬千米，南北寬1．3萬千米。
探測器發現，大紅斑是一團激烈上升的氣流，呈深褐色，這個彩色的氣旋以逆時針方向轉動。在大紅斑中心部分有個小顆粒，是大紅斑的核，其大小約幾百千米，這個核在周圍的反時針漩渦運動中維持不動。大紅斑的壽命很長，可維持幾百年或更久。
由於木星離太陽平均距離為7．78億千米，因此木星的表麵溫度比地球表麵溫度低得多。從木星接受太陽輻射計算，其表麵有效溫度值為－168℃，而地球觀測值為－139℃，“先驅者11號”宇宙飛船的探測值為－150℃，均比理論值高，這也說明木星有內部熱源。
“先驅者11號”探測器對木星考察的結果表明，木星沒有固體表麵，是一個流體行星。木星的內部分為木星核和木星幔兩層，木星核位於木星中心，主要由鐵和矽構成，是固體核，溫度達3萬K。木星幔位於木星核外，以氫為主要元素組成的厚層，其厚度約為7萬千米，木幔外就是木星大氣，再向外延伸1000千米，就到雲頂。
大紅斑
木星表麵的很多特征變化很快，但也有少數標記具有持久和半持久的特征，其中最顯著最持久，也是人們最熟悉的特征要算大紅斑了。
大紅斑是位於赤道南側、長達2萬多千米、寬約1．1萬千米的一個紅色卵形區域。從17世紀中葉，人們就開始對它進行時斷時續的觀測，1879年以後，開始對它進行連續的記錄，並發現它在1879—1882年，1893—1894年，1903—1907年，1911—1914年，1919—1920年，1926—1927年，特別是在1936—1937年，1961—1968年，以及1973—1974年這些年代中，變得顯眼和色彩豔麗。在其他時間，顯得暗淡，隻略微帶紅，有時隻有紅斑的輪廓。
大紅斑是個什麼結構？為什麼是紅色的？如何能持續這麼長的時間？要了解這些問題，僅憑地麵觀測實在是無能為力的。