在漢靈帝早期王允同郡的同鄉中有一個名叫路佛的遊混無賴，從小嬌生慣養，既無學識，也無德行，他仗著家裏有錢，向太守王球行賄，要王球給他個官當。財迷心竅的王球是個見錢眼開的昏官，收下路佛的賂賄後，便給了他一個補吏的職位。王允對這種肮髒交易十分忿恨，當眾揭露路佛的醜行，並與王球變顏爭辯，指責他貪贓枉法，徇私舞弊。王球惱羞成怒，利用手中權力，立即將王允捉拿起來，投入牢中，準備隨時殺掉。刺史鄧盛很早就聽說過王允的事跡，很是欽佩他的才識和性格。當他得知王球要殺掉王允的消息後，立即親自騎上快馬，前往太守衙門，保釋王允，並且請他做自己府中的別駕從事。王允很感激鄧盛的救命之恩，同時也為鄧盛的正義行為所感動，於是一心一意為鄧盛效勞，兢兢業業，任勞任怨，鄧盛深感滿意。在鄧盛的提拔和宣揚下，王允的名聲越來越大，為他日後步入朝廷做官奠定了基礎。
公元184年（中平元年），即王允征為侍禦史不久，全國各地便爆發了聲勢浩大的黃巾軍農民起義。為了迅速鎮壓起義，東漢政府特別選拜王允為豫州刺史，征辟尚爽、孔融等名士擔任王允的從事，率領重兵討伐黃巾軍。王允初次領兵打仗，便充分展示了他非同一般的文韜武略。預先，王允廣泛征求從事和普通官兵的意見，設計了周密的作戰方案；戰鬥過程中，王允親自披掛上陣，大顯身手，徹底擊潰豫州一帶的黃巾軍。
之後，王允和左中郎將皇甫嵩、右中郎將朱儁共同受降數十萬黃巾起義軍。在受降過程中，細心的王允從農民軍中搜查到一封中常侍張讓的賓客所寫的書信，信中涉及一些與黃巾軍有關的內容。
張讓是當朝掌權的大宦官，權勢很大，極受皇帝寵愛。王允也不計較利害關係，他懷疑張讓與黃巾軍私通，便進一步追查，把其中的具體細節全部揭發出來，並且寫成奏折上奏皇帝。
漢靈帝大驚，立即召張讓進宮，怒氣衝衝地指責張讓，並要他交待實際情況。張讓一向在朝中自以為是，指手畫腳，也沒想到有誰敢在皇上麵前揭露他，因此見到王允的奏章後嚇得半死，急忙叩頭謝罪。可張讓是何等狡詐圓滑的人物，他在回答皇帝時，不僅不承認自己的罪行，反而說王允忌妒陷害他，說自己對陛下，對朝廷是如何的忠心耿耿，沒有絲毫與黃巾軍私通和背叛朝廷之意。靈帝本就有意偏袒張讓，加上被張讓的花言巧語所迷惑，自認為他無罪，也便不再追究。
張讓沒有被追究後，對王允心懷忿恨，隔了一年，張讓終於找到一個借口，將王允逮捕下獄。不久，正好趕上朝廷大赦，王允免罪釋放，還複刺史原職。可是，張讓並沒就此罷休，沒出十天，他又以另一個“莫須有”的罪名將王允治罪，王允再度入獄，張讓就讓人再去羞辱王允，當時的司徒楊賜不願再次看到王允受到侮辱，派門客勸王允自殺算了，不少王允的下屬也哭著捧出毒藥，請王允喝藥自殺。王允厲聲說道：“我身為大臣，被君主降罪，理當接受在街市被砍頭的懲罰，以向天下人謝罪，豈有自己喝藥求死的道理！”當即把毒藥潑到地上，從容上了囚車。王允被押到廷尉後，大將軍何進、司徒楊賜（楊修的爺爺）、司空袁隗（袁紹的叔叔）一起上書請求，由三公合力才把王允從牢裏撈出來。現在王允屬於白身。正在洛陽城裏賦閑。
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