生物學特性：藍藻細胞以直接分裂方式增殖。分裂時細胞中部收縊形成隔壁，將細胞一分為二，絲狀藍藻往往斷裂成短的細胞列，可以繼續分裂形成新的絲狀體。
藍藻也行無性生殖，形成內生孢子或外生孢子。有許多絲狀藍藻能形成厚壁孢子，貯存內含物豐富，有較強的抵抗外界不良環境的能力。厚壁孢子的細胞質可分裂產生新的藻絲。
念珠藻目和真枝藻目的許多種類中有異形胞，由營養細胞分化形成。異形胞的呼吸作用較營養細胞強，造成胞內的厭氧環境，它是固氮酶固氮的主要場所。
地理分布
浮遊藍藻分布很廣，在淡水和海水中，潮濕和幹旱的土壤和岩石上，樹幹和樹葉以及溫泉、冰雪，甚至在鹽鹵池、岩石縫等處都可生存，有些還可穿入鈣質岩石或鈣質皮殼中（如穿鈣藻類）生活，具有極大的適應性。
藍藻在熱帶、亞熱帶的中性或微堿性環境中生長特別旺盛。有許多種類是普生性的，如陸生的地木耳，不僅存在於熱帶、亞熱帶和溫帶，在寒帶甚至南極洲亦有發現。
浮遊藍藻的抗逆性很強，能耐幹旱，有些幹燥標本存貯65～106年還可保持活力。中國的固氮魚腥藻幹燥保存19年後再重新培育時還能生長和固氮。有些藍藻能在76℃溫泉中生長繁殖，有的在54℃條件下還能生長固氮（如鞭枝藻）；有的可抗-35℃的低溫（如地木耳）；有一些在過飽和鹽水中也可生長。因此，藍藻常是先鋒植物。
生理特征
浮遊藍藻藻體是單細胞的個體或群體，絲狀體；不具鞭毛，不產遊動細胞，一部分絲狀種類能伸縮或左右擺動。細胞壁缺乏纖維素，由黏肽（含8種氨基酸和二氨基庚二酸以及氨基葡萄糖等）組成，壁外常形成黏性膠質鞘。藍藻無真正的細胞核，核的組成物質染色質集中在細胞中央，無核膜和核仁。細胞內除含葉綠素和類胡蘿卜素外，尚含有藻藍素，部分種類還含有藻紅素。
色素不包在質體內，而是分散在細胞質的邊緣部分。藻體因所含色素的種類和多寡不同而呈現不同的顏色。
浮遊藍藻的儲藏食物為藍藻澱粉。繁殖方法主要是分裂生殖，少數為無性生殖。無性生殖包括外孢生殖，內孢生殖和後壁生殖，沒有有性生殖。藍藻主要分布在含有機質較多的淡水中，部分生活在濕土、岩石、樹幹上和海洋中，有的同真菌共生形成地衣，或生活在植物體內形成內生植物。少數種類能生活在85℃以上的溫泉內或終年積雪的極地。本門的項圈藻屬、念珠藻屬和筒孢藻屬等的若幹種有固氮作用，能增強土壤肥力；葛仙米、發菜和海雹菜等可供食用；微胞藻屬和項圈藻屬等在夏季生長過多時會降低水中含氧量，或死後分解產生毒質，從而使魚類致病或死亡。
繁殖形式
浮遊藍藻的細胞以直接分裂的形式增殖。分裂時，細胞中部的膜和內胞壁向內增生，將細胞一隔為二。細胞分裂方式大體可分為3類：①三向分裂，分裂成單細胞群體，如微囊藻屬；或形成立方形群體，如立方形藻。
②兩向分裂，分裂成平板狀群體，如平列藻屬；或成假薄膜組織狀，如石囊藻屬。③單向分裂，分裂成單細胞個體，或成絲狀的藍藻，如念珠藻目的種類。絲狀藍藻往往斷裂成短的細胞列（5～15個細胞），稱為段殖體（或稱連鎖體、藻殖段）。它有較大的滑動能力，可以繼續分裂成新的絲狀體。某些種類則由於藻絲體中個別細胞溶解和脫水成為分離盤，藻絲在此處斷裂而形成段殖體。
浮遊藍藻除細胞分裂增殖外，也進行無性生殖，形成內生孢子，又稱小孢，如皮果藻屬；有些形成外生孢子，如管孢藻屬；有些絲狀藍藻則形成厚壁孢子，或稱孢子，如念珠藻目。厚壁孢子有各種形狀和產生的部位，為分類的重要標準之一。它一般比營養細胞大，細胞壁厚，孢子內貯存大量的藍藻體、多肽和糖原，內含物豐富，有較強的抵抗外界不良環境的能力。
細胞結構
浮遊藍藻細胞壁主要由兩層組成，內層為肽聚糖層，外層為脂蛋白層，兩層之間為周質空間，含有脂多糖和降解酶，胞壁外往往包有多糖構成的粘質膠鞘或膠被。