誤入歧途說
對鯨魚自殺現象有一種說法是，鯨魚為了追食魚群而遊進海灣，當鯨魚靠近海邊，向著有較大斜坡的海灘發射超聲波時，回聲往往誤差很大，甚至完全接收不到回聲，鯨魚因此迷失方向，從而釀成喪身之禍。
1975年7月間，一群魯莽的逆戟鯨在美國佛羅裏達州的洛捷赫特基海灘集體擱淺。動物學家在鯨魚的內耳發現了許多圓形昆蟲。研究人員因此認為，耳內寄生蟲可能是使一些鯨魚擱淺的禍首，它們破壞了鯨魚的回聲定位係統，使鯨魚不能正確收聽回聲而誤入歧途。
但是，有些鯨的種類卻並非如此，如一角鯨經常有不同的寄生蟲，但這並未幹擾其航行。
環境汙染與回聲定位係統紊亂說
環境汙染也曾被認為是造成鯨魚擱淺的原因。因為那些汙染海水的化學物質可能擾亂了鯨魚的感覺。
另一些科學家通過對數頭衝進海灘擱淺的自殺的鯨魚的解剖發現，絕大多數死鯨的氣腔兩麵紅腫病變，因此認為導致鯨魚擱淺的原因可能是由於其定位係統發生病變，使它喪失了定向、定位的能力。由於鯨魚是戀群動物，如果有一頭鯨魚衝進海灘而擱淺，那麼其餘的就會奮不顧身地跟上去，以致接二連三地擱淺，形成集體自殺的慘劇。
美國拉斯帕爾馬斯大學獸醫係胡德拉教授和倫敦大學生物係西蒙德斯教授則認為鯨魚集體自殺是由於水下爆炸、軍艦發動機和聲納的噪音引起的。他們在分析了一係列的鯨魚集體自殺事件後，發現了其中的巧合。
1989年10月，24頭劍吻鯨衝上加那利群島沿岸的淺灘，當時該群島附近海域正在進行軍事演習。1985年，12頭鯨魚在海上進行軍事演習時衝上海灘。1986年4頭鯨魚衝進蘭薩羅特島擱淺，另兩頭鯨魚衝上附近一座島嶼的淺灘，其間這兩個島嶼海域正在進行海軍演習。
此外，成群鯨魚擱淺於委內瑞拉沿岸時，剛好附近也正在進行水下爆炸。
同意這一觀點的還有法國海洋哺乳類動物研究中心的科列德博士。他認為，每頭健康的鯨魚都擁有能在海洋深處定向、定標的發達的定位係統，而軍艦聲納和回聲探測儀所發出的聲波及水下爆炸的噪音，會使鯨魚的回聲定位係統發生紊亂，這是導致鯨魚集體衝上海灘自殺的主要原因。
科學家們到目前為止還不能解釋這些鯨魚為什麼會擱淺，但大多數解釋都與其體內的回聲定位係統有關。
一條巨鯨的眼睛隻有一個小西瓜那樣大，而且視力極度退化，一般隻能看到17米以內的物體，這與其龐大的身軀極不協調。它們並不依靠眼睛來導航、測物和捕食，而是擁有一種高靈敏度的回聲測距本領。它們發射出頻率範圍極廣的超聲波，這種超聲波遇到障礙物即反射回來，形成回聲。鯨魚就根據這種超聲波的往返時間來準確地判斷自己與障礙物的距離。
內髒不適，出現寄生蟲或者係統本身的原因，都可能使回聲定位係統出現故障，讓鯨魚迷失方向、四處亂竄。也有科學家認為，當鯨魚為了捕食隨水勢誤入地形平緩的水域，一旦退潮就會造成擱淺；而當它們為了追食魚群而遊進海灣，向著有較大斜坡的海灘發射超聲波時，回聲往往誤差很大，甚至完全接收不到回聲，也會因此迷失方向。鯨魚是戀群動物，如果有一條鯨魚衝進海灘擱淺，其餘的就會奮不顧身地跟隨上去，造成群死群傷的悲劇。
早在2004年12月，美國的《科學》雜誌就曾報道，根據美國伍茲霍爾海洋研究所科學家的研究，部分科學家認為鯨魚死亡的原因可能是它們浮上海麵過快造成。
這個研究所的兩位科學家在研究擱淺致死的抹香鯨的骨骼後發現小凹洞，他們解釋這是抹香鯨骨骼都出現的骨頭壞死的現象。抹香鯨可以潛到水下3200多米深的地方捕食，如果它們迅速浮上淺海，體內的氮氣就會湧出形成氣泡。這些氣泡糾結在組織中會壓迫神經，阻塞毛細血管，導致其肌肉缺氧，甚至會影響骨骼引起區域性壞死，留下多處小凹洞。這顯示，抹香鯨自殺很可能是他們覓食時升水過急而付出的代價。
大自然也推波助瀾？
1997年，馬爾維納斯群島海岸約300頭鯨魚集體自殺。阿根廷學者分析後認為，當時太陽黑子的強烈活動引起了地磁場異常，發生了地磁暴，這破壞了正在洄遊的鯨魚的回聲定位係統，令其犯下“方向性”的錯誤。