有些種類在表質上具有矽質化鱗片，小刺或囊殼。有些種類含有許多矽質、鈣質，有的矽質可特化成類似骨骼的構造。
3色素及色素體
金藻類的光合色素有葉綠素a、葉綠素c和β－胡蘿卜素。色素體1～2個，片狀、側生。
4副色素
副色素總稱為金藻素。由於它的大量存在，使藻體呈金黃色或棕色，當水域中有機物特別豐富時，這些副色素將減少，使藻體呈現綠色。
金藻細胞構造模式圖5貯存物質
貯存物質為白糖素和脂肪。白糖素又稱白糖體，為光亮而不透明的球體，常位於細胞後端。
6細胞核
有1個細胞核。
金藻的繁殖方式
金藻單細胞運動型的繁殖，常以細胞縱分裂的方式形成2個子細胞；群體運動的種類，常以群體斷裂成2個或2個以上的段片，每個段片發育成一個新的群體；有囊殼的種類，原生質體縱裂為2個子細胞，其中一個子細胞遊出囊殼，固著於基質上，群體類型則附著於母囊殼邊緣，子細胞原生質分泌出纖維素質的新殼；不能運動的種類，以遊動孢子進行生殖。遊動孢子有1～2條鞭毛。有的金藻可以產生不動孢子。
金藻的繁殖形成不動孢子時，細胞停止運動並變圓，在原生質裏麵先分泌出一層纖維素膜，此膜漸變厚，有二氧化矽堆積而變硬，頂端有一開孔，膜外原生質經孔口移入膜內，孔口由一膠質塞子或二氧化矽化的塞子封閉起來，原生質內積累大量的金藻昆布糖和油。不動孢子可渡過不良環境。有性生殖是同配，僅在少數屬中發現。
金藻的代表植物
黃群藻屬（合尾藻屬）
屬於金胞藻目。植物體呈球形或橢圓形，是能運動的群體。群體細胞在中央以膠質互相黏附。細胞無壁，有原生質分泌的果膠質膜，膜上鑲嵌有矽質小鱗片，小鱗片覆瓦狀螺旋排列，鱗片表麵有刻紋或硬刺，是種的特征。細胞內有兩塊載色體，前端有兩條不等長鞭毛。細胞分裂時果膠質膜也會分裂。
黃群藻屬黃群藻屬約有10種。在小池塘和人工貯水池中生活，於晚秋、早春或冬季可大量出現。
錐囊藻屬（鍾罩藻屬）
屬金胞藻目。植物體單細胞或聯成樹狀群體。細胞著生於纖維素質的鍾形囊殼中。細胞內有2條載色體，眼點明顯，頂端有2條不等長鞭毛，群體運動不靈活。通常進行營養繁殖，有性生殖是同配。
錐囊藻屬錐囊藻屬約有17個種。多數浮遊生活於貧營養的淡水中，水中有機質多時就消失，有的種也生活在酸性泥炭水體中。已知有2個種屬於海產。
金枝藻屬
屬於金枝藻目。植物體為分枝的絲狀體，基部有1個細胞特化成半球形固著器，附生於其他藻體上。細胞內有2塊色素體，貯存食物為粒狀金藻昆布糖。生殖時在細胞內產生1、2、4、8個遊動孢子，遊動孢子有2條不等長鞭毛。
金枝藻屬本屬約有3種。在池塘、湖泊和沼澤地等水中，附生於其他藻體上，是罕見淡水藻類。
金藻門中常見的還有單鞭金藻屬（金光藻屬）和魚鱗藻屬。單鞭金藻屬植物體單細胞，1根鞭毛，原生質體裸露，有的種可變形。魚鱗藻屬植物體單細胞，無細胞壁，果膠質膜上有矽質小鱗片，呈覆瓦狀螺旋排列，每個鱗片上有1硬刺，1根鞭毛，另有1根退化。
金藻的價值與危害
金藻多分布在淡水水體中，生存於透明度較大、溫度較低、有機質含量低的水體。在寒冷季節，如早春和晚秋生長旺盛。在水體中多分布於中、下層。
顆石蟲化石浮遊金藻沒有細胞壁，個體微小，營養豐富，是水生動物很好的天然餌料，有的海產種類已人工培養，是水產經濟動物人工育苗期間的重要餌料。
三毛金藻鈣板金藻、矽鞭金藻死亡後，遺骸沉於海底，可形成顆石蟲軟泥，有的形成化石，可為地質年代的鑒別提供重要依據。
小三毛金藻是一種害藻，能產生魚毒素，引起魚類大量死亡，在我國分布廣泛，大連、銀川、鳥梁素海、山西南部的鹹水湖中，天津的塘沽及陝西皆有報道。此外，在海洋中也可形成赤潮，給漁業造成危害。
金藻門植物由於色素體內含有的胡蘿卜素類和葉黃素類占優勢，所以呈黃綠色至金棕色。貯存養分為金藻糖和油。細胞壁通常由2個互相套合的半片所組成。壁上經常有矽質沉積。營養細胞具鞭毛或無，單生或連接成定型或不定型群體。有無性生殖和有性生殖。無性生殖在不運動種類中可以用遊動孢子或不動孢子進行。
金藻門3綱大多數生於淡、海水中，是淡水和海洋動物直接、間接的餌料。古代矽藻大量沉積成為矽藻土，是現代工業重要的原料。可作硫酸工業的催化劑載體、建築磨光材料、工業用過濾劑、吸附劑、保溫材料；也可作造紙、橡膠、化妝品、火漆和塗料等的填充劑。