亨利少校為了定實德雷福斯的罪名，便把偽造信件塞進“密檔”，甚至偽造德雷福斯致德皇的信件和德皇致德雷福斯的複信，以此證實德雷福斯就是德國間諜。於是，反動沙文主義者氣焰更加囂張。
1897年12月27日，陸軍部長宣布對德雷福斯的判決“公正無誤”，內閣總理也同時宣布：“德雷福斯案件沒有問題。”與此同時，德雷福斯的親屬和朋友們，一直沒有停止對此案的控訴。他們曾寫信給德皇威廉二世，請求他證明德國沒有收到德雷福斯提供的任何情報和書信。而德國對法國由於此案鬧出的混亂暗自高興，當然不會為他作證。
在這種情況，德雷福斯的親屬又複製了大量告密信的照片，四處張貼在街頭，指望有人能認出真正的作案者。
不久，一位銀行家便找到德雷福斯家，聲稱告密信的筆跡和他一個顧客的筆跡一樣，這個顧客就是艾斯特拉齊。德雷福斯全家非常高興，認為這次總算找到有力的證據。於是，就向法庭控告了艾斯特拉齊。
1898年1月11日，艾斯特拉齊終於上了軍事法庭。但軍方唯恐此事敗露，派亨利等人為他代擬了審訊時的辯護詞。結果，法庭宣判艾斯特拉齊無罪釋放。
這下，正義人士憤慨了。就在艾斯特拉齊被宣告無罪後兩天，舉世聞名的作家愛米爾·左拉仗義執言，在《震旦報》上發表了致共和國總統費裏克斯佛爾的一封公開信，這封標題為“我控訴！”的公開信，控告陸軍最高領導以及總參謀部的主要領導存心不良，有意誣告無辜者，開脫真正的罪犯。
左拉的勇敢行為引起了全國對此案的關注。無數正義之士都團結起來去伸張正義。陸軍部長恐慌了，他一方麵鼓動反動分子攻擊左拉；另一方麵，以誹謗罪對左拉進行起訴，並於1898年2月21日，指示法庭判處左拉一年徒刑並罰款3000法郎。左拉被迫流亡英國倫敦。
在公眾輿論的影響下，陸軍部隻得下令對此案進行進一步審理和核實。受命重新核實此案的一名軍官此前從未插手此事，也很快便發現了亨利偽造的痕跡。在確鑿的罪證麵前，亨利無法抵賴，被迫承認，當場被捕，第二天就自殺身亡。艾斯特拉齊聞訊畏罪潛逃，到英國避難去了。
形勢急轉直下，陸軍部長狼狽辭職，隻好於1899年8月，軍事法庭重新開庭審理德雷福斯案件。人們普遍以為法庭會宣布德雷福斯無罪。不料，仍認定德雷福斯犯有間諜罪，隻是改判為10年苦役。
這項判決，激起了法國各界人士的極大義憤，在世界各國引起強烈反應。表示抗議的函電至遝來，許多國家還發生了反法示威。在聲勢浩大的民主力量麵前，新任總理生怕造成不可收拾的局麵，提出一個折衷解決辦法，在維持判決的原則下，以總統名義宣布赦免德雷福斯。
德雷福斯在接受了特赦後，給總統寫了一封信：“共和國政府還了我自由。然而失去了名譽的自由對我毫無意義。從今以後。我將繼續力爭糾正使我至今仍受其害的可怕的司法錯誤。”
在此後的7年中，德雷福斯在各界人士的支持下，繼續為爭取恢複名譽而鬥爭。直到1906年6月，一貫堅決支持重審的激進派領袖克列孟梭出任總理，德雷福斯案件才最終獲得解決。同年7月，最高法院宣布德雷福斯無罪，蒙冤受屈12年的德雷福斯終於恢複了名譽。
德雷福斯被晉升為少校，並在原來舉行革除軍職儀式的軍事學院的操場上，接受榮譽軍團勳章。皮卡爾中校也重回軍隊，晉升為準將，並出任陸軍部長。
1930年，德國原駐法國武官施瓦茨考本的回憶錄《德雷福斯案件真相》出版。這就從德國方麵證實了德雷福斯的清白無辜。同年6月，施瓦茨考本的妻子將這本回憶錄寄給德雷福斯，並附信說，她的丈夫一直想證明德雷福斯是受害者，但由於各種原因，使他在生前不能如願。這本書還詳細地敘述了施瓦茨考本與艾斯特拉齊等人的秘密來往，從而澄清了德雷福斯案件中的一些細節。
德雷福斯案件，集中地反映了普法戰爭後法國國內階級矛盾的激化，暴露了資產階級民主的虛偽。