美巴條約規定：巴拿馬將運河區約16公裏寬的地帶，交給美國永久使用、占領和控製；美國有權在地峽兩邊的巴拿馬城和科隆城維持公共秩序，還有權使用警察、陸軍和海軍，或建立要塞。為了表示“平等互惠”，條件規定美國給予巴拿馬共和國1000萬美元；條約生效後第9年起，每年再支付25萬美元。
1904年，美國正式動工開鑿運河。由於利用了過去法國人開鑿過的河段，又改為修築水閘式的運河，所以工程進展較快。1914年工程基本完成，第二年開始通航，1920年正式開放。
根據設計，近一半的運河航程要利用地峽上的加通湖，但加通湖高出海平麵25米，所以從海上來的船隻，必須升到25米，才能進入運河。到了另一端，又必須再降下25米，才能駛離運河。為此，在運河兩端建造了用來升降船隻的三座巨大的水閘。
這三個水閘共有12個閘室。每個閘室長305米，寬33米，高25米，全都用鋼筋混凝土建成。閘門每組兩扇，每扇重達數百噸。閘室裏設有大功率的電動機車。
當船隻駛近水閘的時候，閘室一端的閘門便打開，用機車把船拖進閘室；然後關上閘門，將水注入室內使船隻浮起。當水位升高到運河水位時，就打開另一端閘門，用機車把船拖進運河。如果船隻要離開運河，那麼被拖進閘室後將水抽出，使閘室水位降到海平麵的高度；然後打開閘門，把船拖出，再駛向海洋。
巴拿馬運河西起裏斯托巴爾，東至巴爾博亞，長68公裏，加上連接兩洋的深水段，全長813公裏，寬91～304米。這座高出海平麵25米的水閘式運河，就像一座架在巴拿馬地峽上的水橋，能夠通過四萬五千噸以下的船艦。
巴拿馬運河建成後，成為世界重要的海上通道。它溝通了太平洋和大西洋，大大縮短了船隻的航程。從美國紐約到加拿大的溫哥華，經這條運河比繞道南美洲南端的麥哲倫海峽，要縮短航程12000多公裏；從紐約到日本橫濱，可縮短航程5000多公裏。這當然給美國的軍事擴張和經濟掠奪帶來了巨大的利益，因此美國統治者把它稱為美國的“地峽生命線”。
但是，這條“生命線”卻沾滿了成千上萬工人們的鮮血。巴拿馬運河工程浩大，挖掘的土方達1億8000多萬個。開始時，有45000多名工人參加挖掘，其中大部分來自西印度群島的黑人，其他是意大利、西班牙、希臘、中國等的工人；1908年後，除少數美國技術工人外，運河工程幾乎全部由黑人和黃種人承擔。
運河地帶到處是原始森林、熱帶沼澤和深山峽穀。工人們頭頂烈日暴雨，往往以野果充饑。那裏到處是毒蚊，黃熱病十分猖獗。在修建運河過程中，共死亡7萬多人，平均每修築1米運河，就要奪去一個工人的生命！所以運河工人把巴拿馬運河稱為“死亡的河岸”。
幾十年來，巴拿馬人民沒有停止過要求收回巴拿馬運河區主權的正義行動。經過長期不懈的鬥爭，終於迫使美國與巴拿馬簽訂了關於運河的新條約。