1791年6月21日上午，三聲炮響和市政廳鍾樓的鍾聲向巴黎人民通報了國王路易十六逃跑的消息。頓時，整個巴黎群情激憤。丹敦不客氣地指責巴伊政府：“你們曾說國王不會出逃，結論隻能是，或者你們出賣了祖國，或者你們愚蠢到了極點，兩者必居其一。”6月23日，丹敦又在雅各賓派俱樂部發表演說，要求免除路易十六的王冠。路易十六不甘心就這樣下台，他暗中勾結普、奧，企圖引狼入室，恢複自己昔日的統治。1792年8月10日，巴黎人民衝向土伊勒裏宮，將路易十六廢黜。巴伊政府也倒台了。代表工商業資產階級的吉倫特派掌握了國家權力機構——立法會議。丹敦因獲得票數最多，擔任立法會議組織的國家最高行政機構——臨時執行委員會的司法部長。
1792年8月19日，普奧聯軍越過邊境侵入法國領土。23日，吉倫特派政府準備放棄巴黎逃往法國南部。丹敦在臨時執行委員會抨擊了這種臨陣脫逃的行為，大聲疾呼要不惜一切代價守住巴黎。他把自己年過七旬的老母從阿爾西接到巴黎，表示要與巴黎共存亡。9月2日，凡爾登失守，通向巴黎的最後一道屏障被打開了。巴黎城內的吉倫特黨人亂成一團。這時，高大魁梧的丹敦再次出現在講台上，發表了他最著名的一次演講：“警鍾已敲響，但這不是報警的信號，而是向我們的敵人發起衝鋒的信號。為了戰勝敵人，我們需要勇敢，再勇敢！法國必將得救！”
法國再次從危急的境地中走出。
1793年英國也加入了反法同盟，聯軍對法國發起了新的進攻。這一年6月2日，由於吉倫特派對外戰爭連連失利，對內采取高壓政策，巴黎人民再次起義，163門大炮對準了議會大廈。激進的革命黨——雅各賓派掌握了國家權力。雖然由於丹敦的革命表現他仍然被選進最高政府機關——救國委員會，但是他從雅各賓派的領袖羅伯斯庇爾低沉的聲音中聽出了某種敵視情緒，預感到不祥。12月3日，丹敦在雅各賓派俱樂部遭到攻擊。有人指責他腳踩兩隻船；有人指責他是革命隊伍中的投機分子，揚言要對他的生活和個人財產進行調查。1794年3月30日，丹敦被捕。經缺席審判後，他被處以極刑。
丹敦死後，雅各賓派專政的社會基礎大大削弱了，人民對羅伯斯庇爾政府的不滿日益加劇。雅各賓派的專政已處於嚴重危機之中。