1月：
2日，清廷命裕庚在總理各國事務衙門行走。
3日，命疆臣均兼總理各國事務大臣銜。
10日，罷直隸練軍。
同日，總理各國事務衙門上奏：分別鐵路工程緩急次序，盧漢、粵漢為主要幹線，寧、滬、蘇、浙、浦、信、廣、九等為近千要支，均由總公司盛宣懷承辦；津、鎮及山海關內外，責成胡燏棻辦理；太原至柳林，由山西商務局承辦；廣西龍州，由提督蘇元春承辦。此外已與各國定有成約，凡地不過百裏，款不出百萬者，不在停辦之例，凡華洋各商，請辦各支路，此時概不準行。朝廷同意。
17日，湖北巡撫曾鉌以奏請變通成例被參劾，謂其擅請變法，莠言亂政。朝廷命革職，永不敘用。
25日，命馬玉昆往河南辦理防剿軍務；罷胡燏棻（蘆津）鐵路督辦，以許景澄代之。
2月：
3日，改漢口同知為夏口撫民同知。
17日，詔令清理庶獄。
23日，清政府發行昭信股票，榮祿等率先認領。此股票按年計利，如期還本。
本月，先後發庫銀十萬兩備賑清流河、安徽等地災。
3月：
14日，以毓賢為山東巡撫。
17日，光緒諭命各省積穀；清理獄訟；辦團練保甲。
20日，京師實行保甲製。
31日，膠州灣德軍借護教為名，侵入沂州境（參見1898年年末記事），清廷命呂海寰照會德國外交部，停止其進兵之舉。
同日，朝廷褒獎袁世凱訓練陸軍有成。
本年春，原在山東省長清縣活動之神拳首領朱紅燈，由於受當地民團打擊，轉移茌平縣境，並設場練拳，進行反教會宣傳與神拳擴充活動。不數月，全縣八百六十村莊中，已有八百村莊設場練拳。9月平原縣反教會鬥爭受到清軍鎮壓，要求朱紅燈派人相助。朱紅燈立即派拳民千餘人增援。此時，各地大刀會、義和拳也趕來參加朱紅燈拳民隊伍。朱紅燈指揮拳民於杠子李莊大敗清軍，聲威大振。複於森羅殿地區擊潰清軍三路圍攻。此役之後，朱紅燈提出“天下義和拳興清滅洋”口號。山東巡撫毓賢於無力鎮壓困境中，將“義和拳”改為“義和團”，充作山東省地方團練，以符合太後倡辦團練之意，使“義和團”合法化。“義和團”亦舉起“扶清滅洋”和“毓”字大旗，公開活動。此後各縣遍設拳場，很快傳布山東全省。該義和拳是白蓮教支派八卦教一支。口念神符習練拳術，自以為刀槍不入。義和團攻擊教堂，多為焚燒，對教民則並無殺害之事。
臨清教會傳教部報告謂：“約三分之一的基督教徒蒙有損失，總計亦不過四百三十餘元。個人之傷害未見發生。居臨清之某基督徒，有一子及一妹夫，均為拳眾所擄，兩人耳朵皆為拳眾割去。”至本年12月，美國駐華公使康格，據美國傳教士之歪曲報告，壓迫清政府，撤換山東巡撫毓賢，改派袁世凱為山東巡撫，鎮壓義和團運動。袁抵山東後，於1900年2月28日發生肥城義和團殺死英牧師伯魯克一案。袁世凱判處拳民兩人死刑，一人終身監禁，一人監禁十年，一人徒刑二年；地保四人革職，永不敘用；罰出事地居民白銀五百兩，並立一座紀念碑；複賠教堂白銀九千兩。袁世凱為鎮壓義和團，又特定《嚴禁拳匪暫行章程》八條，特別獎勵告密，以被告人家產一半或全部充賞；並規定：凡有練拳或讚助拳場者殺無赦；凡地方官逮捕拳民，當時用刀殺死，不必審判。旋朱紅燈戰死，義和團被消滅十餘股。袁軍所到之處，血洗鄉村。德國侵駐山東軍隊，也參加鎮壓即墨、高密、膠州之義和團。為此，山東人民對賣國賊袁世凱恨之入骨，有山東民謠雲：“殺了袁鱉蛋，我們好吃飯”。
此後，山東義和團轉入直隸境內發展。天津地區義和團。又組織有紅燈照，係未婚少女組成，尊崇黃蓮聖母，與義和團共同進行反洋教鬥爭。
毓賢（？—1901年），字佐臣，漢軍正黃旗人。1888年任山東省曹州知府，1898年任山東按察使，殘酷鎮壓山東人民反抗。1899年繼李秉衡接任山東巡撫。鎮壓山東義和拳，屢次失敗，萬般無奈，改剿為撫，將義和拳改名為“義和團”，使成為合法團練，義和團得以迅速壯大，並打出“扶清滅洋”和“毓”字大旗為號召。清政府此時仍決心鎮壓義和團，加之列強施加壓力，立即將毓賢調任山西巡撫。