28日，清廷命邊疆大吏，下令禁止播謠惑眾，保護通商、傳教。命崇厚為出使法國大臣（道歉），成林代理三口通商大臣。
本月，清廷免直隸安州等屬欠賦。
7月：
1日，奎昌赴塔爾巴哈台與俄國公使勘辦建立界碑之事。
12日，清廷命彭玉麟赴江南會同沿江督撫整頓長江水師。
18日，永定河決口。
25日，以未能防止教案發生，清廷撤天津知府張光藻、知縣劉傑職，並下部治罪。
28日，命毛旭熙協助曾國藩查辦天津教案。曾國藩奏言：善全和局，為保民之道，備禦不虞（事先準備以防不測），為立國之基。朝廷下旨嘉勉。命丁日昌赴天津，幫辦洋務。
31日，以琿春邊務事繁，清廷加該地協領為副都統銜。後為定製。
8月：
11日，命毛旭熙為三口通商大臣。
18日，同治下諭，命加強海軍人才的選拔與培養。諭曰：海上水師與江上水師截然不同，欲禦外侮，圖自強，非二十年之久，未易收效。如因此事艱巨，畏縮不為，則中國永無自強之日，近年來，內外臣工，於事急進，徒事張惶，待禍患略平，又複苟安，即製訂戰守章程，而奉行不力，使朝廷謀議，均為一紙空文。如此積習因循，焦慮何釋。此閩、滬兩廠輪船告成，馬新貽、英桂、沈葆楨，各擇統將出洋，常年練習，以備不虞。廣東亦應籌備輪船，瑞麟、李福泰，務必切實辦理，將帥中有熟習風濤、沙線者，隨時擇保，即山野中人，如長於海戰，亦當隨時物色，量材超擢。望各督、撫統籌，以副委任。
29日，以兩江總督馬新貽被刺身亡，清廷命曾國藩為兩江總督；李鴻章調直隸總督，李瀚章為湖廣總督。
馬新貽，於督署右箭道檢閱事畢，行至西夾道被刺身亡。諡號日“端湣”。行刺者為河南汝陽人張文祥。經審訊，供稱馬新貽獵色負友，特為友人複仇，故將馬刺殺之。審官認為事涉曖昧，不便上報，而判張文祥為盜匪餘黨，攜忿殺害大臣，照謀反定罪，磔（車裂）於市。
30日，設黃河水師。
9月：
14日，允越南進貢方物及馴象。
20日，命李成謀為新設輪船統領。
本月，阿古柏消滅北疆妥明（清真王）勢力，基本統治新疆南北路。此時，伊犁為俄國人侵占；哈密、巴裏坤二城尚為清軍所有。
10月：
5日，天津“民教啟釁罪案”（即天津教案）本日判決：張光藻、劉傑遣戍；殺“逞凶殺害罪犯”十五人。
本年秋，川東、荊州、熱河水災，清廷賑撫之。
27日，命劉銘傳督辦陝西軍務；清廷發諭：嚴禁四川州縣苛派撥款。續賑北山難民。
11月：
4日，清廷準李鴻章奏請成立天津機器製造局。
10日，日本國請立通商條約，清廷允之，命總署（總理各國事務衙門）選員議約。
11日，清廷免新疆科布多貢貂。
12日，免三口通商大臣一職，命直隸總督兼理之，如南洋大臣例，給欽差關防（印信）。嚴諭邊疆大臣慎密與外人交涉，如有漏泄者，立誅之。
16日，因水旱迭至，同治帝下詔反省。
20日，設直隸津海關道。
25日，俄國使臣倭良嘎哩來北京。
12月：
6日，永定河合龍。清廷命曾國藩籌辦河運。
本年冬，清廷免貴州興義等州、縣、衛，陝西綏德等州縣災、擾地區欠賦。
本年，朝鮮入貢。湖南大水災，歉收。
湘潭會黨首領何子成領導農民起義。湖南、江西數縣農民紛起響應，旋被清軍鎮壓，何子成就義。