23日，總理各國事務衙門言：俄國窺伺新疆。朝廷命大學士、尚書、左都禦史，會同總理衙門諸王、大臣妥議。
5日，申命禁止州縣浮收漕糧。
13日，倭仁乞病罷職，仍以大學士值弘德殿。
19日，京師、河北久旱饑荒，清廷賑濟之。
26日，自三月以來，不雨。本日雨。
本月，免陝西乾州等屬被災被擾地區賦額。
8月：
7日，奪丁寶楨職，仍留山東巡撫任。
9月：
3日，停奉天冬圍（滿清皇族冬季圍獵活動）。
22日，日蝕。
26日，裁熱河木稅。
27日，創建福建船塢。
29日，清廷同意左宗棠調曹克忠赴陝。
10月：
3日，停山東例貢。
8日，安置額魯特遊牧於額爾齊斯河流域。
11日，總理各國事務衙門奏呈預籌修約事。朝廷要求曾國藩等，對此各抒所見。
16日，清廷命丁日昌赴上海辦理意大利國換約事宜。
26日，命馮子材赴廣東左江，專辦軍務。
30日，清廷諭各路統兵大臣，各督、撫，嚴申軍律。
31日，察哈爾都統色爾固善卒，以庫倫辦事大臣文盛代之。
11月：
1日，清廷以張廷嶽為庫倫辦事大臣。
9日，汪元方卒，清廷命沈桂芬在軍機大臣上行走。
12日，曾國荃病免，清廷以郭柏蔭為湖北巡撫；命蘇鳳文為廣西巡撫。賑濟山東水災災民。
21日，因英國前後與中國所立條約，皆以強力脅迫而致，清廷心甚不快，為了結好美國以為己助，特派美國前公使蒲安臣，代為中國赴各條約國，辦理中外交涉事務。
26日，派道員誌剛、郎中孫家穀前往有約各國，充當辦理交涉事務大臣。
29日，以“梟匪”（武裝走私者）蔓延，奪劉長佑直隸總督職，仍責效命，以官文代理直隸總督。
12月：
2日，清陝軍與撚軍作戰中，回眾忽然出現，清提督李祥和被擊斃。
10日，清增設布倫托海辦事大臣，以李雲麟充任該職，以明瑤為幫辦，福濟為科布多幫辦。
24日，太平軍東路軍在山東壽光縣全軍覆沒。東路軍於6月份突破戴廟運河防線後，李鴻章仍堅持采用曾氏劃河圈地戰略，待東路軍渡過運河後，又將運河東岸長牆移置運河西岸，阻太平軍東路軍西渡，同時修築沿膠萊河與濰河長牆，直達海邊，為內圈防線，以運河長牆為外圈防線，將東路軍圍困於登州、萊陽之半島牛角尖地區。8月中旬，東路軍突破李鴻章之內圈防線；但對運河外圈防線，卻無法突破，遂被困於運河東岸之蘇魯海角。12月，太平軍西路軍張宗禹自陝北宜川縣強渡黃河，取道山西，進攻北京，以解東路軍之圍。但12月24日，東路軍於山東壽光縣彌河地區全軍覆沒。遵王賴文光殺出重圍，隻餘戰士數百人，於1868年1月5日夜，走至揚州，遭敵截擊，力竭被執。
本年，天津機器製造局經崇厚奏請成立，後至1870年由李鴻章接辦。
中亞浩罕國人阿古柏，於1864年應新疆土回金相印之請求，被其國王派來新疆，先後攻陷南疆各城。於本年自稱“畢條勒特汗”。並自尊為聖道擁護者；繼陷庫車、葉爾羌，占有南疆八城，統治新疆南路，自立國家。