7月：
6日，以久旱不雨，清廷下詔征求直言，禁止淩虐罪囚。
8日，清廷命保舉盡心民事之官吏。
14日，由左宗棠奏請，福州船政局成立。
此後，清廷即開始在閩省建廠試造輪船。旋命沈葆楨總司船政。
8月：
1日，烏裏雅蘇台將軍明誼病免。
2日，清廷命德勒克多爾濟為烏裏雅蘇台將軍，福興為綏遠將軍。
8日，清廷令楊嶽斌鎮壓狄河回眾。
13日，清廷命侍郎魁齡等出使朝鮮，冊封王妃。
17日，清廷發諭：整頓廣東吏治、軍務、厘稅。
26日，減蘇、鬆、常、太浮收米三十七萬餘石、浮收錢一百六十七萬餘貫。
29日，崇厚與日斯巴尼亞公使換約。
9月：
7日，黃河決口於河南胡家屯。
10日，劉蓉病免，清廷調喬鬆年為陝西巡撫；以英翰為安徽巡撫。
11日，濮州黃河決口。
15日，楊嶽斌病免，調左宗棠為陝甘總督；吳棠為浙閩總督；張之萬為漕運總督；實授瑞麟為兩廣總督。
27日，月蝕。同治下令廷臣自我修省（自我反省與檢討）。
29日，按禦史慶福意見，積粟張家口、綏遠城，轉運新疆，以濟當地民食。
10月：
12日，清廷命譚廷襄會同崇厚，辦理意大利國商約事務。
皖省太平軍餘部（亦稱撚軍）分成東西兩路大軍。
撚軍本月上旬於河南陳留縣、杞縣召開軍事會議，決定分軍兩路：由遵王賴文光、魯王任化邦率領東路軍，仍留中原地區作戰；由梁王張宗禹等率西路軍西赴陝、甘，與回民義軍相聯合，共同對付清軍。
23日，滇省回眾攻克安寧等州縣。
本年秋，清廷免貴州、廣東、山東、福建、江西等處災區額賦。
11月：
12日，清廷命劉長佑嚴格查核畿輔兵額。
16日，清廷命劉典幫辦左宗棠軍務。
20日，因曾國藩對遵王軍（太平軍）防堵無效，朝廷詔責曾國藩“任賊蔓延”。
22日，清廷命汪元方為軍機大臣。
26日，曾國藩乞病，請開缺在營效力，注銷侯爵。朝廷又下諭溫慰之，並命病痊後陛見。
27日，修海寧石塘。
30日，日蝕。
本月，清廷免安徽壽州災區新舊額賦。
12月：
7日，清廷命曾國藩回任兩江總督，代理通商大臣；授李鴻章欽差大臣，節製湘淮軍，專任圍攻撚軍（亦是太平軍餘部）。
9日，山東巡撫閻敬銘請假，清廷以丁寶楨代理山東巡撫。
11日，清將劉銘傳與太平軍魯王任化邦、遵王賴文光部大戰於金鄉。清軍大勝。
本年，中國民族資本近代企業開始興辦。此企業為發昌機器廠。係由方舉讚、孫英德合夥創辦，專為外商船廠打製零件。1869年開始使用近代車床。後於七十年代中葉，可製造小火輪船、車床、汽錘等；至八十年代，成為上海規模最大之民族資本機器製造廠。