總督、巡撫之下為布政使司、按察使司、提學使司、特別道員（專負特別職責），為省之機構與官員。特別道員為從三品或正四品，在府之上，多有專門職務，而非一般牧民地方官，計有督糧道、鹽法道、驛傳道、海關道、屯田道、茶馬道、兵備道等。
一般道員，為省下第二級行政區長官。下轄數府，其責為彈壓地方、監督屬官，為（總）督、（巡）撫布政。府官為知府。州官為知州，縣官為知縣。廳與州、縣同。
清代中央派遣官：主要為將軍、參讚大臣、領隊大臣、協理大臣、辦事大臣、協辦大臣、都統、副都統，多派遣到邊疆重地。鎮守一方。將軍品級為正一品到二品，將軍之下為都尉，正三品到從四品。
清代中央特設官：甲、漕運總督：一員，正二品，加尚書銜為從一品，其下設：（一）巡漕禦史，於淮安、濟寧、天津、通州各設一員，負責稽察（以科道簡充此職）。（二）督糧道，江南二員。山東、河南、江西、浙江、湖南、湖北各一員，負責督察糧運之事。（三）管糧和押運同知通判。此外還下設管糧同知、管糧通判、押運同通判等職，分管各地。並有武職人員（副將、遊擊等）負責押運守備。
乙、河道總督：正二品，加尚書銜從一品，共有二員：江南一員，山東與河南一員，直隸以總督兼管。此製於雍正七年確立。此官員，專司治理疏浚河道等事。兩總督，其初均兼兵部尚書、左都禦史銜，乾隆四十八年（1783年），改兼兵部侍郎，右副都禦史銜。其下設：（一）江南河庫道、江蘇淮揚道、直隸永定道，專司河務。（二）直隸清河道、霸昌道、通永道、天津道、大名道、江南之淮徐海道、河南之開歸陳許道、河北道等，均以巡道兼管河務。（三）其餘理河或兼理之官尚有：同知、通判、州判、縣丞、主簿、巡檢、吏目、典史、兼管河務知縣等等。（四）河標武職：副將、參將、遊擊、都司、守備、千總、把總等職，率軍守護。
丙、藩部與土司：（一）內蒙：設東四盟、西二盟；共六盟、二十四部、四十九旗（合部為盟，合旗為部）。（二）外蒙設四部：喀爾喀、杜爾伯特、土爾扈特、和碩特。此內外蒙基本自治。（三）青海：魏、晉時期，為諸戎所居住之地。隋、唐以來，有土穀渾番興起。明朝初年遣官招撫，授番酋以衛所指揮、僉事之職，並與之互市，許其朝貢。清初，厄魯特部顧實汗據青海，對清通好。其後裔將青海分為左右兩地區，部落散處各地。康熙時，青海各台吉內附，多封以王、貝勒、貝子、公、台吉等爵，計有和碩特、綽羅斯、輝特、土爾扈特、喀爾喀諸部，各部不設盟長，而以西寧辦事大臣統攝之。（四）西藏：自康熙時起，永為中國藩屬，共有四部：康、衛、藏、阿裏。達賴領有前藏，即康、衛之地區，班禪領有後藏，即藏、阿裏地區。達賴、班禪為自治宗教領袖，行政官亦為其屬下，但行政官則由清駐藏大臣與達賴、班禪合議其任免，達賴，班禪不得單獨決定任免事項。（五）土官：雲、貴、川、桂之少數民族、設土州縣以其酋長子孫世襲此官。以後因文化進步，而有的土州縣，改為不世襲之普通官廳，謂之改土為流（流官即通行之官）。（六）土司：為少數民族之酋長，亦世襲，為武官（土官為文官），其職比土官略高，常附有指揮使或宣慰使之職銜，為三品至五品之官秩，受所在之府與州、縣、廳之管轄。其輔佐之官則有同知、僉使、僉事等職。