無疑的，美國所執行過的阿波羅（太陽神）計劃是有史以來人類最大的太空研究計劃。但是，阿波羅計劃卻有三大謎團至今仍未解開：
①暖昧不明的研究目的：肯尼迪總統在1961年1月12日就任美國總統，隨即在1961年5月25日向議會提出支持阿波羅計劃的龐大財務的要求，而在當時美國財務情況不是很好，大家都認為是不可思議，而美國官方發布的消息卻是“征服月球就能獨霸全世界”、“上世紀結束前可在月球建立太空基地”、“登陸月球不能落後蘇聯”等等用辭，阿波羅計劃後來審查的預算共300億美金，創下了人類科技史的紀錄，但是兩年之後，也就是1963年11月20日肯尼迪被暗殺了，凶手至今仍是“謎”。
肯尼迪總統死後，阿波羅計劃繼續執行，前後曆經20年，具體成果除了將人類送上月球之外，隻是由月球表麵采回來了400公斤月球岩石，但這卻是可由無人太空船辦到的。麵對當時美國民眾的質疑，前NASA官員湯瑪士·貝伊曾說道：“將人類送上月球真實的意義，曆史將會說明一切。”這是不是表示阿波羅計劃其真正目的不能公開呢？
事實上當肯尼迪總統被暗殺時，有一位民間業餘攝影家錄到了全部實況，從錄像中可以看出，凶手是當時的司機與另一位躲在草叢的人，司機用右手拿起槍由左肩射出子彈，貫穿肯尼迪腦部，草叢中那位凶手再補上一槍，總統夫人想跳車逃走，卻被後麵的中央情報局（CIA）人員推回。此段錄影帶與美國官方所公布的完全相反。在肯尼迪被暗殺前10天，也就是11月30日，肯尼迪曾在哥倫比亞大學演講，提到他欺騙了美國國民，也預備公布一項舉世震驚的消息，而肯尼迪所想公布的就是飛碟與外星人的機密！有傳聞說，美國早在20世紀50年代就曾與外星人接觸，並簽下條約，此一機密計劃則由總統直接執行，並不得對外公開，肯尼迪急於知曉月球是否住著外星人，以至於推動阿波羅計劃，所以肯尼迪的暗殺與UFO有密切關係，也就是外星人通過所掌控的CIA對總統施毒手，這項研究在美國UFO學會的探討下已非常清楚。
②阿波羅計劃突然中斷：阿波羅計劃一共進行到第17號而突然中斷，理由是“沒有經費”。當初的《紐約時報》曾評論道：“有錢買勞斯萊斯汽車，卻沒錢買汽油。”而實際原因是美國發現了月球是外星人基地，是別種生物的地盤，不是沒有能力去，而是不能去。
③由阿波羅計劃結束後到今天的四十多年間，沒有任何一位地球人上過月球，由現實問題來考慮，這真是不可思議。
依當時肯尼迪實施阿波羅計劃時的演講，人類終究是要在月球上建立基地的。但為何沒有實現呢？人類在過去的四十多年間科技進展是有目共睹的，唯有月球探測計劃遲滯不前，真是令人費解。
阿波羅計劃中總共拍攝了7萬多張的照片，但公布的大約隻有二千分之一，其中絕大多數未公布的照片都難以用現代科技解釋，因為上麵有明確的不明飛行物的影像。
太空人在外太空看到飛碟是常有的事，有些太空人在回到地球後，因無法接受有外星人與飛碟存在的事實而致精神分裂住院，有些則改行當傳教士，因為他們在外太空看到了上帝，也就是外星人。
1969年7月16日，美國發射了“阿波羅11號”太空船，裏麵搭乘的是太空人阿姆斯壯、愛德林以及柯林斯3人，當太空船奔向月球的途中卻意外的發現了不明發光體。當時的通話記錄如下：
愛德林：“我們發現了一個形狀怪異的物體，距離月球很近，體積相當龐大，用單筒望遠鏡就看得到。”
柯林斯：“由舷窗看得到嗎？它像什麼？”
愛德林：“可以。原先以為是農神火箭4號的殘骸，但經與地麵控製中心聯絡，才知道殘骸應該在9500公裏以外。”
柯林斯：“這樣說來這是不明物體了！我想可能會與我們相撞。”
阿姆斯壯：“愛德林認為此物體會主動離開。”
柯林斯：“大家都不用害怕。”
愛德林：“我們看到了許多不同小物體在附近飛行，原先以為是農神4號推進火箭的殘骸，用望遠鏡觀看如同L形，當時大家都在指揮艙中，所以可以看得很清楚，看起來體積很龐大。”
阿姆斯壯：“此物體正好在肉眼可以看到的範圍，所以不容易判別真正形狀，也由於不知距離有多遠，大小也不易判斷。”