國民黨中央行政秘書長翁文灝也開始積極協調將“頭蓋骨”運送至紐約自然曆史博物館暫存。1941年1月10日，翁文灝和尹讚勳致信給協和醫學院院長胡頓、新生代研究室名譽主任魏敦瑞，“鑒於美日關係日趨緊張，美國正與中國站在一條戰線共同抗日，我們不得不考慮在北平新生代研究室的科學標本安全問題。我們準備同意將它們用船運往美國，委托某個學術研究機關在中國抗戰期間替我們暫為保管。”
同時，翁文灝還直接寫信給美駐華大使詹森闡明自己希望轉移“頭蓋骨”的意思。但是，根據先前達成的協議，得到洛克菲勒基金會資助的周口店發掘工作，其發掘出的實物必須留在中國，不得出口。美國方麵婉言拒絕。
翁文灝等中方人員的努力依然沒有停止，他們一再申請，美方官員和科學家一再婉拒，往來切磋數月時間。1941年11月，經翁文灝的一再協調，最後又經過蔣介石點頭，重慶國民黨政府才明確表態，允諾“頭蓋骨”出境。在翁文灝的一再懇請和調停下，美國方麵終於同意了頭蓋骨由領事館安排、由美國人帶出中國，暫存紐約的美國自然曆史博物館。
據公布的檔案資料記載，“頭蓋骨”轉移行動按計劃開始，由美國海軍陸戰隊護衛，乘北平到秦皇島的專列到達秦皇島港，在那裏登船，船名“哈德遜總統號”，預定12月8日抵秦皇島。8日上午，列車抵達秦皇島。此時，日本對珍珠港的空襲已經開始，隨即，駐在秦皇島山海關一帶的日軍突然行動襲擊美軍，美海軍陸戰隊的列車和軍事人員包括美在秦皇島的霍爾姆斯兵營的人員頃刻成為日軍的俘虜，包括“北京人”在內的物資和行李當然成為日軍的戰利品，從此不見蹤影，至今66年……
“北京人頭蓋骨”化石到底在哪裏？自從1941年太平洋戰爭爆發，“北京人頭蓋骨”化石不知所蹤後，這個謎就一直在破解之中，但到現在都未能如願。1998年，包括有“北京人”之父之稱的賈蘭坡院士在內，14名中國科學院資深院士發起的"世紀末大尋找"同樣無果而終。
隨著北京市房山區尋找“北京人頭蓋骨”化石工作委員會的成立，“北京人”去向之謎的老話題再次成為公眾關注的焦點。
1，“北京人”也許已被毀壞！
對於“北京人頭蓋骨”化石是否在世這個問題，有關專家多年來基本持3種態度，一種認為化石還在世，另一種認為化石已經毀於戰火，再一種就是對化石的去向態度模糊，認為無法推測。
根據中國古人類學家、最後一個見到化石的胡承誌老人講述，包括“北京人頭蓋骨”在內的化石當時包了整整6層，而且由內到外相當仔細，即使裝到兩個沒有特殊標誌的木箱裏，相信就是當時一般的日本兵發現也會上報的。
由於當時戰爭非常殘酷、戰事頻繁，如果是金銀珠寶書畫，倒還可能保存下來，但對於 “北京人頭蓋骨”化石，難說日軍有如此高的辨別能力。
上海複旦大學文物與博物館學係教授、“北京人之父”賈蘭坡的學生陳淳認為，綜合目前各種信息和線索，化石極有可能毀於戰火了。找到化石的希望應該比較渺茫。在1998年，賈蘭坡聯合其他十餘名院士發起“世紀末的大尋找”，但最後卻沒有發現任何有價值的線索。
陳淳表示，從目前的資料判斷，“北京人頭蓋骨”化石當時應該放在協和醫院地下室保險庫，日軍突然發動戰爭並占領醫院，而化石根本沒來得及運走，日軍就在地下室將其毀掉了。另外，他還舉例說，當時連協和醫院的院長、美國海軍陸戰隊隊員都被俘虜，連逃命都來不及，誰還能顧及化石呢。
2，化石埋在日壇公園
1996年，有個日本老兵臨死前，向中國有關部門傳遞消息，稱化石埋在日壇公園的一棵鬆樹下，這顆鬆樹還做了特殊記號，後來有關人員確實找到了那棵鬆樹。”??????